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- PDB-2o03: Crystal structure of FurB from M. tuberculosis- a Zinc uptake reg... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2o03
タイトルCrystal structure of FurB from M. tuberculosis- a Zinc uptake regulator
要素probable Zinc uptake regulation protein FurB
キーワードGENE REGULATION / Zinc uptake / DNA-binding / helix-turn-helix / Zinc binding
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of secondary metabolite biosynthetic process / DNA-binding transcription repressor activity / response to zinc ion / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / DNA binding ...regulation of secondary metabolite biosynthetic process / DNA-binding transcription repressor activity / response to zinc ion / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / DNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ferric-uptake regulator, C-terminal dimerisarion domain / Ferric-uptake regulator, C-terminal domain / Ferric-uptake regulator / Ferric uptake regulator family / Dna Ligase; domain 1 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich ...Ferric-uptake regulator, C-terminal dimerisarion domain / Ferric-uptake regulator, C-terminal domain / Ferric-uptake regulator / Ferric uptake regulator family / Dna Ligase; domain 1 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Zinc uptake regulation protein / Zinc uptake regulation protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.699 Å
データ登録者Lucarelli, D. / Russo, S. / Pohl, E.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Crystal structure and function of the zinc uptake regulator FurB from Mycobacterium tuberculosis.
著者: Lucarelli, D. / Russo, S. / Garman, E. / Milano, A. / Meyer-Klaucke, W. / Pohl, E.
履歴
登録2006年11月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年2月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: probable Zinc uptake regulation protein FurB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6884
ポリマ－14,4921
非ポリマー1963
水1448
1
A: probable Zinc uptake regulation protein FurB
ヘテロ分子

A: probable Zinc uptake regulation protein FurB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3768
ポリマ－28,9842
非ポリマー3926
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
Buried area2780 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area14830 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)51.600, 51.600, 133.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
詳細The second part of the biological assembly is generated by the two fold axis: -y,-x,1/2-z.

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要素

#1: タンパク質 probable Zinc uptake regulation protein FurB / Ferric uptake regulation protein


分子量: 14492.003 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: furB / プラスミド: pETM11 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O05839, UniProt: P9WN85*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.29 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.3 M ammonium phosphate, 14% glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSLS X06SA11.28087
シンクロトロンSLS X06SA21.28358, 1.28441, 1.26924
検出器
タイプID検出器日付
MARMOSAIC 225 mm CCD1CCD2006年4月29日
MARMOSAIC 225 mm CCD2CCD2006年4月29日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1LN2 cooled fixed-exit Si(111) monochromatorSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2LN2 cooled fixed-exit Si(111) monochromatorMADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.280871
21.283581
31.284411
41.269241
反射解像度: 2.69→40 Å / Num. all: 5464 / Num. obs: 5344 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 16.76 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rsym value: 0.107 / Net I/σ(I): 18.85
反射 シェル解像度: 2.69→2.85 Å / 冗長度: 16.7 % / Rmerge(I) obs: 0.31 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Num. unique all: 775 / Rsym value: 0.64 / % possible all: 92.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
GCLIENTデータ収集
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHELXCD位相決定
SHELXD位相決定
SHELXEモデル構築
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.699→33.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 26.548 / SU ML: 0.277 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.563 / ESU R Free: 0.286 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.239 268 5 %RANDOM
Rwork0.23 ---
obs0.23 5344 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 53.712 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.92 Å20 Å20 Å2
2--1.92 Å20 Å2
3----3.84 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.699→33.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数954 0 3 8 965
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.021982
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3891.9021317
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6625128
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.01122.09343
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.20915144
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.251159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2156
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02736
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.220.2329
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2860.2651
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1230.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1650.228
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1410.24
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5261.5647
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.92621004
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.263364
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7074.5313
LS精密化 シェル解像度: 2.699→2.769 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.38 19 -
Rwork0.298 350 -
obs-369 100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.37574.2195-1.833411.3459-2.13610.9668-0.1671-0.0109-0.2160.39460.3284-0.00280.18420.2271-0.1613-0.02390.07240.006-0.18880.0001-0.258765.9814.17811.9713
24.078-0.2313-3.56814.2073-1.94747.48730.37010.18770.86830.44150.23250.7107-1.2-0.4872-0.60260.13770.09330.21260.07120.17850.196148.95458.149430.3024
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
112 - 752 - 75
2276 - 13076 - 130

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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