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- PDB-3dd9: Structure of DocH66Y dimer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dd9
タイトルStructure of DocH66Y dimer
要素Death on curing protein
キーワードRIBOSOME INHIBITOR / all alpha
機能・相同性
機能・相同性情報


killing by virus of host cell by post-segregational killing / symbiont-mediated suppression of host translation / regulation of translation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / DNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
PTS-regulatory domain, PRD - #50 / Helix Hairpins - #2060 / Death on curing protein / : / PTS-regulatory domain, PRD / Fic/DOC family / Fido domain / Fido domain profile. / Helix Hairpins / Helix non-globular ...PTS-regulatory domain, PRD - #50 / Helix Hairpins - #2060 / Death on curing protein / : / PTS-regulatory domain, PRD / Fic/DOC family / Fido domain / Fido domain profile. / Helix Hairpins / Helix non-globular / Special / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein kinase doc
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage P1 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Garcia-Pino, A. / Loris, R.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2014
タイトル: The intrinsically disordered domain of the antitoxin Phd chaperones the toxin Doc against irreversible inactivation and misfolding
著者: De Gieter, S. / Konijnenberg, A. / Talavera, A. / Butterer, A. / Haesaerts, S. / De Greve, H. / Sobott, F. / Loris, R. / Garcia-Pino, A.
履歴
登録2008年6月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年6月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年7月23日Group: Other
改定 1.32018年3月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.42023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Death on curing protein
B: Death on curing protein
C: Death on curing protein
D: Death on curing protein
E: Death on curing protein
F: Death on curing protein
G: Death on curing protein
H: Death on curing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,2608
ポリマ－118,2608
非ポリマー00
水66737
1
A: Death on curing protein
B: Death on curing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,5652
ポリマ－29,5652
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5180 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area11520 Å2
手法PISA
2
C: Death on curing protein
D: Death on curing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,5652
ポリマ－29,5652
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5020 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area11660 Å2
手法PISA
3
E: Death on curing protein
F: Death on curing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,5652
ポリマ－29,5652
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4830 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area10820 Å2
手法PISA
4
G: Death on curing protein
H: Death on curing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,5652
ポリマ－29,5652
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5150 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area11800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.084, 197.988, 54.109
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.04, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Death on curing protein


分子量: 14782.520 Da / 分子数: 8 / 変異: H66Y, E126D / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage P1 (ファージ)
遺伝子: doc / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q06259
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.77 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 20% PEG10000, 0.1M TRIS, pH8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.8081 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8081 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→15 Å / Num. all: 40809 / Num. obs: 40809 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 44.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル解像度: 2.45→2.51 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.68 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 3915

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解析

ソフトウェア
名称分類
PHASER位相決定
PHENIX精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3DD7

3dd7


解像度: 2.45→14.986 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 28.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2454 2026 5 %RANDOM
Rwork0.211 ---
obs0.2132 40500 99.7 %-
all-40809 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 63.942 Å2 / ksol: 0.34 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 52.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→14.986 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6818 0 0 37 6855
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0146909
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5659390
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.8592349
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1111140
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011216
LS精密化 シェル解像度: 2.45→2.51 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.279 150
Rwork0.238 -
obs-2885

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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