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- PDB-2oay: Crystal structure of latent human C1-inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2oay
タイトルCrystal structure of latent human C1-inhibitor
要素Plasma protease C1 inhibitor
キーワードIMMUNE SYSTEM / HYDROLASE INHIBITOR / LATENT SERPIN / RCL INSERTION
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of complement activation, lectin pathway / Defective SERPING1 causes hereditary angioedema / blood circulation / complement activation, classical pathway / fibrinolysis / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / platelet alpha granule lumen / Regulation of Complement cascade / serine-type endopeptidase inhibitor activity / blood coagulation ...negative regulation of complement activation, lectin pathway / Defective SERPING1 causes hereditary angioedema / blood circulation / complement activation, classical pathway / fibrinolysis / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / platelet alpha granule lumen / Regulation of Complement cascade / serine-type endopeptidase inhibitor activity / blood coagulation / Platelet degranulation / collagen-containing extracellular matrix / blood microparticle / endoplasmic reticulum lumen / innate immune response / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Antithrombin; Chain I, domain 2 / Antithrombin, subunit I, domain 2 / Alpha-1-antitrypsin; domain 1 / Alpha-1-antitrypsin, domain 1 / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily ...Antithrombin; Chain I, domain 2 / Antithrombin, subunit I, domain 2 / Alpha-1-antitrypsin; domain 1 / Alpha-1-antitrypsin, domain 1 / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily / Serpin superfamily, domain 1 / Serpin (serine protease inhibitor) / SERine Proteinase INhibitors / Roll / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Plasma protease C1 inhibitor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Harmat, V. / Beinrohr, L. / Gal, P. / Dobo, J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: C1 inhibitor serpin domain structure reveals the likely mechanism of heparin potentiation and conformational disease
著者: Beinrohr, L. / Harmat, V. / Dobo, J. / Lorincz, Z. / Gal, P. / Zavodszky, P.
履歴
登録2006年12月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / diffrn_source ...chem_comp / diffrn_source / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Plasma protease C1 inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,4015
ポリマ－43,9031
非ポリマー4974
水1,26170
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)98.903, 98.903, 94.684
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 Plasma protease C1 inhibitor / C1-INHIBITOR / C1 Inh / C1Inh / C1 esterase inhibitor / C1-inhibiting factor


分子量: 43903.484 Da / 分子数: 1 / 断片: serpin domain / 変異: allele V458M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SERPING1, C1IN, C1NH / プラスミド: pPic9K / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): GS115 / 参照: UniProt: P05155
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.59 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.85 M NaH2PO4, 0.85 M KH2PO4, 0.1 M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.8162 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月3日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8162 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→84.52 Å / Num. obs: 21930 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 14.6 % / Biso Wilson estimate: 32.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 20.29
反射 シェル解像度: 2.35→2.4 Å / 冗長度: 9.54 % / Rmerge(I) obs: 0.652 / Mean I/σ(I) obs: 3.89 / Num. unique all: 1341 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.1.24精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Ensemble of truncated serpin structures. PDB codes: 4CAA, 1QMB, 1E05, 1DVM, 1C8O, 1JTI, 1JJO, 1MTP, 1HLE, 1JRR

4caa

1qmb

1e05

1dvm

1c8o

1jti

1jjo

1mtp

1hle

1jrr


解像度: 2.35→84.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 6.574 / SU ML: 0.154 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.239 / ESU R Free: 0.197 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21794 1125 5.1 %RANDOM
Rwork0.17363 ---
all0.17595 20803 --
obs0.17595 20803 99.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.433 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.29 Å20.14 Å20 Å2
2--0.29 Å20 Å2
3----0.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→84.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2845 0 32 70 2947
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0222952
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022693
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7641.9674015
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.80436265
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4795370
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.2481
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023204
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.02558
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2160.3599
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2560.33056
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.10.51927
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1870.5148
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2730.313
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.390.345
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1860.59
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0721852
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.23833006
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.12321100
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.36731006
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.411 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.32 78
Rwork0.227 1546
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -14.7946 Å / Origin y: 71.6738 Å / Origin z: -0.6784 Å
111213212223313233
T0.106 Å20.0229 Å2-0.0025 Å2-0.038 Å20.0519 Å2--0.1121 Å2
L1.5314 °20.1233 °20.1272 °2-2.5613 °21.5387 °2--2.821 °2
S-0.022 Å °-0.0272 Å °0.047 Å °-0.0132 Å °-0.0308 Å °-0.0146 Å °-0.1414 Å °-0.2032 Å °0.0528 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA101 - 47613 - 388
2X-RAY DIFFRACTION1AB500

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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