PDB-2odr: Methanococcus Maripaludis Phosphoseryl-tRNA synthetase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2odr

タイトル

Methanococcus Maripaludis Phosphoseryl-tRNA synthetase

要素

(phosphoseryl-tRNA synthetase) x 4

キーワード

LIGASE / phosphoserine tRNA synthetase class II

機能・相同性

機能・相同性情報

O-phospho-L-serine-tRNA ligase / phosphoserine-tRNA(Cys) ligase activity / tRNA aminoacylation / tRNA binding / translation / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanococcus maripaludis (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多重同系置換 / 解像度: 3.228 Å

データ登録者

Steitz, T.A. / Kamtekar, S.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2007
タイトル: Toward understanding phosphoseryl-tRNACys formation: the crystal structure of Methanococcus maripaludis phosphoseryl-tRNA synthetase.
著者: Kamtekar, S. / Hohn, M.J. / Park, H.S. / Schnitzbauer, M. / Sauerwald, A. / Soll, D. / Steitz, T.A.

履歴

登録	2006年12月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年2月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.4	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

Remark 999

SEQUENCE THE INSERTED AND C-TERMINAL DOMAINS OF THE SYNTHETASE ARE PARTIALLY DISORDERED. MANY OF ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2odr.cif.gz	341.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2odr.ent.gz	267.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2odr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/od/2odr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/od/2odr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5fwp-d 10131 5fwl-d 3341 5fwm-d 21850 6z8k-d 7bvc-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (5)

登録構造単位

A: phosphoseryl-tRNA synthetase

B: phosphoseryl-tRNA synthetase

C: phosphoseryl-tRNA synthetase

D: phosphoseryl-tRNA synthetase

294 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	119.172, 133.943, 208.382
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
1	2	A
2	2	C
3	2	D
1	3	A
2	3	B
1	4	C
2	4	D
1	5	A
2	5	B
3	5	C
4	5	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	PRO	PRO	PHE	PHE	A	A	40 - 343	59 - 362
2	1	PRO	PRO	PHE	PHE	B	B	40 - 343	59 - 362
3	1	PRO	PRO	PHE	PHE	C	C	40 - 343	59 - 362
4	1	PRO	PRO	PHE	PHE	D	D	40 - 343	59 - 362
1	2	ARG	ARG	LYS	LYS	A	A	4 - 29	23 - 48
2	2	ARG	ARG	LYS	LYS	C	C	4 - 29	23 - 48
3	2	ARG	ARG	LYS	LYS	D	D	4 - 29	23 - 48
1	3	GLU	GLU	UNK	UNK	A	A	345 - 1537	364 - 607
2	3	GLU	GLU	UNK	UNK	B	B	345 - 1537	364 - 604
1	4	GLU	GLU	UNK	UNK	C	C	345 - 1537	364 - 646
2	4	GLU	GLU	UNK	UNK	D	D	345 - 1537	364 - 647
1	5	UNK	UNK	UNK	UNK	A	A	2214 - 2276	615 - 665
2	5	UNK	UNK	UNK	UNK	B	B	2215 - 2275	612 - 648
3	5	UNK	UNK	UNK	UNK	C	C	2210 - 2275	647 - 701
4	5	UNK	UNK	UNK	UNK	D	D	2216 - 2276	648 - 685

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5

#1: タンパク質	phosphoseryl-tRNA synthetase 分子量: 72592.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanococcus maripaludis (古細菌) 株: S2 / 遺伝子: MMP0688 / プラスミド: pet15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 codon plus (DE3) RIL 参照: UniProt: Q6LZE1, 合成酵素; C-O結合を形成; アミノアシルtRNAおよび関連化合物を生成するリガーゼ
#2: タンパク質	phosphoseryl-tRNA synthetase 分子量: 71146.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanococcus maripaludis (古細菌) 株: S2 / 遺伝子: MMP0688 / プラスミド: pet15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 codon plus (DE3) RIL 参照: UniProt: Q6LZE1, 合成酵素; C-O結合を形成; アミノアシルtRNAおよび関連化合物を生成するリガーゼ
#3: タンパク質	phosphoseryl-tRNA synthetase 分子量: 75656.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanococcus maripaludis (古細菌) 株: S2 / 遺伝子: MMP0688 / プラスミド: pet15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 codon plus (DE3) RIL 参照: UniProt: Q6LZE1, 合成酵素; C-O結合を形成; アミノアシルtRNAおよび関連化合物を生成するリガーゼ
#4: タンパク質	phosphoseryl-tRNA synthetase 分子量: 74339.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanococcus maripaludis (古細菌) 株: S2 / 遺伝子: MMP0688 / プラスミド: pet15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 codon plus (DE3) RIL 参照: UniProt: Q6LZE1, 合成酵素; C-O結合を形成; アミノアシルtRNAおよび関連化合物を生成するリガーゼ

