PDB-2nz9: Crystal structure of botulinum neurotoxin type A complexed with m...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2nz9

タイトル

Crystal structure of botulinum neurotoxin type A complexed with monoclonal antibody AR2

要素

(AR2 monoclonal antibody) x 2
Botulinum neurotoxin type A

キーワード

TOXIN/IMMUNE SYSTEM / BOTULINUM / NEUROTOXIN / FAB / PROTEIN ANTIBODY COMPLEX / TOXIN-IMMUNE SYSTEM COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell junction / negative regulation of neurotransmitter secretion / bontoxilysin / host cell presynaptic membrane / host cell cytoplasmic vesicle / host cell cytosol / protein transmembrane transporter activity / membrane => GO:0016020 / metalloendopeptidase activity / toxin activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.79 Å

データ登録者

Stevens, R.C. / Arndt, J.W.

引用

ジャーナル: Nat.Biotechnol. / 年: 2007
タイトル: Molecular evolution of antibody cross-reactivity for two subtypes of type A botulinum neurotoxin.
著者: Garcia-Rodriguez, C. / Levy, R. / Arndt, J.W. / Forsyth, C.M. / Razai, A. / Lou, J. / Geren, I. / Stevens, R.C. / Marks, J.D.

履歴

登録	2006年11月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年12月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2013年10月2日	Group: Source and taxonomy
改定 1.4	2016年2月17日	Group: Derived calculations
改定 1.5	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.6	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

Remark 999

SEQUENCE There is no aminoacid sequence database reference available for the CR1 monoclonal ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb2nz9.ent.gz	538 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2nz9_validation.pdf.gz	490.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2nz9_full_validation.pdf.gz	599 KB	表示
XML形式データ	2nz9_validation.xml.gz	120.7 KB	表示
CIF形式データ	2nz9_validation.cif.gz	162.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nz/2nz9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nz/2nz9	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2nyyC 3btaS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4by6-d 2nyy-d 5d1z-d 4wza-d 1r2c-2 6u3o-d 5t5t-2 1m34-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Botulinum neurotoxin type A

B: Botulinum neurotoxin type A

C: AR2 monoclonal antibody

D: AR2 monoclonal antibody

E: AR2 monoclonal antibody

F: AR2 monoclonal antibody

ヘテロ分子

395 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Botulinum neurotoxin type A

C: AR2 monoclonal antibody

D: AR2 monoclonal antibody

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
198 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Botulinum neurotoxin type A

E: AR2 monoclonal antibody

F: AR2 monoclonal antibody

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
198 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	97.965, 197.596, 146.105
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.18, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Botulinum neurotoxin type A 分子量: 149479.812 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Clostridium botulinum (ボツリヌス菌) / 株: Type A1 (Hall strain) / 参照: UniProt: P10845, UniProt: P0DPI1*PLUS, bontoxilysin
#2: 抗体	AR2 monoclonal antibody 分子量: 23896.471 Da / 分子数: 2 / Fragment: light chain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): CHO DG44 CELLS 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: 抗体	AR2 monoclonal antibody 分子量: 24087.695 Da / 分子数: 2 / Fragment: heavy chain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): CHO DG44 CELLS 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.63 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 8% PEG 20000, 8% PEG 550 MME, 200 mM calcium acetate, 100 mM sodium acetate, pH 5.60, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年1月1日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.5→40 Å / Num. obs: 214725 / % possible obs: 86.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 8.9
反射シェル	解像度: 3.5→3.63 Å / 冗長度: 2.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / R_sym value: 0.45 / % possible all: 59

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3BTA

3bta

解像度: 3.79→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.878 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.829 / SU B: 94.958 / SU ML: 0.63 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R Free: 0.802 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.278	2686	5.1 %	RANDOM
R_work	0.224	-	-	-
obs	0.227	49884	95.5 %	-
all	-	49884	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 84.12 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.59 Å²	0 Å²	-0.1 Å²
2-	-	0.88 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.29 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.79→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	26981	0	4	0	26985

