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Yorodumi- PDB-2o7u: Crystal structure of K206E/K296E mutant of the N-terminal half mo... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2o7u | ||||||
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Title | Crystal structure of K206E/K296E mutant of the N-terminal half molecule of human transferrin | ||||||
Components | Serotransferrin | ||||||
Keywords | METAL TRANSPORT / Human transferrin / Iron binding protein / Dilysine pair | ||||||
Function / homology | Function and homology information iron chaperone activity / Transferrin endocytosis and recycling / transferrin receptor binding / basal part of cell / positive regulation of cell motility / endocytic vesicle / positive regulation of bone resorption / clathrin-coated pit / positive regulation of phosphorylation / ERK1 and ERK2 cascade ...iron chaperone activity / Transferrin endocytosis and recycling / transferrin receptor binding / basal part of cell / positive regulation of cell motility / endocytic vesicle / positive regulation of bone resorption / clathrin-coated pit / positive regulation of phosphorylation / ERK1 and ERK2 cascade / ferric iron binding / basal plasma membrane / osteoclast differentiation / actin filament organization / Iron uptake and transport / Post-translational protein phosphorylation / ferrous iron binding / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / regulation of protein stability / regulation of iron ion transport / HFE-transferrin receptor complex / recycling endosome / cellular response to iron ion / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / late endosome / Platelet degranulation / Clathrin-mediated endocytosis / iron ion transport / cytoplasmic vesicle / antibacterial humoral response / secretory granule lumen / intracellular iron ion homeostasis / vesicle / blood microparticle / early endosome / endosome membrane / apical plasma membrane / endoplasmic reticulum lumen / perinuclear region of cytoplasm / positive regulation of DNA-templated transcription / cell surface / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.8 Å | ||||||
Authors | Baker, H.M. / Nurizzo, D. / Mason, A.B. / Baker, E.N. | ||||||
Citation | Journal: Acta Crystallogr.,Sect.D / Year: 2007 Title: Structures of two mutants that probe the role in iron release of the dilysine pair in the N-lobe of human transferrin. Authors: Baker, H.M. / Nurizzo, D. / Mason, A.B. / Baker, E.N. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2o7u.cif.gz | 554.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2o7u.ent.gz | 456.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2o7u.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o7/2o7u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o7/2o7u | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 2o84C 1a8eS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Dom-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: CO3 / End label comp-ID: CO3 / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 3 - 600 / Label seq-ID: 3
NCS ensembles :
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-Components
#1: Protein | Mass: 37215.137 Da / Num. of mol.: 9 / Fragment: N-lobe / Mutation: K206E, K296E Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Plasmid: pNUT / Cell line (production host): BHK / Organ (production host): kidney / Production host: Mesocricetus auratus (golden hamster) / References: UniProt: P02787 #2: Chemical | ChemComp-FE / #3: Chemical | ChemComp-CO3 / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.63 Å3/Da / Density % sol: 53.22 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.4 Details: Protein: 35mg/ml, 0.1M ammonium bicarbonate. Well: 20% PEG 3350, 0.2 M potassium acetate, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 110 K |
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU RU300 / Wavelength: 1.5418 |
Detector | Type: MAR scanner 345 mm plate / Detector: IMAGE PLATE / Date: Apr 15, 2006 / Details: Osmic mirrors |
Radiation | Monochromator: osmic mirrors / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.8→48 Å / Num. all: 83306 / Num. obs: 83306 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 16.4 |
Reflection shell | Resolution: 2.8→2.95 Å / Redundancy: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.406 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 98.8 |
-Phasing
Phasing MR |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: Wild type transferrin. PDB entry code 1A8E. Resolution: 2.8→29.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.921 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.893 / SU B: 41.761 / SU ML: 0.373 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.405 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 57.888 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.8→29.76 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Number: 2556 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 2.8→2.872 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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