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万見
- PDB-2nxo: Crystal structure of protein SCO4506 from Streptomyces coelicolor... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2nxo
タイトルCrystal structure of protein SCO4506 from Streptomyces coelicolor, Pfam DUF178
要素Hypothetical protein SCO4506
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Pfam / DUf178 / NYSGXRC / 10093f / PSI-2 / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


chorismate dehydratase / menaquinone biosynthetic process / hydro-lyase activity
類似検索 - 分子機能
Chorismate dehydratase / Menaquinone biosynthesis enzyme / Menaquinone biosynthesis / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chorismate dehydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces coelicolor (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.04 Å
データ登録者Tyagi, R. / Eswaramoorthy, S. / Burley, S.K. / Swaminathan, S. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of a hypothetical protein SCO4506 (gene ID: Q9L0T8) from Streptomyces coelicolor to 2.04 Angstrom resolution
著者: Tyagi, R. / Eswaramoorthy, S. / Burley, S.K. / Swaminathan, S.
履歴
登録2006年11月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年12月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年2月3日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author / struct_ref_seq_dif
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein SCO4506
B: Hypothetical protein SCO4506
C: Hypothetical protein SCO4506
D: Hypothetical protein SCO4506


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,8994
ポリマ－129,8994
非ポリマー00
水9,908550
1
A: Hypothetical protein SCO4506
D: Hypothetical protein SCO4506


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,9502
ポリマ－64,9502
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Hypothetical protein SCO4506
C: Hypothetical protein SCO4506


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,9502
ポリマ－64,9502
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1880 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area21860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.792, 97.370, 86.570
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.48, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Hypothetical protein SCO4506


分子量: 32474.861 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor (バクテリア)
遺伝子: Q9L0T8 / プラスミド: T7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: Q9L0T8
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 550 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.81 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.2 M MgCl2, 0.1 M Bis-Tris, 25% PEG 3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長
シンクロトロンNSLS X2510.9798
シンクロトロンNSLS X29A20.9791
検出器
タイプID検出器日付詳細
ADSC QUANTUM 3151CCD2006年11月6日Mirrors
ADSC QUANTUM 3152CCD2006年9月1日Mirrors
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si(III)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si(III)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97981
20.97911
反射解像度: 2.04→50 Å / Num. all: 76032 / Num. obs: 76032 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 16 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 16.8
反射 シェル解像度: 2.04→2.11 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.209 / Num. unique all: 6908 / % possible all: 89.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
CBASSデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHARP位相決定
SHELXD位相決定
ARP/wARPモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.04→30.28 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 81815.59 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: The missing residues listed in Remark 465 are due to lack of density. Residues listed having missing atoms in Remark 470 were modeled as ALA due to weak or lack of electron density. ...詳細: The missing residues listed in Remark 465 are due to lack of density. Residues listed having missing atoms in Remark 470 were modeled as ALA due to weak or lack of electron density. Continuous residual density in the electron density map which may be due to unidentifiable substrate was modeled with a few waters. This was present in all four monomers.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28 2264 3.1 %RANDOM
Rwork0.249 ---
all0.263 ---
obs0.249 71996 96.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 42.1264 Å2 / ksol: 0.328717 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 32 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.05 Å20 Å2-2.71 Å2
2--3.56 Å20 Å2
3----1.51 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.34 Å0.28 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.28 Å0.18 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.04→30.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8150 0 0 550 8700
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.85
LS精密化 シェル解像度: 2.04→2.17 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.338 308 3.1 %
Rwork0.267 9441 -
obs-10182 76.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2ion.param
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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