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.022	27604
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.569	1.95	37422
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.767	5	3388
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.719	24.962	1322
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.868	15	4690
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.425	15	114
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.104	0.2	4108
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	21046
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.245	0.2	12786
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.323	0.2	18672
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.173	0.2	924
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.296	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.221	0.2	102
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.179	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.49	1.5	17294
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.866	2	27308
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.975	3	11893
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.607	4.5	10114
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 3.79→3.89 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.308	180	-
R_work	0.252	3416	-
obs	-	-	90.37 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.7069	-0.4811	1.4151	2.7265	0.9229	2.6265	0.0449	0.104	-0.1849	-0.0731	0.1942	-0.0596	-0.0083	0.0839	-0.239	-0.4688	0.0322	0.0734	-0.3915	-0.0072	-0.3865	50.8612	-17.6767	10.3281
2	23.0181	18.7078	23.1964	15.723	19.661	27.239	0.5666	0.2927	-0.1033	-0.2365	0.2921	-0.9445	0.0763	0.0035	-0.8587	-0.4772	0.2575	0.0701	-0.1818	0.0551	-0.468	27.4704	-4.7601	8.2607
3	4.1078	-1.2857	-1.4834	2.7105	1.3153	3.7256	0.1314	-1.2866	0.4512	0.047	0.0648	-0.4127	-0.3594	-0.0029	-0.1962	-0.2639	-0.0943	-0.0627	0.6956	-0.1017	-0.1916	40.6452	-4.9468	30.293
4	8.0773	2.2429	7.2597	3.0209	3.4509	12.0024	0.4689	-1.2309	-0.2988	0.2503	-0.3111	0.0776	0.6789	-0.3881	-0.1578	-0.5399	0.0738	0.1039	0.0054	0.0098	-0.5063	19.3816	-10.7147	20.3912
5	7.4685	0.7639	-1.9729	3.8694	0.9602	4.2814	0.0812	0.7428	-0.4332	-0.3884	0.1325	-0.2549	-0.2173	0.2008	-0.2136	-0.5918	0.0701	-0.0039	-0.3548	-0.1329	-0.4871	-10.0677	-4.8968	24.8086
6	8.7706	-1.5088	3.2125	4.3111	-3.0638	8.7396	0.1072	-0.2093	-0.5144	0.7423	-0.0954	-0.357	-0.056	0.1291	-0.0118	-0.2639	0.0524	-0.0613	-0.5691	-0.0158	-0.3205	-13.7535	-12.7175	57.8989
7	3.9586	-0.3619	-0.8674	2.963	-1.4475	3.2768	0.0623	-0.1087	-0.2362	-0.1673	0.1628	0.2426	0.1417	0.0668	-0.2251	-0.5411	-0.0328	-0.055	-0.6436	0.0468	-0.2945	-1.2868	45.9869	82.6825
8	18.3722	16.4855	-22.7388	16.1267	-21.0772	29.0487	0.5042	0.3088	-0.1124	-0.404	0.2795	0.8159	-0.0167	-0.0215	-0.7838	-0.4542	0.0817	-0.2244	-0.1738	0.1795	-0.0318	22.2444	32.9935	80.5497
9	3.7085	-1.2443	2.2397	3.6882	-2.6955	4.4292	0.0647	-1.3187	-0.7392	0.292	0.0215	0.2054	0.2542	-0.0575	-0.0862	-0.3076	-0.0643	0.2156	0.6014	0.2275	-0.0544	9.0438	33.3591	102.5012
10	5.7485	1.425	-5.2736	3.1426	-3.1556	11.2521	0.3943	-1.1932	0.2707	0.1249	-0.2655	-0.0899	-0.5251	0.43	-0.1287	-0.5752	0.041	-0.0435	-0.2156	0.1705	-0.2009	30.3681	38.9866	92.6388
