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- PDB-2o7o: Crystal structure analysis of TetR(D) complex with doxycycline -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2o7o
タイトルCrystal structure analysis of TetR(D) complex with doxycycline
要素Tetracycline repressor protein class D
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR / helix-turn-helix / metal coordination
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Tetracycline transcriptional regulator, TetR / Tetracycline repressor TetR, C-terminal / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / DNA-binding HTH domain, TetR-type, conserved site / TetR-type HTH domain signature. / : / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family ...Tetracycline transcriptional regulator, TetR / Tetracycline repressor TetR, C-terminal / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / DNA-binding HTH domain, TetR-type, conserved site / TetR-type HTH domain signature. / : / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-DXT / Tetracycline repressor protein class D
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.89 Å
データ登録者Aleksandrov, A. / Proft, J. / Hinrichs, W.
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2007
タイトル: Protonation Patterns in Tetracycline:Tet Repressor Recognition: Simulations and Experiments
著者: Aleksandrov, A. / Proft, J. / Hinrichs, W. / Simonson, T.
履歴
登録2006年12月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42021年11月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / diffrn_source / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tetracycline repressor protein class D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9246
ポリマ－23,2881
非ポリマー6365
水1,838102
1
A: Tetracycline repressor protein class D
ヘテロ分子

A: Tetracycline repressor protein class D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,84812
ポリマ－46,5772
非ポリマー1,27110
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_665-x+1,-y+1,z1
Buried area8520 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area18770 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)65.830, 65.830, 179.502
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-301-

SO4

詳細The second part of the biological homodimer is generated by the two fold axis: -x+1, -y+1,z.

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Tetracycline repressor protein class D


分子量: 23288.334 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 2-208 / 変異: A2S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: pwh 610 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): K12 DELTA H1 DELTA TRP / 参照: UniProt: P0ACT4

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非ポリマー , 5種, 107分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-DXT / (4S,4AR,5S,5AR,6R,12AS)-4-(DIMETHYLAMINO)-3,5,10,12,12A-PENTAHYDROXY-6-METHYL-1,11-DIOXO-1,4,4A,5,5A,6,11,12A-OCTAHYDROTETRACENE-2-CARBOXAMIDE / DOXYTETRACYCLINE / DOXYCYCLINE / ドキシサイクリン


分子量: 444.435 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H24N2O8 / コメント: 抗生剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.06 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 1.1M AMMONIUM SULPHATE, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.8011 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月1日
放射モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8011 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.89→19.34 Å / Num. all: 16248 / Num. obs: 16248 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 15.8 % / Biso Wilson estimate: 29.9 Å2 / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 29.6
反射 シェル解像度: 1.89→1.93 Å / 冗長度: 10.3 % / Mean I/σ(I) obs: 7.3 / Num. unique all: 785 / Rsym value: 0.36 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MAR345CCD 165データ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2TCT

2tct


解像度: 1.89→19.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 4.395 / SU ML: 0.129 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.183 / ESU R Free: 0.161 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24323 817 5 %RANDOM
Rwork0.2021 ---
all0.20419 16248 --
obs0.20419 15374 99.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.971 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.64 Å20 Å20 Å2
2--1.64 Å20 Å2
3----3.29 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.161 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.89→19.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1641 0 40 102 1783
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0211731
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021168
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9741.9962357
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.13932832
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.565210
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.10323.52985
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.52115297
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.1061517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.170.2266
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.021934
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02355
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2440.2481
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2070.21285
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1970.2914
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1020.2937
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.180.297
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1220.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2710.229
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2640.293
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.20.221
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6151.51323
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3431.5422
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.90221669
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0973772
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2334.5688
LS精密化 シェル解像度: 1.892→1.941 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.349 77 -
Rwork0.256 1099 -
obs--99.41 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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