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.54 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Well:4-6% PEG 35,000, 5 mM DTT, 100 mM Sodium MES (pH 6.5), 5% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1
3	100	1
1,2,3		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	ALS	8.2.2	1	1.0039
シンクロトロン	ALS	8.2.2	2	1.214
シンクロトロン	ALS	8.2.2	3	1.0716

検出器

タイプ	ID	検出器
ADSC QUANTUM 210	1	CCD
ADSC QUANTUM 315	2	CCD
ADSC QUANTUM 210	3	CCD

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	Si 111 CHANNEL	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	Si 111 CHANNEL	MAD	M	x-ray	1
3	Si 111 CHANNEL	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.0039	1
2	1.214	1
3	1.0716	1

Reflection

D res low: 50 Å

冗長度 (%)	ID	Av σ(I) over netI	数	R_merge(I) obs	Χ²	D res high (Å)	Num. obs	% possible obs
3.8	1	7.5	157698	0.087	1.05	4.4	41750	100
3.2	2	7.9	120120	0.08	1.01	4.5	37108	95.1

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
9.46	50	99.8	1	0.041	1.051	3.7
7.52	9.46	100	1	0.052	1.031	3.8
6.57	7.52	100	1	0.102	0.975	3.8
5.97	6.57	100	1	0.179	1.029	3.8
5.54	5.97	100	1	0.268	1.053	3.8
5.22	5.54	100	1	0.33	1.053	3.8
4.96	5.22	100	1	0.409	1.069	3.8
4.74	4.96	100	1	0.46	1.076	3.8
4.56	4.74	100	1	0.557	1.075	3.7
4.4	4.56	100	1	0.849	1.092	3.7
9.67	50	99.9	2	0.033	0.937	3.8
7.69	9.67	100	2	0.047	0.935	3.8
6.72	7.69	100	2	0.127	1.029	3.8
6.11	6.72	100	2	0.232	1.06	3.8
5.67	6.11	100	2	0.382	1.059	3.8
5.33	5.67	99.8	2	0.478	1.017	3.5
5.07	5.33	98	2	0.514	1.018	2.9
4.85	5.07	93.7	2	0.552	1.057	2.4
4.66	4.85	85.4	2	0.603	1.052	2.1
4.5	4.66	74	2	0.838	0.992	1.9

反射

解像度: 3.2→50 Å / Num. all: 53862 / Num. obs: 53215 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.053 / Χ²: 1.035 / Net I/σ(I): 11

反射シェル

解像度: 3.2→3.31 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.907 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique all: 4992 / Χ²: 1.036 / % possible all: 94.4

-
位相決定

位相決定

手法:

多重同系置換

Phasing MIR

解像度: 4.5→50 Å / FOM: 0.52 / 反射: 19624

Phasing MIR der

ID	Der set-ID
1	1
2	1
3	1
4	1

Phasing MIR der site

B_iso : 60 Å

ID	Der-ID	Atom type symbol	Fract x	Fract y	Fract z	Occupancy
1	1	W	0.0972	0.1353	0.2467	1.0772
1	2	W	0.809	0.9417	0.1306	0.9662
1	3	W	0.0302	0.2071	0.1139	0.7101
1	4	W	0.2584	0.5468	0.2516	0.6198
2	1	Sm	0.3381	0.6271	0.2408	0.8075
2	2	Sm	0.824	0.5541	0.2338	0.7172
2	3	Sm	0.8634	0.8474	0.1238	0.7872
2	4	Sm	0.977	0.2958	0.0999	0.7684