11	7.2287	0.2835	2.0665	4.7107	-1.6164	4.5001	0.1447	0.4219	0.5088	-0.1044	0.1479	0.112	0.0405	-0.3045	-0.2926	-0.6236	0.0024	0.0812	-0.5796	0.2302	-0.121	59.7387	33.2504	97.2806
12	6.9235	-0.6527	-2.9485	4.5299	3.4354	12.8413	0.152	-0.9857	0.7697	0.9998	0.0541	0.4297	-1.0665	-0.2986	-0.2061	0.2809	0.1191	0.018	-0.3026	0.0053	0.1152	63.741	40.7874	130.581
13	8.3992	-6.5107	-3.1369	6.1728	1.7395	4.6327	0.018	-0.6132	-0.1653	0.9891	0.7174	0.5809	-2.0689	-0.9945	-0.7354	0.9996	0.6478	0.2536	-0.0041	0.3499	-0.4481	-36.9907	23.4468	44.4781
14	6.7792	-0.8134	0.7672	5.9082	-6.4258	24.9774	0.2328	0.2941	-0.0191	-0.7515	0.205	1.0306	0.7619	-0.9432	-0.4378	0.0703	0.0232	0.1032	-0.1322	0.2432	0.1143	-61.2034	49.3819	35.9956
15	6.4343	-6.93	2.0148	9.266	-2.7945	0.8473	-0.5311	-0.7147	0.3222	1.0639	0.9323	-0.0527	0.6413	0.509	-0.4012	0.3935	0.3364	-0.1487	-0.0201	-0.1106	-0.4621	86.1353	4.7275	117.3314
16	5.5312	-3.997	-5.4778	7.8221	8.7957	27.3887	0.0599	0.1688	-0.2919	-0.5127	0.089	-0.5528	-0.5896	1.0219	-0.1489	-0.1791	0.1177	-0.2072	-0.1642	-0.0876	-0.3129	108.4955	-22.5335	110.0845
17	3.6958	-3.5201	1.1359	9.0602	-3.8785	14.1502	0.1801	0.3049	-0.0595	-0.2359	0.1791	0.1902	-2.5132	-0.074	-0.3592	0.4149	0.2646	0.1877	-0.2986	0.0215	-0.6104	-28.2116	24.4078	23.8547
18	5.8516	-1.1251	-0.7441	14.0372	0.993	9.2288	0.2082	0.1086	0.4036	0.0678	-0.4997	-0.3112	0.1374	1.4599	0.2915	0.1812	0.3711	0.0479	0.1047	0.5628	-0.2331	-45.9429	52.1152	29.3406
19	8.5232	-4.4767	-4.9403	8.5922	2.2923	9.848	0.1551	0.3637	-0.0797	-0.1721	0.271	0.2092	1.2988	0.2491	-0.426	-0.1783	0.134	-0.2432	-0.44	0.1638	-0.4986	77.6303	3.665	96.577
20	7.4398	0.9773	-0.8952	11.4729	-3.5481	13.1773	0.3119	0.1627	-0.7215	-0.4222	-0.3053	-0.0661	1.2951	-0.3976	-0.0066	-0.0137	0.2634	-0.1624	-0.1488	-0.4277	-0.4255	93.3426	-24.3898	102.9857

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	2 - 431	1 - 430
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	453 - 488	452 - 487
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	493 - 621	492 - 620
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	627 - 872	626 - 871
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	873 - 1091	872 - 1090
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	1092 - 1294	1091 - 1293
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	B	2 - 431	1 - 430
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	B	453 - 488	452 - 487
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	B	493 - 621	492 - 620
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	B	627 - 872	626 - 871
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	B	873 - 1091	872 - 1090
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	B	1092 - 1294	1091 - 1293
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	C	1 - 120	1 - 120
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	C	121 - 216	121 - 216
15	X-RAY DIFFRACTION	15	E	E	1 - 120	1 - 120
16	X-RAY DIFFRACTION	16	E	E	121 - 216	121 - 216
17	X-RAY DIFFRACTION	17	D	D	2 - 109	2 - 109
18	X-RAY DIFFRACTION	18	D	D	110 - 218	110 - 218
19	X-RAY DIFFRACTION	19	F	F	2 - 109	2 - 109
20	X-RAY DIFFRACTION	20	F	F	110 - 218	110 - 218

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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