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万見
- PDB-2o3i: X-ray Crystal Structure of Protein CV_3147 from Chromobacterium v... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2o3i
タイトルX-ray Crystal Structure of Protein CV_3147 from Chromobacterium violaceum. Northeast Structural Genomics Consortium Target CvR68.
要素Hypothetical protein
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / NESG / CvR68 / Q7NTB2 / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium
機能・相同性
機能・相同性情報


CV3147-like / CV3147-like / CV3147-like fold / CV3147-like domain / Protein of unknown function DUF917 / Protein of unknown function DUF917, C-terminal / Protein of unknown function DUF917, N-terminal / : / S-Me-THD-like, N-terminal domain / S-Me-THD-like, C-terminal domain ...CV3147-like / CV3147-like / CV3147-like fold / CV3147-like domain / Protein of unknown function DUF917 / Protein of unknown function DUF917, C-terminal / Protein of unknown function DUF917, N-terminal / : / S-Me-THD-like, N-terminal domain / S-Me-THD-like, C-terminal domain / Beta Barrel / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DUF917 domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chromobacterium violaceum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Vorobiev, S.M. / Chen, Y. / Seetharaman, J. / Cunningham, K. / Ma, L.C. / Janjua, H. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Tong, L. ...Vorobiev, S.M. / Chen, Y. / Seetharaman, J. / Cunningham, K. / Ma, L.C. / Janjua, H. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the hypothetical protein Q7NTB2_CHRVO from Chromobacterium violaceum
著者: Vorobiev, S.M. / Chen, Y. / Seetharaman, J. / Cunningham, K. / Ma, L.C. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F.
履歴
登録2006年12月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.62024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 300 BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 ... BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAIN(S). SEE REMARK 350 FOR INFORMATION ON GENERATING THE BIOLOGICAL MOLECULE(S). AUTHORS STATE THAT THE DIMERIC ASSEMBLY OF THE BIOLOGICAL UNIT IS BASED ON LIGHT SCATTERING AND GEL FILTRATION DATA, AND THAT OTHER POSSIBLE MULTIMERIZATION STATE IS PURELY CRYSTALLOGRAPHIC.
Remark 999 SEQUENCE AUTHORS STATE THAT THE MUTATIONS SER271PRO AND GLY395ARG ARE THE RESULT OF CLONING PROCEDURE

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein
B: Hypothetical protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,5652
ポリマ－86,5652
非ポリマー00
水4,089227
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1670 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area28280 Å2
手法PISA
2
A: Hypothetical protein
B: Hypothetical protein

A: Hypothetical protein
B: Hypothetical protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,1304
ポリマ－173,1304
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
Buried area5890 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area54020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.336, 125.608, 65.349
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
詳細Dimer (according to Gel-filtration)

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要素

#1: タンパク質 Hypothetical protein


分子量: 43282.414 Da / 分子数: 2 / 変異: S271P, G395R / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chromobacterium violaceum (バクテリア)
株: HAMAP536 / 遺伝子: CV_3147 / プラスミド: pET21 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7NTB2
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 227 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.77 % / 解説: The structure factor file contains Friedel pairs
結晶化温度: 277 K / 手法: microbatch under oil / pH: 9
詳細: 40% PEG 1000, 0.1 M Magnesium sulfate, 0.1 M TAPS, pH 9.0, Microbatch under oil, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→30 Å / Num. all: 65131 / Num. obs: 65131 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 20 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.114 / Net I/σ(I): 14.3
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.473 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / Num. unique all: 6566 / % possible all: 97.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→29.92 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 81883.85 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: The Friedel pairs were used for phasing
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.228 2218 3.9 %RANDOM
Rwork0.198 ---
obs0.198 57387 87.9 %-
all-65131 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 34.1937 Å2 / ksol: 0.316507 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 34.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.7 Å20 Å20 Å2
2--15.18 Å20 Å2
3----14.48 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.3 Å0.26 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.24 Å0.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→29.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5386 0 0 227 5613
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.93
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.273 337 4 %
Rwork0.222 8091 -
obs--77.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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