PDB-2nuo: Crystal structure of a complex of griffithsin with glucose

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2nuo

タイトル

Crystal structure of a complex of griffithsin with glucose

要素

Griffithsin

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / griffithsin / lectins / domain swapping / mannose binding / HIV / SARS

機能・相同性

機能・相同性情報

N-acetylgalactosamine binding / D-glucose binding / D-mannose binding / carbohydrate binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Griffithsia (真核生物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Ziolkowska, N.E. / Wlodawer, A.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2007
タイトル: Crystallographic studies of the complexes of antiviral protein griffithsin with glucose and N-acetylglucosamine.
著者: Ziolkowska, N.E. / Shenoy, S.R. / O'Keefe, B.R. / Wlodawer, A.

履歴

登録	2006年11月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年8月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月18日	Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.name
改定 1.3	2020年7月29日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / database_PDB_caveat ...chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.4	2023年8月30日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2nuo.cif.gz	69.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2nuo.ent.gz	51.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2nuo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2nuo_validation.pdf.gz	472.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2nuo_full_validation.pdf.gz	475.7 KB	表示
XML形式データ	2nuo_validation.xml.gz	15.7 KB	表示
CIF形式データ	2nuo_validation.cif.gz	23.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nu/2nuo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nu/2nuo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2nu5C 2gucS 2gty 2gud 2gue 2gux 2hyq 2hyr 2i43 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2guc-d 2gud-d 1x8d-1 2h75-d 2nu5-d 1s6c-d 1x8d-2 3g8z-1 5hpq-d 2ore-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (1) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Griffithsin

B: Griffithsin

ヘテロ分子

26.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	37.490, 53.670, 103.830
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質

Griffithsin / GRFT

分子量: 12726.842 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Griffithsia (真核生物) / 属: Griffithsia / 発現宿主:

Nicotiana benthamiana (ナス科) / 参照: UniProt: P84801

#2: 糖

ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₆

#3: 化合物

ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン

分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄

#4: 化合物

ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル

分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 288 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.05 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 1.2M magnesium sulfate, 0.1M MES, 1:10 ratio of griffithsin monomers to glucose, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→50 Å / Num. all: 30820 / Num. obs: 30820 / % possible obs: 89.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / R_sym value: 0.08
反射シェル	解像度: 1.5→1.55 Å / % possible all: 97.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
MAR345	CCD program	データ収集
DENZO	(HKL-2000)	データ削減
SCALEPACK	(HKL-2000)	データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2guc

2guc

解像度: 1.5→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.942 / SU B: 2.361 / SU ML: 0.047 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.081 / ESU R Free: 0.089 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20347	1559	5.1 %	RANDOM
R_work	0.15458	-	-	-
all	0.1571	30820	-	-
obs	0.1571	29215	89.21 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 8.775 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.02 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.28 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.29 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1798	0	81	288	2167

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.021	0.021	1984
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.01	0.02	1692
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.096	1.996	2670
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	3.929	3	3962
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.316	5	242
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.772	23.182	88
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.598	15	315
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.979	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.23	0.2	291
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	2178
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	423
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.238	0.2	269
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.213	0.2	1669
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.182	0.2	959
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.103	0.2	1164
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.194	0.2	208
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.167	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.356	0.2	58
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.33	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.646	1.5	1495
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.357	1.5	523
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.949	2	1898
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.44	3	925
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.427	4.5	771
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.5→1.537 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.201	116	-
R_work	0.152	2126	-
obs	-	-	89.97 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2897	0.1248	0.0398	0.1421	0.0224	0.353	0.0233	-0.0365	-0.0035	0.0119	-0.0141	-0.0007	-0.0196	0.0063	-0.0092	-0.0073	0.0024	0.0022	-0.013	0.0007	-0.0014	-14.9232	2.0342	6.3975
2	0.1729	0.0672	0.0521	0.198	0.0255	0.2852	-0.0031	0.0113	-0.0164	-0.0177	0.0088	0.0005	0.0033	0.0003	-0.0057	-0.0152	0.0007	0.0052	-0.0161	0.0022	-0.0091	-22.416	-1.9095	-11.6556

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 121	2 - 122
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	1 - 121	2 - 122

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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