Phasing MIR shell

解像度 (Å)	FOM	反射
15.87-50	0.61	973
10.13-15.87	0.63	1683
7.95-10.13	0.63	2133
6.76-7.95	0.63	2464
5.98-6.76	0.58	2744
5.41-5.98	0.5	2971
4.99-5.41	0.42	3230
4.64-4.99	0.34	3426

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE	2.06	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
ADSC	QUANTUM	データ収集
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換 / 解像度: 3.228→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.901 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.893 / SU B: 55.877 / SU ML: 0.461 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.524 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.306	2697	5.1 %	RANDOM
R_work	0.292	-	-	-
obs	0.292	53170	97.86 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 115.697 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.52 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.63 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.15 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.228→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13538	0	0	0	13538

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	13726
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	8914
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.04	1.951	18541
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.842	3	21778
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.023	5	1795
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.031	24.423	520
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.539	15	2118
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.616	15	57
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.062	0.2	2158
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	15371
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2699
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.224	0.2	3396
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.184	0.2	9440
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.182	0.2	6675
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.086	0.2	7699
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.149	0.2	281
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.033	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.588	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.521	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.083	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.378	1.5	11705
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.146	1.5	3722
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.498	2	14346
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.732	3	5418
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.976	4.5	4195

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	3237	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
1	2	B	3237	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
1	3	C	3237	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
1	4	D	3237	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
1	1	A	3237	TIGHT THERMAL	0.04	0.5
1	2	B	3237	TIGHT THERMAL	0.04	0.5
1	3	C	3237	TIGHT THERMAL	0.04	0.5
1	4	D	3237	TIGHT THERMAL	0.04	0.5
2	1	A	370	TIGHT POSITIONAL	0.01	0.05
2	2	C	370	TIGHT POSITIONAL	0.01	0.05
2	3	D	370	TIGHT POSITIONAL	0.01	0.05
2	1	A	370	TIGHT THERMAL	0.02	0.5
2	2	C	370	TIGHT THERMAL	0.02	0.5
2	3	D	370	TIGHT THERMAL	0.02	0.5
3	1	A	1808	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
3	1	A	1808	TIGHT THERMAL	0.02	0.5
4	1	C	1249	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
4	1	C	1249	TIGHT THERMAL	0.03	0.5
5	1	A	238	TIGHT POSITIONAL	0.01	0.05
5	2	B	238	TIGHT POSITIONAL	0.01	0.05
5	3	C	238	TIGHT POSITIONAL	0.01	0.05
5	4	D	238	TIGHT POSITIONAL	0.01	0.05
5	1	A	238	TIGHT THERMAL	0.02	0.5
5	2	B	238	TIGHT THERMAL	0.02	0.5
5	3	C	238	TIGHT THERMAL	0.02	0.5
5	4	D	238	TIGHT THERMAL	0.01	0.5

