PDB-2o2y: The crystal structure of P. falciparum enoyl acyl carrier protein...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2o2y

タイトル

The crystal structure of P. falciparum enoyl acyl carrier protein reductase

要素

Enoyl-acyl carrier reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / enoyl reductase / Rossmann fold / triclosan binding

機能・相同性

機能・相同性情報

enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / fatty acid biosynthetic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Muench, S.P. / Prigge, S.T. / McLeod, R. / Rafferty, J.B. / Kirisits, M.J. / Roberts, C.W. / Mui, E.J. / Rice, D.W.

引用

ジャーナル: ACTA CRYSTALLOGR.,SECT.D / 年: 2007
タイトル: Studies of Toxoplasma gondii and Plasmodium falciparum enoyl acyl carrier protein reductase and implications for the development of antiparasitic agents
著者: Muench, S.P. / Prigge, S.T. / McLeod, R. / Rafferty, J.B. / Kirisits, M.J. / Roberts, C.W. / Mui, E.J. / Rice, D.W.

履歴

登録	2006年11月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2006年12月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2023年10月25日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年12月25日	Group: Advisory / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entry_details ...pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entry_details / pdbx_validate_close_contact / struct_conn

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2o2y.cif.gz	252.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2o2y.ent.gz	202.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2o2y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2o2y_validation.pdf.gz	2.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2o2y_full_validation.pdf.gz	2.6 MB	表示
XML形式データ	2o2y_validation.xml.gz	53.3 KB	表示
CIF形式データ	2o2y_validation.cif.gz	70.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o2/2o2y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o2/2o2y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2o2sC 2o50C 1d7oS 1d8a 1nhg 2pd3 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1nhw-2 1nhg-2 1vrw-2 3lt0-1 3lt4-1 3am5-1 1uh5-1 3lsy-1 1zsn-1 2ol4-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (2) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Enoyl-acyl carrier reductase

B: Enoyl-acyl carrier reductase

C: Enoyl-acyl carrier reductase

D: Enoyl-acyl carrier reductase

ヘテロ分子

163 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	88.184, 82.368, 94.824
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.77, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: TYR / End label comp-ID: TYR / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 15 - 344 / Label seq-ID: 15 - 344

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B
3	C	C
4	D	D

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Enoyl-acyl carrier reductase / Enoyl-ACP reductase 分子量: 39631.672 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 84-432 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) 株: 3D7 / 遺伝子: FabI / プラスミド: pMALc2x / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Star (DE3) 参照: UniProt: Q9BH77, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH)

#1: タンパク質

Enoyl-acyl carrier reductase / Enoyl-ACP reductase

分子量: 39631.672 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 84-432 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 遺伝子: FabI / プラスミド: pMALc2x / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Star (DE3)
参照: UniProt: Q9BH77, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH)

-
非ポリマー , 5種, 508分子

#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#4: 化合物	ChemComp-TCL / TRICLOSAN / トリクロサン分子量: 289.542 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₇Cl₃O₂ / コメント: 抗真菌剤, 抗生剤, 可溶化剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 495 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.36 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 19.5% w/v PEG 3350, 200mM KI, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.1 / 波長: 0.96 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年9月20日 / 詳細: mirror
放射	モノクロメーター: 2 assymetric cut Si (111) crystals プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.96 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 77321 / Num. obs: 77321 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.095
反射シェル	解像度: 2.2→2.26 Å / R_merge(I) obs: 0.395 / % possible all: 94.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1D7O

1d7o

解像度: 2.2→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.937 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.902 / SU B: 13.518 / SU ML: 0.179 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.293 / ESU R Free: 0.217 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24562	3374	5 %	RANDOM
R_work	0.19978	-	-	-
obs	0.20211	64111	97.73 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.084 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.7 Å²	0 Å²	-1.75 Å²
2-	-	-1.39 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.36 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9161	0	253	495	9909

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	9562
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	8456
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.286	1.992	12944
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.783	3	19699
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.969	5	1151
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.752	24.615	416
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.406	15	1641
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.417	15	42
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	1425
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	10450
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1888
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.2	0.2	2170
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.178	0.2	8895
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.182	0.2	4714
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.085	0.2	5065
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.164	0.2	562
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.203	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.157	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.192	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.397	1.5	5954
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.133	1.5	2369
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.615	2	9239
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.387	3	4274
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.1	4.5	3705

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	1697	medium positional	0.24	0.5
2	B	1697	medium positional	0.26	0.5
3	C	1697	medium positional	0.2	0.5
4	D	1697	medium positional	0.22	0.5
1	A	2516	loose positional	0.84	5
2	B	2516	loose positional	0.81	5
3	C	2516	loose positional	0.67	5
4	D	2516	loose positional	0.7	5
1	A	1697	medium thermal	0.39	2
2	B	1697	medium thermal	0.39	2
3	C	1697	medium thermal	0.43	2
4	D	1697	medium thermal	0.53	2
1	A	2516	loose thermal	0.83	10
2	B	2516	loose thermal	0.96	10
3	C	2516	loose thermal	0.83	10
4	D	2516	loose thermal	1.14	10

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.295	228	-
R_work	0.242	4567	-
obs	-	-	95.06 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5952	0.0066	0.2504	1.14	0.23	1.5273	0.0437	0.0221	-0.1854	-0.0515	-0.0434	0.3041	0.2281	-0.3831	-0.0003	-0.0872	-0.0497	-0.008	-0.0254	-0.0252	-0.0102	4.3601	-10.5171	15.4596
2	1.2648	0.0807	-0.0049	1.442	0.1331	1.3132	-0.008	0.2863	-0.0845	-0.2284	0.0264	-0.1658	0.0665	0.2049	-0.0185	-0.0863	0.0052	0.0303	-0.0385	-0.0427	-0.1291	37.7702	-8.9969	9.5196
3	1.5291	-0.0801	0.3582	1.3482	0.1843	1.1898	-0.0646	-0.133	0.3039	0.1206	-0.0084	0.2543	-0.2672	-0.2863	0.0729	-0.0486	0.0475	0.0152	-0.0418	-0.0508	-0.0029	9.7526	17.0705	34.638
4	1.0732	0.0373	0.36	1.3599	0.3103	1.2081	0.016	-0.1111	-0.0183	0.205	-0.0358	-0.132	0.0498	0.0249	0.0198	-0.0977	-0.0061	-0.0134	-0.1445	-0.0073	-0.141	39.8505	2.6455	41.5552

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	15 - 345	15 - 345
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	L	650	1
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	N	705	1
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	15 - 345	15 - 345
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	J	1450	1
6	X-RAY DIFFRACTION	2	B	O	706	1
7	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	13 - 346	13 - 346
8	X-RAY DIFFRACTION	3	C	M	750	1
9	X-RAY DIFFRACTION	3	C	Q	708	1
10	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	15 - 344	15 - 344
11	X-RAY DIFFRACTION	4	D	K	550	1
12	X-RAY DIFFRACTION	4	D	P	707	1

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関連情報:EMDBヘッダ

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