[日本語] English
万見
- PDB-4f9z: Crystal Structure of human ERp27 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4f9z
タイトルCrystal Structure of human ERp27
要素Endoplasmic reticulum resident protein 27
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / Thioredoxin fold / ER Foldase / ERp57 / Endoplasmic reticulum
機能・相同性
機能・相同性情報


response to unfolded protein / response to endoplasmic reticulum stress / protein folding / endoplasmic reticulum lumen / endoplasmic reticulum
類似検索 - 分子機能
Thioredoxin-like domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Chem-PE3 / Endoplasmic reticulum resident protein 27
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Kober, F.X. / Koelmel, W. / Kuper, J. / Schindelin, H.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: The Crystal Structure of the Protein-Disulfide Isomerase Family Member ERp27 Provides Insights into Its Substrate Binding Capabilities.
著者: Kober, F.X. / Koelmel, W. / Kuper, J. / Drechsler, J. / Mais, C. / Hermanns, H.M. / Schindelin, H.
履歴
登録2012年5月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年12月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年2月6日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
D: Endoplasmic reticulum resident protein 27
A: Endoplasmic reticulum resident protein 27
B: Endoplasmic reticulum resident protein 27
C: Endoplasmic reticulum resident protein 27
E: Endoplasmic reticulum resident protein 27
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,43120
ポリマ－126,6745
非ポリマー1,75715
水11,638646
1
D: Endoplasmic reticulum resident protein 27
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5715
ポリマ－25,3351
非ポリマー2364
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Endoplasmic reticulum resident protein 27
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5124
ポリマ－25,3351
非ポリマー1773
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
B: Endoplasmic reticulum resident protein 27
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,0884
ポリマ－25,3351
非ポリマー7533
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
C: Endoplasmic reticulum resident protein 27
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8074
ポリマ－25,3351
非ポリマー4733
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Endoplasmic reticulum resident protein 27
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4533
ポリマ－25,3351
非ポリマー1182
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.832, 68.359, 86.775
Angle α, β, γ (deg.)70.45, 88.16, 64.96
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11D
21A
31B
41C
51E

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain 'D' and (resseq 9:207 or resseq 211:227 ) and (not element H)D9 - 207
121chain 'D' and (resseq 9:207 or resseq 211:227 ) and (not element H)D211 - 227
211chain 'A' and (resseq 9:207 or resseq 211:227 ) and (not element H)A9 - 207
221chain 'A' and (resseq 9:207 or resseq 211:227 ) and (not element H)A211 - 227
311chain 'B' and (resseq 9:207 or resseq 211:227 ) and (not element H)B9 - 207
321chain 'B' and (resseq 9:207 or resseq 211:227 ) and (not element H)B211 - 227
411chain 'C' and (resseq 9:207 or resseq 211:227 ) and (not element H)C9 - 207
421chain 'C' and (resseq 9:207 or resseq 211:227 ) and (not element H)C211 - 227
511chain 'E' and (resseq 9:207 or resseq 211:227 ) and (not element H)E9 - 207
521chain 'E' and (resseq 9:207 or resseq 211:227 ) and (not element H)E211 - 227

-
要素

#1: タンパク質
Endoplasmic reticulum resident protein 27 / ER protein 27 / ERp27


分子量: 25334.777 Da / 分子数: 5 / 断片: Tryptic fragment, UNP residues 29-269 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: C12orf46, ERP27, UNQ781/PRO1575 / プラスミド: pET23 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 RIL / 参照: UniProt: Q96DN0
#2: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-PE3 / 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33,36,39-TRIDECAOXAHENTETRACONTANE-1,41-DIOL / POLYETHYLENE GLYCOL / 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33,36,39-トリデカオキサヘンテトラコンタン-1,41-ジ(以下略)


分子量: 634.751 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H58O15
#4: 化合物 ChemComp-PE4 / 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG4000 / ヘプタエチレングリコ-ルモノエチルエ-テル


分子量: 354.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O8 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 646 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
12.2946.36
2
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2931蒸気拡散法, ハンギングドロップ法8.520% PEG 4000, 150mM sodium acetate, 0.1M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
2932蒸気拡散法, ハンギングドロップ法8.526% PEG 4000, 125mM sodium acetate, 0.1M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21002
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンBESSY 14.110.91841
シンクロトロンBESSY 14.12
検出器
タイプID検出器日付
RAYONIX MX-2251CCD2011年9月23日
RAYONIX MX-2252CCD2012年1月17日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si-111 crystalSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si-111 crystalSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→57.81 Å / Num. all: 54973 / Num. obs: 72979 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.178 / Rsym value: 0.113 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル
解像度 (Å)Diffraction-ID% possible all
2-2.111,295.1
6.32-57.811,297.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
SHELXS位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.2→40.675 Å / SU ML: 0.29 / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 22.84 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2169 1371 2.5 %RANDOM
Rwork0.1699 ---
all0.1712 54973 --
obs0.171 54932 96.15 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 44.361 Å2 / ksol: 0.361 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.0635 Å2-0.3947 Å2-6.5621 Å2
2---4.8668 Å2-0.2829 Å2
3----6.252 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→40.675 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8685 0 92 646 9423
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0078981
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0712179
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.6393276
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0721410
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051568
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11D1708X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.819
12A1708X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.819
13B1702X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.796
14C1693X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.765
15E1708X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.728
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.2-2.27860.2931370.24125335533595
2.2786-2.36990.26861400.22765315531395
2.3699-2.47770.27551230.21615311531196
2.4777-2.60830.27551290.20235348534896
2.6083-2.77170.26621550.18985357535796
2.7717-2.98570.24291340.18765355535596
2.9857-3.2860.22651390.175342534296
3.286-3.76120.21031440.15645394539497
3.7612-4.73760.15831350.12655399539997
4.7376-40.68170.17741350.15375405540597

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る