PDB-6bzb: Crystal Structure of Glucose-6-phosphate Isomerase from Elizabeth...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6bzb

タイトル

Crystal Structure of Glucose-6-phosphate Isomerase from Elizabethkingia anophelis

要素

Glucose-6-phosphate isomerase

キーワード

ISOMERASE / gluconeogenesis / carbohydrate biosynthesis / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID

機能・相同性

機能・相同性情報

glucose-6-phosphate isomerase / glucose-6-phosphate isomerase activity / glucose 6-phosphate metabolic process / carbohydrate derivative binding / monosaccharide binding / gluconeogenesis / glycolytic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Elizabethkingia anophelis NUHP1 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of Glucose-6-phosphate Isomerase from Elizabethkingia anophelis
著者: Dranow, D.M. / Mayclin, S.J. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2017年12月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年1月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6bzb.cif.gz	472 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6bzb.ent.gz	383.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6bzb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bz/6bzb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bz/6bzb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3hjbS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6bzc-2 6bzc-1 1gzd-d 2wu8-d 6l9c-d 1q50-d 2cfk-d 1iat-d 1nuh-d 1t10-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-ElanA.17127.a

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (10) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (9)

登録構造単位

A: Glucose-6-phosphate isomerase

B: Glucose-6-phosphate isomerase

126 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glucose-6-phosphate isomerase

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
63 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Glucose-6-phosphate isomerase

登録者が定義した集合体
63 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.950, 104.750, 152.650
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Glucose-6-phosphate isomerase / GPI / Phosphoglucose isomerase / PGI / Phosphohexose isomerase / PHI 分子量: 62983.648 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Elizabethkingia anophelis NUHP1 (バクテリア) 遺伝子: pgi, BD94_3890 / プラスミド: ElanA.17127.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A077EQ93, glucose-6-phosphate isomerase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1347 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Glucose-6-phosphate isomerase / GPI / Phosphoglucose isomerase / PGI / Phosphohexose isomerase / PHI

分子量: 62983.648 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Elizabethkingia anophelis NUHP1 (バクテリア)
遺伝子: pgi, BD94_3890 / プラスミド: ElanA.17127.a.B1 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A077EQ93, glucose-6-phosphate isomerase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 1347 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.59 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: ElanA.17127.a.B1.PS38341 at 26.1 mg/ml was mixed 1:1 with MCSG1(f1): 0.1 M Bis-Tris:HCl, pH=6.5, 20% (w/v) PEG MME 5000, 20% ethylene glycol cryo. Tray: 295124f1, puck: hay3-9

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97876 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年10月18日 / 詳細: Beryllium Lenses

放射

モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97876 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.6→43.185 Å / Num. obs: 147843 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.971 % / B_iso Wilson estimate: 16.2 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.064 / R_rim(I) all: 0.07 / Χ²: 1.067 / Net I/σ(I): 17.46 / Num. measured all: 882722 / Scaling rejects: 16

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.6-1.64	6.151	0.545	3.37	10823	0.881	0.593	99.9
1.64-1.69	6.159	0.454	4.01	10576	0.914	0.494	99.9
1.69-1.74	6.147	0.381	4.88	10272	0.937	0.415	99.9
1.74-1.79	6.152	0.315	5.93	9989	0.955	0.344	99.9
1.79-1.85	6.139	0.253	7.46	9689	0.969	0.276	99.9
1.85-1.91	6.101	0.203	9.21	9374	0.979	0.222	99.9
1.91-1.98	6.03	0.158	11.65	9066	0.986	0.173	99.8
1.98-2.07	5.947	0.124	14.51	8718	0.991	0.136	99.8
2.07-2.16	5.87	0.098	17.63	8366	0.994	0.107	99.8
2.16-2.26	5.781	0.081	20.6	8012	0.995	0.089	99.7
2.26-2.39	5.772	0.073	22.59	7625	0.996	0.08	99.6
2.39-2.53	5.753	0.063	25.11	7226	0.996	0.07	99.7
2.53-2.7	5.732	0.056	27.52	6817	0.997	0.062	99.7
2.7-2.92	5.733	0.049	30.31	6364	0.998	0.054	99.8
2.92-3.2	5.772	0.044	33.6	5861	0.998	0.048	99.8
3.2-3.58	5.859	0.038	37.33	5318	0.998	0.041	99.8
3.58-4.13	5.996	0.033	39.94	4736	0.999	0.036	99.8
4.13-5.06	6.051	0.029	41.69	4041	0.999	0.032	100
5.06-7.16	5.967	0.028	40.48	3168	0.999	0.031	99.8
7.16-43.185	5.509	0.026	40.97	1802	0.999	0.028	97.4

