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- PDB-1t10: Phosphoglucose isomerase from Leishmania mexicana in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1t10
タイトルPhosphoglucose isomerase from Leishmania mexicana in complex with substrate D-fructose-6-phosphate
要素Glucose-6-phosphate isomerase
キーワードISOMERASE / phosphoglucose isomerase / substrate / D-fructose-6-phosphate
機能・相同性
機能・相同性情報


glucose-6-phosphate isomerase / glucose-6-phosphate isomerase activity / glucose 6-phosphate metabolic process / carbohydrate derivative binding / monosaccharide binding / gluconeogenesis / glycolytic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phosphoglucose isomerase, C-terminal domain / Phosphoglucose isomerase, C-terminal domain - #10 / Phosphoglucose isomerase, C-terminal / Phosphoglucose isomerase signature 1. / Phosphoglucose isomerase (PGI) / Phosphoglucose isomerase, conserved site / Phosphoglucose isomerase, SIS domain 1 / Phosphoglucose isomerase, SIS domain 2 / Phosphoglucose isomerase / Phosphoglucose isomerase signature 2. ...Phosphoglucose isomerase, C-terminal domain / Phosphoglucose isomerase, C-terminal domain - #10 / Phosphoglucose isomerase, C-terminal / Phosphoglucose isomerase signature 1. / Phosphoglucose isomerase (PGI) / Phosphoglucose isomerase, conserved site / Phosphoglucose isomerase, SIS domain 1 / Phosphoglucose isomerase, SIS domain 2 / Phosphoglucose isomerase / Phosphoglucose isomerase signature 2. / Glucose-6-phosphate isomerase family profile. / SIS domain superfamily / Glucose-6-phosphate isomerase like protein; domain 1 / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
6-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / Glucose-6-phosphate isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Leishmania mexicana mexicana (メキシコリーシュマニア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Cordeiro, A.T. / Thiemann, O.T.
引用ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 2004
タイトル: The crystal structure of glucose-6-phosphate isomerase from Leishmania mexicana reveals novel active site features
著者: Cordeiro, A.T. / Michels, P.A. / Delboni, L.F. / Thiemann, O.T.
履歴
登録2004年4月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glucose-6-phosphate isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,6222
ポリマ－67,3621
非ポリマー2601
水3,243180
1
A: Glucose-6-phosphate isomerase
ヘテロ分子

A: Glucose-6-phosphate isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,2454
ポリマ－134,7242
非ポリマー5202
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+5/61
Buried area11410 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area38240 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)85.129, 85.129, 350.089
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Cell settinghexagonal
Space group name H-MP6122
詳細The biological unit is a homodimer formed by the 2-fold crystallographic rotation applied chain A in the asymmetric unit

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要素

#1: タンパク質 Glucose-6-phosphate isomerase / E.C.5.3.1.9 / phosphoglucose isomerase / GPI / PGI / Phosphohexose isomerase / PHI


分子量: 67362.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The primary reference points to an incorrect PDB ID, 1Q1I
由来: (組換発現) Leishmania mexicana mexicana (メキシコリーシュマニア)
生物種: Leishmania mexicana / 株: mexicana / 遺伝子: PGI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P42861, glucose-6-phosphate isomerase
#2: 糖 ChemComp-F6P / 6-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / FRUCTOSE-6-PHOSPHATE / 6-O-phosphono-beta-D-fructose / 6-O-phosphono-D-fructose / 6-O-phosphono-fructose / β-D-フルクトフラノ-ス6-りん酸


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 260.136 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H13O9P
識別子タイププログラム
b-D-Fruf6PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.9 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 10% PEG 6000, pH 9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2003年4月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→74.536 Å / Num. all: 32626 / Num. obs: 32626 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 58.58 Å2 / Rsym value: 0.061
反射 シェル解像度: 2.35→2.48 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.339 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 4622 / Rsym value: 0.43 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC5.1.09精密化
HKL-2000データ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.35→74.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 8.547 / SU ML: 0.195 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.315 / ESU R Free: 0.238 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25983 1618 5 %RANDOM
Rwork0.22031 ---
all0.22228 30902 --
obs0.22228 30902 99.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.895 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.12 Å20.06 Å20 Å2
2--0.12 Å20 Å2
3----0.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→74.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4355 0 16 180 4551
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0214463
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.023974
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6921.9316045
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.96839241
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8375555
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.22624.528212
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.48515755
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.4851523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2670
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.025004
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02914
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2390.21161
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2610.24717
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0920.22420
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2360.2173
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.20.239
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2630.2142
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1880.214
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6951.52749
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.27224421
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.79831714
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9474.51624
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.411 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.323 110
Rwork0.289 2217
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 20.22 Å / Origin y: 23.055 Å / Origin z: 147.986 Å
111213212223313233
T0.1718 Å2-0.0197 Å20.0609 Å2-0.2354 Å20.0909 Å2--0.0647 Å2
L0.8227 °20.2177 °2-0.0147 °2-2.0904 °20.4202 °2--1.8039 °2
S-0.0425 Å °0.1928 Å °0.0464 Å °0.3636 Å °0.2442 Å °0.155 Å °0.2068 Å °0.0004 Å °-0.2017 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA49 - 60449 - 604
2X-RAY DIFFRACTION1AA10011001
3X-RAY DIFFRACTION1AA1002 - 11811002 - 1181

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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