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- PDB-2o7u: Crystal structure of K206E/K296E mutant of the N-terminal half mo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2o7u
タイトルCrystal structure of K206E/K296E mutant of the N-terminal half molecule of human transferrin
要素Serotransferrin
キーワードMETAL TRANSPORT / Human transferrin (トランスフェリン) / Iron binding protein / Dilysine pair
機能・相同性
機能・相同性情報


iron chaperone activity / Transferrin endocytosis and recycling / transferrin receptor binding / basal part of cell / positive regulation of cell motility / endocytic vesicle / positive regulation of bone resorption / positive regulation of phosphorylation / クラスリン / ERK1 and ERK2 cascade ...iron chaperone activity / Transferrin endocytosis and recycling / transferrin receptor binding / basal part of cell / positive regulation of cell motility / endocytic vesicle / positive regulation of bone resorption / positive regulation of phosphorylation / クラスリン / ERK1 and ERK2 cascade / osteoclast differentiation / basal plasma membrane / ferric iron binding / actin filament organization / ferrous iron binding / Post-translational protein phosphorylation / Iron uptake and transport / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / regulation of protein stability / regulation of iron ion transport / HFE-transferrin receptor complex / cellular response to iron ion / recycling endosome / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / late endosome / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Platelet degranulation / Clathrin-mediated endocytosis / antibacterial humoral response / iron ion transport / cytoplasmic vesicle / secretory granule lumen / blood microparticle / intracellular iron ion homeostasis / vesicle / エンドソーム / endosome membrane / apical plasma membrane / 小胞体 / perinuclear region of cytoplasm / positive regulation of DNA-templated transcription / 細胞膜 / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Serotransferrin, mammalian / Transferrin-like domain signature 2. / Transferrin family, iron binding site / Transferrin-like domain signature 1. / Transferrin-like domain signature 3. / Transferrin-like domain / トランスフェリン / トランスフェリン / Transferrin-like domain profile. / トランスフェリン ...Serotransferrin, mammalian / Transferrin-like domain signature 2. / Transferrin family, iron binding site / Transferrin-like domain signature 1. / Transferrin-like domain signature 3. / Transferrin-like domain / トランスフェリン / トランスフェリン / Transferrin-like domain profile. / トランスフェリン / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
炭酸塩 / : / Serotransferrin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Baker, H.M. / Nurizzo, D. / Mason, A.B. / Baker, E.N.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2007
タイトル: Structures of two mutants that probe the role in iron release of the dilysine pair in the N-lobe of human transferrin.
著者: Baker, H.M. / Nurizzo, D. / Mason, A.B. / Baker, E.N.
履歴
登録2006年12月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
B: Serotransferrin
A: Serotransferrin
C: Serotransferrin
D: Serotransferrin
E: Serotransferrin
F: Serotransferrin
G: Serotransferrin
H: Serotransferrin
I: Serotransferrin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)335,97927
ポリマ－334,9369
非ポリマー1,04318
水1,29772
1
B: Serotransferrin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,3313
ポリマ－37,2151
非ポリマー1162
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Serotransferrin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,3313
ポリマ－37,2151
非ポリマー1162
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Serotransferrin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,3313
ポリマ－37,2151
非ポリマー1162
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Serotransferrin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,3313
ポリマ－37,2151
非ポリマー1162
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Serotransferrin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,3313
ポリマ－37,2151
非ポリマー1162
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Serotransferrin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,3313
ポリマ－37,2151
非ポリマー1162
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: Serotransferrin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,3313
ポリマ－37,2151
非ポリマー1162
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: Serotransferrin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,3313
ポリマ－37,2151
非ポリマー1162
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
9
I: Serotransferrin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,3313
ポリマ－37,2151
非ポリマー1162
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)169.462, 97.897, 208.953
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.01, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A B C
12D E F G H I

NCSドメイン領域:

Dom-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: CO3 / End label comp-ID: CO3 / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 3 - 600 / Label seq-ID: 3

Component-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AB - M
21BA - K
31CC - O
12DD - Q
22EE - S
32FF - U
42GG - W
52HH - Y
62II - AA

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質
Serotransferrin / Transferrin / Siderophilin / Beta-1-metal-binding globulin


分子量: 37215.137 Da / 分子数: 9 / 断片: N-lobe / 変異: K206E, K296E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pNUT / 細胞株 (発現宿主): BHK / 器官 (発現宿主): kidney
発現宿主: Mesocricetus auratus (ゴールデンハムスター)
参照: UniProt: P02787
#2: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION / 鉄


分子量: 55.845 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物
ChemComp-CO3 / CARBONATE ION / 炭酸ジアニオン / 炭酸塩


分子量: 60.009 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO3
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.22 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: Protein: 35mg/ml, 0.1M ammonium bicarbonate. Well: 20% PEG 3350, 0.2 M potassium acetate, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年4月15日 / 詳細: Osmic mirrors
放射モノクロメーター: osmic mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→48 Å / Num. all: 83306 / Num. obs: 83306 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 16.4
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.406 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 98.8

-
位相決定

Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.8 Å47.64 Å
Translation2.8 Å47.64 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
MAR345345データ収集
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Wild type transferrin. PDB entry code 1A8E.

