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- PDB-2ob0: Human MAK3 homolog in complex with Acetyl-CoA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ob0
タイトルHuman MAK3 homolog in complex with Acetyl-CoA
要素Human MAK3 homolog
キーワードTRANSFERASE / acetyltransferase / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


mitotic sister chromatid cohesion, centromeric / N-terminal methionine Nalpha-acetyltransferase NatE / N-terminal protein amino acid acetylation / NatA complex / protein N-terminal-methionine acetyltransferase activity / protein-N-terminal amino-acid acetyltransferase activity / histone H4 acetyltransferase activity / establishment of mitotic sister chromatid cohesion / protein-lysine-acetyltransferase activity / mitotic sister chromatid cohesion ...mitotic sister chromatid cohesion, centromeric / N-terminal methionine Nalpha-acetyltransferase NatE / N-terminal protein amino acid acetylation / NatA complex / protein N-terminal-methionine acetyltransferase activity / protein-N-terminal amino-acid acetyltransferase activity / histone H4 acetyltransferase activity / establishment of mitotic sister chromatid cohesion / protein-lysine-acetyltransferase activity / mitotic sister chromatid cohesion / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / nucleolus / extracellular exosome / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Acetyltransferase (GNAT) family / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETYL COENZYME *A / N-alpha-acetyltransferase 50
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Walker, J.R. / Schuetz, S. / Antoshenko, T. / Wu, H. / Bernstein, G. / Loppnau, P. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. ...Walker, J.R. / Schuetz, S. / Antoshenko, T. / Wu, H. / Bernstein, G. / Loppnau, P. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Plotnikov, A.N. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of Human MAK3 homolog
著者: Schuetz, A. / Walker, J.R. / Antoshenko, T. / Wu, H. / Bernstein, G. / Loppnau, P. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Plotnikov, A.N.
履歴
登録2006年12月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年12月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Human MAK3 homolog
B: Human MAK3 homolog
C: Human MAK3 homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,0316
ポリマ－58,6023
非ポリマー2,4293
水5,963331
1
A: Human MAK3 homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,3442
ポリマ－19,5341
非ポリマー8101
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Human MAK3 homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,3442
ポリマ－19,5341
非ポリマー8101
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Human MAK3 homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,3442
ポリマ－19,5341
非ポリマー8101
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.523, 103.324, 67.328
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.79, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Human MAK3 homolog / N-acetyltransferase 13


分子量: 19534.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NAT13 / プラスミド: pET28-LIC / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9GZZ1, EC: 2.3.1.88
#2: 化合物 ChemComp-ACO / ACETYL COENZYME *A / アデノシン3′-りん酸5′-[二りん酸P2-[(R)-3-ヒドロキシ-2,2-ジメチル-3-[[(以下略)


分子量: 809.571 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H38N7O17P3S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 331 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.44 %
結晶化温度: 298 K / pH: 7.5
詳細: Reservoir: 0.1 M Sodium acetate pH 5.0, 16% PEG3350, 10 mM DTT, 0.1% Dioxane. Protein: 11.8 mg/mL + 3-fold molar excess of ACOA in 20 mM Hepes pH 7.5, 0.1 M NaCl, 2.5 % 1,2-propandiol, and 10 ...詳細: Reservoir: 0.1 M Sodium acetate pH 5.0, 16% PEG3350, 10 mM DTT, 0.1% Dioxane. Protein: 11.8 mg/mL + 3-fold molar excess of ACOA in 20 mM Hepes pH 7.5, 0.1 M NaCl, 2.5 % 1,2-propandiol, and 10 mM DTT. Cryo: 75% reservoir + 25% MPD, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K, pH 7.50

