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Yorodumi- PDB-3hjb: 1.5 Angstrom Crystal Structure of Glucose-6-phosphate Isomerase f... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3hjb | ||||||
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Title | 1.5 Angstrom Crystal Structure of Glucose-6-phosphate Isomerase from Vibrio cholerae. | ||||||
Components | Glucose-6-phosphate isomerase | ||||||
Keywords | ISOMERASE / glucose-6-phosphate isomerase / pgi / idp01329 / Gluconeogenesis / Glycolysis / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID | ||||||
Function / homology | Function and homology information glucose-6-phosphate isomerase / glucose-6-phosphate isomerase activity / glucose 6-phosphate metabolic process / carbohydrate derivative binding / monosaccharide binding / gluconeogenesis / glycolytic process / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Vibrio cholerae (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.5 Å | ||||||
Authors | Minasov, G. / Halavaty, A. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Papazisi, L. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: 1.5 Angstrom Crystal Structure of Glucose-6-phosphate Isomerase from Vibrio cholerae. Authors: Minasov, G. / Halavaty, A. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Papazisi, L. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3hjb.cif.gz | 563.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3hjb.ent.gz | 456.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3hjb.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3hjb_validation.pdf.gz | 475.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3hjb_full_validation.pdf.gz | 484.6 KB | Display | |
Data in XML | 3hjb_validation.xml.gz | 118.3 KB | Display | |
Data in CIF | 3hjb_validation.cif.gz | 192.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hj/3hjb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hj/3hjb | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 1gzdS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 63392.148 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: M179V Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Vibrio cholerae (bacteria) / Strain: O1 biovar El Tor str. N16961 / Gene: pgi, VC_0374 / Plasmid: pMCSG7 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21-DE3 / References: UniProt: Q9KUY4, glucose-6-phosphate isomerase |
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-Non-polymers , 6 types, 4115 molecules
#2: Chemical | ChemComp-CA / #3: Chemical | ChemComp-CL / #4: Chemical | #5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-PEG / #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.46 Å3/Da / Density % sol: 50.1 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6 Details: Protein solution: 7.7 mg/mL protein, 0.01M Tris-HCl, 0.25M Sodium Cloride, Screen solution (PACT II, drop B11): 0.2M Calcium chloride, 0.1M MES pH 6.0, 25% w/v PEG 6000., VAPOR DIFFUSION, ...Details: Protein solution: 7.7 mg/mL protein, 0.01M Tris-HCl, 0.25M Sodium Cloride, Screen solution (PACT II, drop B11): 0.2M Calcium chloride, 0.1M MES pH 6.0, 25% w/v PEG 6000., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-F / Wavelength: 0.97872 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Apr 16, 2009 / Details: Beryllium lenses |
Radiation | Monochromator: Diamond / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.5→30 Å / Num. all: 370201 / Num. obs: 370201 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 11.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 13.2 |
Reflection shell | Resolution: 1.5→1.53 Å / Redundancy: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.335 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 16052 / % possible all: 85 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 1GZD Resolution: 1.5→29.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.967 / SU B: 1.905 / SU ML: 0.033 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.057 / ESU R Free: 0.059 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.3 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 6.347 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.5→29.88 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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