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- PDB-2o50: The crystal structure of Toxoplasma gondii Enoyl acyl carrier pro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2o50
タイトルThe crystal structure of Toxoplasma gondii Enoyl acyl carrier protein reductase
要素Enoyl-acyl carrier reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / enoyl reductase / Rossmann fold
機能・相同性
機能・相同性情報


enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / fatty acid biosynthetic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Enoyl-acyl carrier reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Muench, S.P. / Prigge, S.T. / McLeod, R. / Rafferty, J.B. / Rice, D.W.
引用
ジャーナル: ACTA CRYSTALLOGR.,SECT.D / 年: 2007
タイトル: Studies of Toxoplasma gondii and Plasmodium falciparum enoyl acyl carrier protein reductase and implications for the development of antiparasitic agents
著者: Muench, S.P. / Prigge, S.T. / McLeod, R. / Rafferty, J.B. / Kirisits, M.J. / Roberts, C.W. / Mui, E.J. / Rice, D.W.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2006
タイトル: Expression, purification and preliminary crystallographic analysis of the Toxoplasma gondii enoyl reductase
著者: Muench, S.P. / Prigge, S.T. / Zhu, L. / Kirisits, M.J. / Roberts, C.W. / Wernimont, S. / McLeod, R. / Rice, D.W.
履歴
登録2006年12月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年12月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Enoyl-acyl carrier reductase
B: Enoyl-acyl carrier reductase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,1582
ポリマ－67,1582
非ポリマー00
水19811
1
A: Enoyl-acyl carrier reductase
B: Enoyl-acyl carrier reductase

A: Enoyl-acyl carrier reductase
B: Enoyl-acyl carrier reductase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,3174
ポリマ－134,3174
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area17060 Å2
ΔGint-103 kcal/mol
Surface area39780 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)76.004, 76.004, 187.471
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Refine code: 4

Dom-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1PROPROAA4 - 3064 - 306
2PHEPHEBB3 - 3063 - 306

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要素

#1: タンパク質 Enoyl-acyl carrier reductase


分子量: 33579.129 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 103-417 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
株: RH / 遺伝子: ENR / プラスミド: pMALc2x / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Codon Plus (DE3)
参照: UniProt: Q6UCJ9, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.13 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1M Tris, 25% (v/v) tert-Butanol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.542 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年7月1日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Ni Filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.542 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→30 Å / Num. obs: 13758 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 10.1 % / Rmerge(I) obs: 0.18 / Net I/σ(I): 16.2
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / Rmerge(I) obs: 0.65 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ収集
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2O2Y

2o2y


解像度: 2.9→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.88 / SU B: 42.097 / SU ML: 0.353 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.457 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27732 730 5 %RANDOM
Rwork0.20943 ---
obs0.2128 13758 99.66 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.201 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.29 Å21.15 Å20 Å2
2--2.29 Å20 Å2
3----3.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4288 0 0 11 4299
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0224369
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3891.9675943
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3755574
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.2423.82178
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.81415638
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.3671525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2663
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023366
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2410.22050
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3130.22978
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1710.2179
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1930.2105
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1820.228
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3951.52896
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.71424530
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.12831646
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.7494.51413
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 2085 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
medium positional0.340.5
medium thermal0.552
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.357 56 -
Rwork0.316 982 -
obs--99.14 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3477-0.1521-0.38851.020.10311.3799-0.0825-0.0262-0.22040.01640.0616-0.19030.46560.29360.0209-0.05530.04630.0033-0.14260.0098-0.047227.30692.2592.2319
21.246-0.0693-0.23721.02340.09591.8502-0.02280.34540.1286-0.2761-0.0022-0.1307-0.14950.22840.025-0.1033-0.02560.0018-0.09160.0333-0.094414.182718.939-22.6015
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA4 - 3064 - 306
2X-RAY DIFFRACTION2BB3 - 3063 - 306

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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