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万見
- PDB-2o2d: Crystal structure of phosphoglucose isomerase from Trypanosoma br... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2o2d
タイトルCrystal structure of phosphoglucose isomerase from Trypanosoma brucei complexed with citrate
要素Glucose-6-phosphate isomerase, glycosomal
キーワードISOMERASE / dimer
機能・相同性
機能・相同性情報


glucose-6-phosphate isomerase / glucose-6-phosphate isomerase activity / glucose 6-phosphate metabolic process / carbohydrate derivative binding / glycosome / monosaccharide binding / gluconeogenesis / glycolytic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phosphoglucose isomerase, C-terminal domain / Phosphoglucose isomerase, C-terminal domain - #10 / Phosphoglucose isomerase, C-terminal / Phosphoglucose isomerase signature 1. / Phosphoglucose isomerase (PGI) / Phosphoglucose isomerase, conserved site / Phosphoglucose isomerase, SIS domain 1 / Phosphoglucose isomerase, SIS domain 2 / Phosphoglucose isomerase / Phosphoglucose isomerase signature 2. ...Phosphoglucose isomerase, C-terminal domain / Phosphoglucose isomerase, C-terminal domain - #10 / Phosphoglucose isomerase, C-terminal / Phosphoglucose isomerase signature 1. / Phosphoglucose isomerase (PGI) / Phosphoglucose isomerase, conserved site / Phosphoglucose isomerase, SIS domain 1 / Phosphoglucose isomerase, SIS domain 2 / Phosphoglucose isomerase / Phosphoglucose isomerase signature 2. / Glucose-6-phosphate isomerase family profile. / SIS domain superfamily / Glucose-6-phosphate isomerase like protein; domain 1 / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / Glucose-6-phosphate isomerase, glycosomal
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Arsenieva, D. / Mazock, G.H. / Appavu, B.L. / Jeffery, C.J.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2008
タイトル: Crystal structure of phosphoglucose isomerase from Trypanosoma brucei complexed with glucose-6-phosphate at 1.6 A resolution
著者: Arsenieva, D. / Appavu, B.L. / Mazock, G.H. / Jeffery, C.J.
履歴
登録2006年11月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glucose-6-phosphate isomerase, glycosomal
B: Glucose-6-phosphate isomerase, glycosomal
C: Glucose-6-phosphate isomerase, glycosomal
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)206,2299
ポリマ－205,3763
非ポリマー8536
水20,1771120
1
A: Glucose-6-phosphate isomerase, glycosomal
ヘテロ分子

A: Glucose-6-phosphate isomerase, glycosomal
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,4866
ポリマ－136,9172
非ポリマー5684
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556x,-y,-z+11
Buried area13970 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area36420 Å2
手法PISA
2
B: Glucose-6-phosphate isomerase, glycosomal
C: Glucose-6-phosphate isomerase, glycosomal
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,4866
ポリマ－136,9172
非ポリマー5684
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14000 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area36260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.203, 217.391, 126.433
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Glucose-6-phosphate isomerase, glycosomal / E.C.5.3.1.9 / GPI / Phosphoglucose isomerase / PGI / Phosphohexose isomerase / PHI


分子量: 68458.656 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
生物種: Trypanosoma brucei / 株: 927/4 GUTat10.1 / 解説: gene placed directly under T7 promoter / 遺伝子: PGI / プラスミド: pGEMEX-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P13377, glucose-6-phosphate isomerase
#2: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細SEQUENCE 6 HIS-TAG ADDED ON C-TERMINUS. STRAIN SPECIFIC VARIATION A77T BETWEEN SWS ENTRIES P13377 AND Q4GYJ4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.78 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 10% PEG 3350, 50 mM sodium citrate and 50 mM dithiothreitol., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年12月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 134117 / Num. obs: 130394 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rsym value: 0.069 / Χ2: 0.705 / Net I/σ(I): 22.8
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.449 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique all: 11088 / Rsym value: 0.315 / Χ2: 0.535 / % possible all: 97.1

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位相決定

Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation4 Å49.93 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1T10

1t10


解像度: 1.9→40 Å / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2356 6569 -random
Rwork0.2133 ---
all-134117 --
obs-130385 97.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 21.437 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.269 Å0.2408 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.2546 Å0.2255 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13397 0 57 1120 14574
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.58
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkRefine-IDNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.9-1.970.31486470.2849X-RAY DIFFRACTION1257994.53
1.97-2.050.28266410.2622X-RAY DIFFRACTION1303798.02
2.05-2.140.28846440.2513X-RAY DIFFRACTION1306298.17
2.14-2.250.26796280.2434X-RAY DIFFRACTION1311098.38
2.25-2.390.26836980.2397X-RAY DIFFRACTION1312498.47
2.39-2.580.24536600.2283X-RAY DIFFRACTION1316398.42

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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