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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ofk | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of 3-methyladenine DNA glycosylase I (TAG) | ||||||
要素 | 3-methyladenine DNA glycosylase I, constitutive | ||||||
キーワード | HYDROLASE / 3-Methyladenine / DNA repair / Glycosylase / Base Excision / Helix-hairpin-Helix | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 DNA-3-methyladenine glycosylase I / DNA-3-methyladenine glycosylase activity / base-excision repair / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Salmonella typhi (サルモネラ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å | ||||||
データ登録者 | Metz, A.H. / Hollis, T. / Eichman, B.F. | ||||||
引用 | ジャーナル: Embo J. / 年: 2007 タイトル: DNA damage recognition and repair by 3-methyladenine DNA glycosylase I (TAG). 著者: Metz, A.H. / Hollis, T. / Eichman, B.F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2ofk.cif.gz | 167.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2ofk.ent.gz | 133.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2ofk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2ofk_validation.pdf.gz | 446.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2ofk_full_validation.pdf.gz | 450.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2ofk_validation.xml.gz | 19.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2ofk_validation.cif.gz | 28.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/of/2ofk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/of/2ofk | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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2 |
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単位格子 |
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詳細 | assymetric unit is composed of 2 biological units (monomers) |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20815.738 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Salmonella typhi (サルモネラ菌) 遺伝子: tag / プラスミド: pET19b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8Z2A5 #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-PGE / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.89 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 30% PEG 200, 5% PEG 3000, 100 mM MES pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1.000, 0.9793, 0.9718, 0.9795 | |||||||||||||||
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年8月18日 | |||||||||||||||
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.5→50 Å / Num. all: 64266 / Num. obs: 64266 / % possible obs: 93.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 20.9 Å2 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 23.8 | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 4.6 % / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / Num. unique all: 4195 / Rsym value: 0.247 / % possible all: 61.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.5→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 2.938 / SU ML: 0.049 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.082 / ESU R Free: 0.071 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 31.648 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.5→1.581 Å / Total num. of bins used: 10
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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