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 0.97931, 0.97945, 1.00000
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月18日
詳細: 1-M LONG, CYLINDRICALLY BENT ULE GLASS MIRROR WITH PT AND PD COATINGS
放射モノクロメーター: CRYO-COOLED SI(111) DOUBLE- CRYSTAL
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979311
20.979451
311
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 56481 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / Rsym value: 0.046 / Net I/σ(I): 28.8
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.504 / % possible all: 88.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.8→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 4.821 / SU ML: 0.081 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.108 / ESU R Free: 0.107 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS, ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.204 2858 5.1 %RANDOM
Rwork0.169 ---
obs0.171 53533 98 %-
all-53533 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.88 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.29 Å20 Å2-1.44 Å2
2---1.49 Å20 Å2
3----1.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3828 0 153 331 4312
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0224062
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5182.0025503
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4365473
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.224.456193
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.54615715
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.5451522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.2600
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023008
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2080.21614
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3050.22792
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1430.2304
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1630.238
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.120.214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8432444
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.62743819
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.43651838
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.00771684
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.294 174 -
Rwork0.248 3456 -
obs--85.78 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
120.719219.604-11.214824.6651-13.801115.3507-0.27930.36530.349-0.24750.3586-0.7718-0.89630.6419-0.07940.0595-0.13780.03720.06060.01590.09346.9132358.1374-94.3179
211.18883.0456-5.75185.20761.02394.48840.0793-0.2570.40780.4738-0.06970.61220.09210.0988-0.00960.1087-0.01350.09790.0413-0.00980.115835.9093352.0857-79.5533
332.220815.83518.926328.88268.513714.1312-0.31190.09070.80620.1125-0.2811.232-0.765-0.27590.59290.03270.01940.11630.0447-0.00220.169130.3517345.9034-84.1829
44.1938-4.6932-1.393610.01972.85989.43540.0364-0.0449-0.65620.2046-0.0730.70260.2002-0.10430.03660.0027-0.05470.04490.04860.0170.177533.2754338.3772-88.2079
58.29458.44474.283622.77629.312314.08920.2395-0.2013-0.35171.2048-0.11240.16840.3648-0.2104-0.12710.1169-0.02340.15480.04370.05110.090234.2875339.4356-76.0487
63.5353-0.6273.26565.4531-2.66078.18040.0226-0.16540.07810.31730.06510.038-0.1513-0.0313-0.08770.0968-0.01140.0650.1097-0.02670.110540.6805351.1132-84.5439
77.5664-6.53786.70328.1372-7.46868.52570.0467-0.3989-0.4170.34190.15640.15250.42760.113-0.2030.16020.08970.00170.0750.01550.016847.4709337.3357-77.6745
82.317-1.23431.61472.7594-1.37162.9464-0.0154-0.0534-0.02810.06780.02970.11930.0501-0.0627-0.01430.08070.00320.02820.1276-0.01710.106844.2956341.8753-89.5501
99.4586-1.0511.65717.1329-1.905716.0183-0.0383-0.08170.14220.66410.0834-0.4965-0.34040.5085-0.04510.0501-0.0325-0.02550.1161-0.01670.0753.2963346.8363-82.7796
103.79161.63342.68615.74442.70735.6993-0.14-0.0473-0.04950.40840.05740.06370.18340.34130.08260.08840.02810.03590.1150.00490.082750.4837333.4021-83.2361
1114.0219-1.1293-0.58194.7653-0.46223.197-0.01780.6593-0.1113-0.16910.0181-0.0078-0.02090.1596-0.00040.05690.01980.03980.1254-0.02530.072450.5509335.826-94.8499
125.32695.7543.186344.23421.52255.11030.0843-0.0651-0.46980.47720.0057-0.84660.51010.4185-0.090.0590.06460.00050.1073-0.02940.079754.4302328.9599-87.8802
1329.61-14.2966-7.00996.9033.342610.0759-0.2578-0.4094-0.96260.61840.13450.66810.7614-0.17770.12330.1714-0.06720.1246-0.02740.01320.217843.7781321.6857-85.7908
