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万見
- PDB-2oda: Crystal Structure of PSPTO_2114 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2oda
タイトルCrystal Structure of PSPTO_2114
要素Hypothetical protein PSPTO_2114
キーワードPROTEIN BINDING / Haloacid dehalogenase / phosphonoacetaldehyde hydrolase
機能・相同性HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas syringae pv. tomato (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Peisach, E. / Allen, K.N. / Dunaway-Mariano, D. / Wang, L. / Burroughs, A.M. / Aravind, L.
引用
ジャーナル: Proteins / 年: 2007
タイトル: The X-ray crystallographic structure and activity analysis of a Pseudomonas-specific subfamily of the HAD enzyme superfamily evidences a novel biochemical function.
著者: Peisach, E. / Wang, L. / Burroughs, A.M. / Aravind, L. / Dunaway-Mariano, D. / Allen, K.N.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000
タイトル: The crystal structure of bacillus cereus phosphonoacetaldehyde hydrolase: insight into catalysis of phosphorus bond cleavage and catalytic diversification within the HAD enzyme superfamily
著者: Morais, M.C. / Zhang, W. / Baker, A.S. / Zhang, G. / Dunaway-Mariano, D. / Allen, K.N.
履歴
登録2006年12月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein PSPTO_2114
B: Hypothetical protein PSPTO_2114
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,6695
ポリマ－42,1692
非ポリマー5013
水9,638535
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.612, 74.427, 106.354
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Hypothetical protein PSPTO_2114


分子量: 21084.283 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas syringae pv. tomato (バクテリア)
生物種: Pseudomonas syringae group genomosp. 3 / 遺伝子: PSPTO_2114 / プラスミド: pET23b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q884H9
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 535 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.9 % / 解説: THE STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3
詳細: 15-20% PEG 3350, 150-200mM Sodium formate, 100mM Hepes pH 7.3, 5mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 0.97980, 0.97786, 0.95000
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月9日
放射モノクロメーター: Si(111) crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97981
20.977861
30.951
反射解像度: 1.9→60 Å / Num. all: 30874 / Num. obs: 30874 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11 % / Biso Wilson estimate: 13.45 Å2 / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 41
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 6.6 % / Mean I/σ(I) obs: 7.3 / Num. unique all: 2580 / Rsym value: 0.183 / % possible all: 83.8

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散
Phasing set
ID
1
2
3
Phasing MADD res high: 2.1 Å / D res low: 20 Å / FOM : 0.77 / 反射: 22986
Phasing MAD set
Clust-IDExpt-IDSet-ID波長 (Å)F double prime refinedF prime refined
13 wavelength10.97985.49-5.78
13 wavelength20.97792.94-8.49
13 wavelength30.954.06-2.5
Phasing MAD set site
IDAtom type symbolB isoFract xFract yFract zOccupancy
1Se18.610.6690.3080.2530.897
2Se16.3620.9450.6920.2070.789
3Se19.6140.770.3070.2270.759
4Se11.2860.4080.160.1890.766
5Se17.9420.4480.2620.1170.801
6Se18.7140.0030.7930.1410.753
7Se27.6040.2880.8470.2280.695
8Se31.5680.720.3450.1990.674
Phasing MAD shell
解像度 (Å)FOM 反射
7.31-200.921226
4.7-7.310.921960
3.7-4.70.92451
3.15-3.70.892850
2.79-3.150.823215
2.52-2.790.753500
2.33-2.520.663778
2.17-2.330.564006
Phasing dmFOM : 0.84 / FOM acentric: 0.85 / FOM centric: 0.79 / 反射: 22988 / Reflection acentric: 20209 / Reflection centric: 2779
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
6-19.9870.960.980.931061746315
3.8-60.960.980.9131602606554
3-3.80.940.950.8738883379509
2.6-30.890.90.7938983467431
2.3-2.60.790.80.6967976169628
2.1-2.30.680.690.5741843842342

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SOLVE2.11位相決定
RESOLVE2.11位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.9→43.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 2.958 / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.165 / ESU R Free: 0.153 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE FRIEDEL PAIRS WERE USED FOR PHASING
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.219 3024 9.9 %RANDOM
Rwork0.167 ---
all0.172 ---
obs-30590 97.48 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.815 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.31 Å20 Å20 Å2
2--0.1 Å20 Å2
3----0.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→43.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2879 0 31 535 3445
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0222980
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3541.994073
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.625385
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.33825116
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.80215455
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.3941516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2455
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022262
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1960.21495
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2950.22066
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1490.2446
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1890.260
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1520.256
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.931.51991
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.18823084
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.03431142
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9994.5989
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.273 162 -
Rwork0.164 1701 -
obs-1863 81.07 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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