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	(dev_2919)	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
MoRDa		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3HJB

3hjb

解像度: 1.6→43.185 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.77

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1768	1933	1.31 %
R_work	0.1488	-	-
obs	0.1492	147818	99.79 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 75.89 Å² / B_iso mean: 21.5199 Å² / B_iso min: 8.14 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.6→43.185 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8666	0	0	1361	10027
B_iso mean	-	-	-	32.2	-
残基数	-	-	-	-	1093

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.6-1.64	0.2439	138	0.1914	10295	10433	100
1.64-1.6844	0.2142	137	0.1825	10347	10484	100
1.6844-1.7339	0.227	139	0.1757	10313	10452	100
1.7339-1.7899	0.2112	144	0.1716	10336	10480	100
1.7899-1.8539	0.1914	127	0.1641	10368	10495	100
1.8539-1.9281	0.1984	137	0.1712	10350	10487	100
1.9281-2.0159	0.2054	157	0.1638	10318	10475	100
2.0159-2.1221	0.2167	140	0.1635	10396	10536	100
2.1221-2.2551	0.1843	135	0.1543	10399	10534	100
2.2551-2.4292	0.2077	135	0.1564	10384	10519	100
2.4292-2.6736	0.1797	142	0.1525	10416	10558	100
2.6736-3.0604	0.1713	134	0.1453	10499	10633	100
3.0604-3.8554	0.1351	129	0.1285	10569	10698	100
3.8554-43.2009	0.142	139	0.1275	10895	11034	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3923	-1.0467	0.0316	2.3955	0.3401	1.0763	0.0118	0.3578	0.0496	-0.3932	-0.0335	-0.0104	-0.1107	0.076	0.0218	0.2078	-0.0747	0.0006	0.249	0.0475	0.1131	27.5069	12.8271	-44.8812
2	0.6323	0.2074	0.3381	0.4833	0.327	1.0464	-0.0863	0.0673	0.1568	-0.1	0.0431	0.005	-0.2446	0.1496	0.064	0.1443	-0.0409	-0.0012	0.1201	0.0221	0.1516	34.0241	23.4794	-22.7237
3	1.0765	0.0483	-0.0214	0.4884	0.4088	1.3015	0.04	-0.0659	-0.1069	0.1351	-0.0096	-0.0438	0.135	0.043	-0.0336	0.143	-0.0137	-0.0203	0.0992	0.0068	0.1197	31.3275	3.9957	-2.3874
4	2.1635	-0.1271	0.8327	1.8373	-0.1196	1.855	0.0612	-0.2016	0.044	0.1747	-0.0743	0.0709	0.0478	-0.0807	0.0102	0.1277	-0.0375	0.0119	0.1252	-0.0327	0.0912	26.0076	13.7291	5.9193
5	0.4571	0.1617	0.1397	0.5379	0.2717	0.6625	-0.012	0.0861	0.0155	-0.0457	0.0205	-0.0202	-0.0438	0.0676	-0.0092	0.0794	-0.0063	0	0.112	0.0006	0.0937	28.9495	8.7373	-25.509
6	3.4566	-1.1944	-1.0907	4.3339	2.5999	5.3851	-0.1332	0.1464	-0.4463	0.1921	0.0702	0.034	0.4235	0.1747	0.0536	0.1913	0.0077	-0.0012	0.2124	-0.067	0.1572	17.3697	-20.4264	-47.6974
7	0.4698	0.0675	0.2461	0.58	0.2646	0.6025	-0.0265	-0.0368	0.0592	0.0253	-0.0369	0.0828	-0.0294	-0.0901	0.0346	0.0938	-0.0015	-0.012	0.0955	-0.013	0.1027	16.1272	11.1765	-18.2822