1435.83642.1278-3.69351.8489-6.036837.4875-0.1760.12-0.67530.22180.19892.14371.4356-0.6524-0.0229-0.0322-0.03480.1103-0.0793-0.00480.447435.87324.1343-88.8847
1515.210712.57816.023516.31066.05186.44170.0310.1697-0.21250.420.1184-0.16470.34550.4387-0.14940.07250.03640.03350.1335-0.02050.08951.6938330.0967-86.3914
165.6973-2.9658-0.547914.0332-5.3042.8818-0.12190.41770.1495-0.9565-0.064-0.22680.3111-0.05790.18590.1415-0.0361-0.02520.15440.0414-0.055224.8161343.9021-127.909
174.8322-0.3727-4.19834.7528-0.722548.9838-0.27710.32110.159-0.4848-0.11410.3138-0.2493-1.76370.39120.03730.0229-0.14080.06860.03130.127314.5598352.514-124.6415
184.07780.61094.312813.20641.247912.0807-0.2896-0.34820.34360.268-0.05550.1834-0.4359-0.38120.34510.01340.041-0.03460.073-0.00140.130918.4392351.6903-112.7102
196.22714.7802-8.03838.8229-1.968726.0091-0.27940.28570.6674-0.3128-0.10860.1543-1.1447-0.65260.3880.05740.0823-0.1449-0.02080.08770.213418.6558361.4522-119.6878
202.58195.7341-1.413720.2227-1.2343.9328-0.11420.28510.2173-0.35520.02890.2296-0.21830.08590.08530.0958-0.0295-0.05040.12560.07690.059724.1828348.2821-126.1285
2111.5412.64220.619618.60921.48870.1711-0.11870.14030.6051-0.141-0.06160.2825-0.15150.060.18040.1116-0.058-0.0860.06570.08620.104926.5797354.1511-120.2698
2234.781615.183312.722722.483214.34779.5312-0.5476-0.38011.99230.3281-0.67661.0229-1.77240.63961.22420.2768-0.2981-0.13130.0760.04880.239838.9691367.8224-116.1094
233.66062.8740.37295.8308-0.52662.3633-0.25140.1960.3115-0.15940.14830.2079-0.18520.03480.10320.074-0.0173-0.02830.1030.03820.11528.1382351.2129-115.6641
245.29374.0465-0.234312.866-3.8463.4168-0.09670.1340.12150.0011-0.1275-0.02530.12360.22020.22410.0638-0.02680.01680.12380.00520.050231.7444343.3949-119.0838
259.07215.2441-7.145731.1857-14.190717.9518-0.55070.6894-0.1401-1.1362-0.0896-0.6518-0.03830.78840.64030.0097-0.13420.00050.17350.1240.006639.5787353.8507-125.6402
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409.1749-0.72992.4421.4426-6.69844.84130.11290.2478-0.0735-0.1571-0.27170.66880.2276-0.2720.15880.04250.01910.01310.138-0.03530.113134.8669378.3529-81.7826
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4314.678912.97565.210721.68067.85227.7657-0.2211-0.09910.07250.13840.05410.2054-0.0394-0.04930.1670.10530.0360.01450.0762-0.00750.100438.0158376.8696-73.951
4443.220810.6303-24.29267.1313-5.742613.66581.4929-2.84011.5326-0.35420.25320.2485-0.32781.4167-1.74610.008-0.04650.0550.22350.09340.233822.9122365.5028-69.6233
4539.8409-16.655815.463823.2445-6.33814.7273-0.1805-0.3795-0.79811.17630.17430.1492-0.25570.12930.00620.0709-0.084-0.09590.02890.13550.05659.7252365.6566-66.6299
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 72 - 8
2X-RAY DIFFRACTION2AA8 - 169 - 17
3X-RAY DIFFRACTION3AA17 - 2118 - 22
4X-RAY DIFFRACTION4AA22 - 2923 - 30
5X-RAY DIFFRACTION5AA30 - 4031 - 41
6X-RAY DIFFRACTION6AA41 - 5442 - 55
7X-RAY DIFFRACTION7AA55 - 6956 - 70
8X-RAY DIFFRACTION8AA70 - 9071 - 91
9X-RAY DIFFRACTION9AA91 - 10392 - 104
10X-RAY DIFFRACTION10AA104 - 116105 - 117
11X-RAY DIFFRACTION11AA117 - 128118 - 129
12X-RAY DIFFRACTION12AA129 - 133130 - 134
13X-RAY DIFFRACTION13AA134 - 138135 - 139
14X-RAY DIFFRACTION14AA139 - 144140 - 145
15X-RAY DIFFRACTION15AA145 - 154146 - 155
16X-RAY DIFFRACTION16BB4 - 125 - 13
17X-RAY DIFFRACTION17BB13 - 2114 - 22
18X-RAY DIFFRACTION18BB22 - 2923 - 30
19X-RAY DIFFRACTION19BB30 - 4031 - 41
20X-RAY DIFFRACTION20BB41 - 5442 - 55
21X-RAY DIFFRACTION21BB55 - 6356 - 64
22X-RAY DIFFRACTION22BB64 - 6965 - 70
23X-RAY DIFFRACTION23BB70 - 8471 - 85
24X-RAY DIFFRACTION24BB85 - 9586 - 96
25X-RAY DIFFRACTION25BB96 - 10397 - 104
26X-RAY DIFFRACTION26BB104 - 116105 - 117
27X-RAY DIFFRACTION27BB117 - 127118 - 128
28X-RAY DIFFRACTION28BB128 - 133129 - 134
29X-RAY DIFFRACTION29BB134 - 149135 - 150
30X-RAY DIFFRACTION30BB150 - 155151 - 156
31X-RAY DIFFRACTION31CC4 - 115 - 12
32X-RAY DIFFRACTION32CC12 - 2313 - 24
33X-RAY DIFFRACTION33CC24 - 3625 - 37
34X-RAY DIFFRACTION34CC37 - 4538 - 46
35X-RAY DIFFRACTION35CC46 - 6947 - 70
36X-RAY DIFFRACTION36CC70 - 9071 - 91
37X-RAY DIFFRACTION37CC91 - 10392 - 104
38X-RAY DIFFRACTION38CC104 - 116105 - 117
39X-RAY DIFFRACTION39CC117 - 124118 - 125
40X-RAY DIFFRACTION40CC125 - 130126 - 131
41X-RAY DIFFRACTION41CC131 - 139132 - 140
42X-RAY DIFFRACTION42CC140 - 145141 - 146
43X-RAY DIFFRACTION43CC146 - 154147 - 155
44X-RAY DIFFRACTION44CC155 - 162156 - 163
45X-RAY DIFFRACTION45CC163 - 169164 - 170

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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