1a8e


解像度: 2.8→29.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.921 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.893 / SU B: 41.761 / SU ML: 0.373 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.405 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25885 4132 5 %RANDOM
Rwork0.22961 ---
obs0.23109 78012 97.33 %-
all-82144 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 57.888 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.14 Å20 Å20.2 Å2
2---0.28 Å20 Å2
3---0.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→29.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数22950 0 45 72 23067
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.02223607
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3231.9631977
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.99352952
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.1624.51080
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.55153897
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.61215108
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.23375
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0218180
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2220.210736
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.310.216095
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1480.2751
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0840.219
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3170.2130
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2860.216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.441.515124
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.854223580
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.29939615
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.3134.58397
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / 数: 2556 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Atight positional0.030.05
1Btight positional0.020
1Ctight positional0.020
2Dtight positional0.040.05
2Etight positional0.040
2Ftight positional0.040
2Gtight positional0.030
2Htight positional0.030
2Itight positional0.030
1Atight thermal0.050.5
1Btight thermal0.050
1Ctight thermal0.050
2Dtight thermal0.060.5
2Etight thermal0.060
2Ftight thermal0.060
2Gtight thermal0.060
2Htight thermal0.060
2Itight thermal0.050
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.872 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.408 312 -
Rwork0.381 5706 -
obs--96.81 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.38221.0388-0.61266.73040.93645.91620.03490.02450.00790.0754-0.49270.4979-0.0964-0.33540.4578-0.3979-0.0038-0.0971-0.3165-0.0265-0.3991-64.5832.05549.026
26.1492-1.4667-0.36662.74140.93795.9293-0.32790.2592-0.37590.2029-0.13590.26720.376-0.08970.4638-0.4019-0.00870.0517-0.28350.047-0.4067-47.0861.71690.301
34.72412.28990.93434.4566-0.23596.1158-0.4166-0.17740.4285-0.2484-0.06030.2251-0.245-0.24570.4769-0.3864-0.0051-0.0003-0.3196-0.0912-0.4005-17.50615.73920.646
44.1631.9255-0.2314.2139-1.00276.1668-0.1733-0.10940.35970.0401-0.1456-0.0942-0.85440.14530.3189-0.29-0.0542-0.2055-0.2023-0.0594-0.3673-56.95442.62782.362
52.6387-0.8419-0.97915.85210.34026.2065-0.1488-0.0888-0.24690.1099-0.205-0.29330.60570.70080.3538-0.24180.0310.0285-0.24540.1895-0.4051-61.90152.75912.705
65.94810.82560.77212.3852-0.58396.4894-0.22090.0728-0.1199-0.1386-0.1401-0.3570.2920.8410.3611-0.33-0.03880.1333-0.16080.1324-0.4066-34.1113.06556.947
77.29165.19-2.71446.4943-1.72734.3723-0.52350.6022-0.3114-0.2810.511-0.0930.1764-0.20.0125-0.2345-0.12880.050.1827-0.0792-0.3446-15.00461.48386.849
810.97462.41482.60052.4061.40474.35170.3486-0.72460.22490.0725-0.35330.25380.0383-0.16190.0046-0.0867-0.23380.0280.0237-0.0587-0.3223.18829.99752.465
92.5209-2.3605-0.075411.07873.05814.26990.0926-0.09120.0705-0.907-0.08320.3329-0.2096-0.0189-0.00940.1361-0.0998-0.0927-0.19460.0051-0.3292-66.5796.97717.182
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AB3 - 3313 - 331
2X-RAY DIFFRACTION2BA3 - 3313 - 331
3X-RAY DIFFRACTION3CC3 - 3313 - 331
4X-RAY DIFFRACTION4DD3 - 3313 - 331
5X-RAY DIFFRACTION5EE3 - 3313 - 331
6X-RAY DIFFRACTION6FF3 - 3313 - 331
7X-RAY DIFFRACTION7GG3 - 3313 - 331
8X-RAY DIFFRACTION8HH3 - 3313 - 331
9X-RAY DIFFRACTION9II3 - 3313 - 331

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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