LS精密化シェル

解像度: 3.228→3.312 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.375	178	-
R_work	0.373	3037	-
obs	-	3215	80.74 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4762	0.6864	0.2644	2.443	0.3109	3.9554	0.2023	0.174	-0.062	0.6187	0.0146	-0.5403	0.222	0.7124	-0.2169	-0.5346	0.1664	-0.0652	-0.6608	-0.0713	-0.1172	69.5189	16.4487	47.2078
2	2.3966	0.4654	-0.2015	1.7785	0.5836	4.6419	-0.0694	0.7192	0.4001	-0.03	0.2152	-0.0258	-0.4995	0.2752	-0.1458	-0.5056	0.0286	0.0064	-0.7098	0.128	-0.1208	62.0502	26.7577	28.9038
3	1.7195	0.4705	0.7599	1.9978	0.5577	4.3365	0.161	-0.1548	0.0364	0.5997	-0.058	0.867	-0.0606	-0.998	-0.103	-0.5126	0.1399	0.1277	-0.4142	0.1175	0.1366	30.6039	7.0733	47.2555
4	2.1337	0.2959	-0.2323	1.6666	0.4604	5.2188	0.0729	0.5357	-0.5487	0.1515	0.1135	0.4529	0.8621	-0.3275	-0.1864	-0.3962	0.0178	-0.1313	-0.6819	0.0665	0.0154	38.7769	-5.868	31.5113
5	4.4108	-3.6404	1.8898	11.0452	-2.9818	6.5553	-0.4701	0.3925	-0.3151	0.1993	0.2086	0.6731	0.8446	-1.6227	0.2615	0.3024	-0.1378	-0.364	0.48	-0.0683	0.3793	27.3216	-12.5183	7.0484
6	8.525	-3.9841	-2.9238	2.859	-2.037	12.6197	0.0061	0.7836	0.2784	-0.8273	0.59	-0.7543	-0.689	0.9744	-0.5962	-0.0384	-0.2654	0.2092	0.3457	0.1049	0.2099	73.9769	29.283	4.3168
7	12.2256	-0.8233	-1.7385	2.112	2.3182	12.0433	0.1014	-1.4073	0.4784	1.5862	-0.0908	-0.7872	-0.0442	0.3211	-0.0106	0.272	-0.0905	-0.278	-0.2818	-0.201	-0.0188	77.9067	27.6533	71.1288
8	4.6563	0.4686	1.5353	2.9504	1.9018	4.2857	-0.1411	0.4324	-0.2892	-0.0355	0.4504	-0.3352	-0.3652	0.3628	-0.3093	-0.1895	0.0311	-0.06	-0.0543	-0.1206	-0.0098	61.1015	-12.4868	1.5342
9	3.1758	1.4118	-3.4471	3.1965	-1.8324	5.461	0.3989	-0.2817	0.3544	0.1037	-0.0835	0.0949	-0.1629	0.4993	-0.3153	-0.1135	0.0596	0.145	-0.2131	-0.0976	0.0816	33.6942	32.1264	74.9978
10	5.0235	0.2188	-0.3344	1.1521	-1.6829	2.4583	-0.0164	1.0945	0.6948	-1.1643	0.1799	-0.003	-0.5656	0.6044	-0.1635	0.287	-0.1435	-0.1664	0.6214	0.3261	0.2564	43.945	27.9817	-9.6182
11	1.291	1.3813	0.0562	1.6246	-0.1175	3.9193	-0.0335	-1.1038	-0.1183	0.7596	0.0729	-0.056	0.114	0.5011	-0.0394	0.6266	-0.0486	-0.2407	0.2132	-0.0365	0.0829	64.8288	1.3339	87.6441
12	0.1283	1.3412	-0.8504	14.0238	-8.8915	5.6375	0.5183	0.4607	-0.393	-1.2462	-0.1831	0.1234	-0.6606	-0.0979	-0.3352	0.3534	-0.0403	0.3153	0.4707	-0.1051	0.24	79.0132	52.1396	15.5701
13	22.9361	6.093	5.2762	5.1641	5.8638	26.6165	-0.6687	-0.8547	0.2249	0.2897	-0.389	0.4921	-0.5094	-0.3737	1.0577	0.2919	0.2108	-0.2162	0.3728	-0.1084	0.6575	99.7401	22.3808	56.707
14	0.5349	-0.9104	-2.1907	7.4219	2.77	9.1281	0.7582	0.9705	-0.4101	-1.1698	-0.3322	-0.0699	0.9145	-0.2385	-0.4261	0.1875	-0.1593	-0.3647	0.5011	-0.0259	0.5201	22.6117	-33.3105	23.026
15	19.6625	6.8656	-8.8042	6.7201	-5.7567	30.3159	0.1228	-0.1989	0.0204	1.0339	-0.7612	0.1857	-0.2852	0.4801	0.6384	0.2853	0.1076	0.126	0.4884	0.0598	0.7621	0.8247	0.6296	58.6197

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	A	A	30 - 343	49 - 362
2	2	B	B	31 - 343	50 - 362
3	3	C	C	30 - 343	49 - 362
4	4	D	D	30 - 343	49 - 362
5	5	A	A	4 - 26	23 - 45
6	6	C	C	4 - 26	23 - 45
7	7	D	D	4 - 26	23 - 45
8	8	A	A	345 - 1997	364 - 614
9	9	B	B	345 - 1997	364 - 611
10	10	C	C	1364 - 1537	557 - 646
11	11	D	D	1364 - 1537	557 - 647
12	12	A	A	2214 - 2276	615 - 665
13	13	B	B	2215 - 2275	612 - 648
14	14	C	C	2210 - 2275	647 - 701
15	15	D	D	2216 - 2276	648 - 685

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)