8	1.0031	-0.0028	-0.0354	1.2369	0.6963	1.1888	0.012	0.04	0.0563	-0.1302	-0.2184	0.3748	-0.1242	-0.3674	0.1906	0.1391	0.0122	-0.0461	0.2895	-0.0927	0.2904	-8.3274	1.7421	-25.7131
9	0.671	-0.0242	0.1141	0.7429	0.2576	0.7867	0.0394	0.0088	-0.1677	0.1065	-0.1178	0.1745	0.2908	-0.2212	0.0173	0.2275	-0.0937	0.034	0.1961	-0.0599	0.2247	3.3542	-21.0035	-21.5646
10	1.2825	0.0042	-0.2208	0.6288	-0.0936	0.5915	0.0552	-0.1109	-0.1223	0.239	-0.0087	-0.0938	0.2151	0.0317	-0.0256	0.2381	-0.0012	-0.0477	0.1061	0.0034	0.1484	28.0174	-15.7595	-8.4804
11	1.5135	0.0055	0.137	1.0826	-0.1943	2.2028	0.0184	0.0035	-0.2238	0.2073	0.0055	-0.2377	0.2869	-0.0224	-0.065	0.2471	0.0299	-0.048	0.1058	-0.0292	0.2163	33.6199	-21.9953	-17.1612
12	1.1113	-0.071	0.0151	0.6033	-0.1158	0.4624	0.0688	0.0535	-0.3842	0.1237	0.0201	-0.1691	0.3635	0.0379	-0.0143	0.3281	0.0251	-0.0537	0.1183	-0.038	0.2769	26.521	-28.2988	-16.7417
13	0.4508	0.0625	0.0438	0.669	0.3919	0.7266	0.0151	0.0033	-0.029	0.0542	-0.108	0.1206	0.0969	-0.1803	0.0477	0.0931	-0.0318	0.0173	0.1457	-0.0333	0.1301	7.2662	-3.1511	-18.4201
14	0.4932	-0.5776	-0.8517	3.4939	0.8407	2.5356	0.2603	0.0897	0.0254	-0.0306	-0.1217	-0.1138	-0.1938	0.0168	-0.1133	0.1725	0.064	-0.0072	0.1719	-0.0243	0.1758	4.5342	32.8193	-17.0631
15	0.3985	0.0909	0.1573	0.5872	0.2118	0.5532	0.0152	0.0699	-0.1093	-0.0031	-0.0201	0.0031	0.0908	-0.0039	0.0259	0.1213	-0	-0.0077	0.1343	-0.0399	0.1249	18.7741	-5.8708	-28.2489

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 52 )	A	1 - 52
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 53 through 136 )	A	53 - 136
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 137 through 197 )	A	137 - 197
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 198 through 252 )	A	198 - 252
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 253 through 432 )	A	253 - 432
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 433 through 460 )	A	433 - 460
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 461 through 547 )	A	461 - 547
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 2 through 52 )	B	2 - 52
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 53 through 135 )	B	53 - 135
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 136 through 197 )	B	136 - 197
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 198 through 226 )	B	198 - 226
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 227 through 274 )	B	227 - 274
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 275 through 432 )	B	275 - 432
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 433 through 456 )	B	433 - 456
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 457 through 547 )	B	457 - 547

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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