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- PDB-2o2q: Crystal structure of the C-terminal domain of rat 10'formyltetrah... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2o2q
タイトルCrystal structure of the C-terminal domain of rat 10'formyltetrahydrofolate dehydrogenase in complex with NADP
要素Formyltetrahydrofolate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / ALDEHYDE DEHYDROGENASE / FDH
機能・相同性
機能・相同性情報


Metabolism of folate and pterines / aldehyde dehydrogenase (NADP+) activity / formyltetrahydrofolate dehydrogenase / formyltetrahydrofolate dehydrogenase activity / 10-formyltetrahydrofolate catabolic process / aldehyde dehydrogenase [NAD(P)+] activity / NADPH regeneration / aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / folic acid metabolic process / tetrahydrofolate biosynthetic process ...Metabolism of folate and pterines / aldehyde dehydrogenase (NADP+) activity / formyltetrahydrofolate dehydrogenase / formyltetrahydrofolate dehydrogenase activity / 10-formyltetrahydrofolate catabolic process / aldehyde dehydrogenase [NAD(P)+] activity / NADPH regeneration / aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / folic acid metabolic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / protein-containing complex binding / protein-containing complex / cytosol
類似検索 - 分子機能
10-formyltetrahydrofolate dehydrogenase / Formyl transferase, C-terminal domain superfamily / Formyl transferase, C-terminal / Formyl transferase, C-terminal domain / Formyl transferase-like, C-terminal domain superfamily / Phosphoribosylglycinamide formyltransferase, active site / Phosphoribosylglycinamide formyltransferase active site. / Formyl transferase, N-terminal / Formyl transferase / Formyl transferase, N-terminal domain superfamily ...10-formyltetrahydrofolate dehydrogenase / Formyl transferase, C-terminal domain superfamily / Formyl transferase, C-terminal / Formyl transferase, C-terminal domain / Formyl transferase-like, C-terminal domain superfamily / Phosphoribosylglycinamide formyltransferase, active site / Phosphoribosylglycinamide formyltransferase active site. / Formyl transferase, N-terminal / Formyl transferase / Formyl transferase, N-terminal domain superfamily / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Cytosolic 10-formyltetrahydrofolate dehydrogenase / Cytosolic 10-formyltetrahydrofolate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Tsybovsky, Y. / Donato, H. / Krupenko, N.I. / Davies, C. / Krupenko, S.A.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007
タイトル: Crystal structures of the carboxyl terminal domain of rat 10-formyltetrahydrofolate dehydrogenase: implications for the catalytic mechanism of aldehyde dehydrogenases.
著者: Tsybovsky, Y. / Donato, H. / Krupenko, N.I. / Davies, C. / Krupenko, S.A.
履歴
登録2006年11月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.name
改定 1.42023年8月30日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Formyltetrahydrofolate dehydrogenase
B: Formyltetrahydrofolate dehydrogenase
C: Formyltetrahydrofolate dehydrogenase
D: Formyltetrahydrofolate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)232,61544
ポリマ－226,4864
非ポリマー6,12940
水33,2201844
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area30700 Å2
ΔGint-478 kcal/mol
Surface area58620 Å2
手法PISA
2
A: Formyltetrahydrofolate dehydrogenase
B: Formyltetrahydrofolate dehydrogenase
C: Formyltetrahydrofolate dehydrogenase
D: Formyltetrahydrofolate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Formyltetrahydrofolate dehydrogenase
B: Formyltetrahydrofolate dehydrogenase
C: Formyltetrahydrofolate dehydrogenase
D: Formyltetrahydrofolate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)465,23088
ポリマ－452,9728
非ポリマー12,25880
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area62950 Å2
ΔGint-979 kcal/mol
Surface area115700 Å2
手法PISA
3
A: Formyltetrahydrofolate dehydrogenase
B: Formyltetrahydrofolate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Formyltetrahydrofolate dehydrogenase
B: Formyltetrahydrofolate dehydrogenase
ヘテロ分子

C: Formyltetrahydrofolate dehydrogenase
D: Formyltetrahydrofolate dehydrogenase
ヘテロ分子

C: Formyltetrahydrofolate dehydrogenase
D: Formyltetrahydrofolate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)465,23088
ポリマ－452,9728
非ポリマー12,25880
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
crystal symmetry operation1_554x,y,z-11
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area45490 Å2
ΔGint-857 kcal/mol
Surface area133170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)259.400, 194.500, 97.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.80, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細The biological unit is the tetramer

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Formyltetrahydrofolate dehydrogenase


分子量: 56621.547 Da / 分子数: 4 / 断片: C-terminal domain, residues 397-902 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Fthfd / プラスミド: PRSET-B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: Q5HZB2, UniProt: P28037*PLUS, formyltetrahydrofolate dehydrogenase

-
非ポリマー , 5種, 1884分子

#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1844 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.4 M AMMONIUM SULPHATE, 0.1M TRIS, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 299165 / Num. obs: 299165 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 19.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.136 / Rsym value: 0.136 / Net I/σ(I): 5.8
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.552 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique all: 26210 / Rsym value: 0.552 / % possible all: 85.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MAR345CCDデータ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1BI9

1bi9


解像度: 2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 2.304 / SU ML: 0.064 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.1 / ESU R Free: 0.098 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19 14997 5 %RANDOM
Rwork0.168 ---
all0.169 299163 --
obs0.169 299163 97.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.44 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.24 Å20 Å20.62 Å2
2---0.04 Å20 Å2
3---0.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15296 0 360 1844 17500
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.02216282
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2931.98122068
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.37552007
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.67724.694720
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.661152826
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.9351587
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.22440
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0212111
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1890.28138
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.30.211137
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1240.21715
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1460.234
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1040.211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6041.510302
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.988216045
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.76436824
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7274.56012
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.049 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.296 918 -
Rwork0.255 17451 -
obs-18369 81.14 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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