PDB-2oe3: Crystal Structure of Mitochondrial Thioredoxin 3 from Saccharomyc...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2oe3

タイトル

Crystal Structure of Mitochondrial Thioredoxin 3 from Saccharomyces cerevisiae (oxidized form)

要素

Thioredoxin-3

キーワード

ELECTRON TRANSPORT / ALPHA/BETA SANDWICH / oxidized / DIMER

機能・相同性

機能・相同性情報

TP53 Regulates Metabolic Genes / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / The NLRP3 inflammasome / disulfide oxidoreductase activity / Detoxification of Reactive Oxygen Species / Oxidative Stress Induced Senescence / cellular response to oxidative stress / mitochondrion
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Bao, R. / Zhang, Y.R. / Zhou, C.Z. / Chen, Y.X.

引用

ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2009
タイトル: Structural and mechanistic analyses of yeast mitochondrial thioredoxin Trx3 reveal putative function of its additional cysteine residues
著者: Bao, R. / Zhang, Y.R. / Zhou, C.-Z. / Chen, Y.X.

履歴

登録	2006年12月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2008年1月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2023年10月25日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2oe3.cif.gz	57.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2oe3.ent.gz	41.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2oe3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2oe3_validation.pdf.gz	429 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2oe3_full_validation.pdf.gz	430.9 KB	表示
XML形式データ	2oe3_validation.xml.gz	11.2 KB	表示
CIF形式データ	2oe3_validation.cif.gz	15.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oe/2oe3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oe/2oe3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2oe0C 2oe1C 1eruS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4qob-d 1f56-5 5g2z-d 4f9z-5 3die-d 6iqi-d 4dwn-d 5ty3-d 1p2f-d 2h56-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#108 - 2008年12月 Hsp90 (Hsp90) 類似性 (1) #36 - 2002年12月シトクロムc (Cytochrome c) 類似性 (1) #70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (3) #91 - 2007年7月チミン２量体 (Thymine Dimers) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Thioredoxin-3

B: Thioredoxin-3

25.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.313, 60.682, 72.679
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU / Refine code: 4

Dom-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	HOH	HOH	A	A - C	7 - 106	17
2	LEU	LEU	B	B	7 - 104	17 - 114

#1: タンパク質	Thioredoxin-3 分子量: 12868.934 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: S288C / 遺伝子: TRX3 / プラスミド: pET28a(modified) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P25372
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.75 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 30% PEG 4000, 0.2M Lithium sulfate, 0.1M Tris-Hcl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54179 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年12月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54179 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→29.25 Å / Num. obs: 20479 / % possible obs: 98.2 % / R_merge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 9.6
反射シェル	解像度: 1.8→1.86 Å / R_merge(I) obs: 0.348 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 96.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
CrystalClear		データ収集
CrystalClear		データ削減
CrystalClear		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ERU

1eru

解像度: 1.8→29.25 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.91 / SU B: 2.828 / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.14 / ESU R Free: 0.143 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25519	1051	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19765	-	-	-
obs	0.20053	19400	98.15 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.188 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.31 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.35 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→29.25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1644	0	0	153	1797

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	1676
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.399	1.991	2270
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.876	5	208
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.135	25.938	64
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.174	15	316
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	24.929	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.103	0.2	266
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1212
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.207	0.2	817
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.306	0.2	1153
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.125	0.2	118
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.219	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.145	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.907	1.5	1083
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.45	2	1714
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.591	3	672
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.017	4.5	556
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 816 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
medium positional	0.7	0.5
medium thermal	1.17	2

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.369	66	-
R_work	0.284	1422	-
obs	-	-	97.57 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5977	-0.8534	-2.1265	4.3418	-4.5814	15.4171	0.0981	0.2222	-0.1655	0.1707	0.235	0.4301	0.2456	-0.6243	-0.3331	-0.0184	-0.0745	0.0567	-0.0444	0.0234	0.0014	-8.758	8.321	-10.708
2	3.6569	3.9212	-3.0478	11.2951	2.0581	6.5411	-0.2863	-0.5785	-0.2251	0.1944	0.7423	0.7113	-0.094	-1.3684	-0.456	-0.1056	0.0291	0.1024	0.0634	0.0398	0.0124	-15.397	16.907	-11.802

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	84 - 93
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	108 - 110

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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