PDB-2gty: Crystal structure of unliganded griffithsin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2gty

タイトル

Crystal structure of unliganded griffithsin

要素

Griffithsin

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / griffithsin / lectins / domain swapping / mannose binding / HIV / SARS

機能・相同性

機能・相同性情報

N-acetylgalactosamine binding / D-glucose binding / D-mannose binding / carbohydrate binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Griffithsia (真核生物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.3 Å

データ登録者

Ziolkowska, N.E. / Wlodawer, A.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2006
タイトル: Domain-swapped structure of the potent antiviral protein griffithsin and its mode of carbohydrate binding.
著者: Ziolkowska, N.E. / O'keefe, B.R. / Mori, T. / Zhu, C. / Giomarelli, B. / Vojdani, F. / Palmer, K.E. / McMahon, J.B. / Wlodawer, A.

履歴

登録	2006年4月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年8月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2gty.cif.gz	111.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2gty.ent.gz	87.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2gty.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gt/2gty ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gt/2gty	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2gucC 2gudC 2gueC 2guxSC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3r0h-7 5a3m-3 3cnr-d 1f1w-2 1vaj-d 6ml9-d 3mfx-2 6ft2-d 6uk1-2 1lah-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Griffithsin

B: Griffithsin

ヘテロ分子

26.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	33.98, 64.65, 96.32
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Griffithsin / GRFT 分子量: 12726.842 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Griffithsia (真核生物) / 属: Griffithsia / 発現宿主: Nicotiana benthamiana (ナス科) / 参照: UniProt: P84801
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 265 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.81 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 詳細: 0.2M ammonium sulfate, 30% PEG 4000, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年12月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.3→50 Å / Num. all: 53034 / Num. obs: 53034 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.6 % / R_sym value: 0.062 / Net I/σ(I): 14
反射シェル	解像度: 1.3→1.35 Å / 冗長度: 2.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 5175 / R_sym value: 0.382 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
HKL-2000		データ削減
DENZO		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 2GUX

2gux

解像度: 1.3→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.975 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.97 / SU B: 1.186 / SU ML: 0.025 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.052 / ESU R Free: 0.052 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.189	2687	5.1 %	RANDOM
R_work	0.159	-	-	-
all	0.159	53034	-	-
obs	0.159	52949	99.55 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.484 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.7 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.37 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.34 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.3→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1840	0	64	283	2187

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.021	0.021	1920
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.458	1.975	2573
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.534	5	240
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.54	23.69	84
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	9.939	15	302
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.936	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.103	0.2	257
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1446
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.207	0.2	871
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.312	0.2	1308
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.14	0.2	211
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.196	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.127	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.745	1.5	1206
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.533	2	1883
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.713	3	804
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.929	4.5	690
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.299→1.333 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.321	180	-
R_work	0.266	3683	-
obs	-	-	95.81 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4659	-0.2723	0.1107	1.5665	0.1477	1.1746	0.0052	-0.0382	0.0189	0.0152	0.0131	-0.0257	-0.0464	-0.026	-0.0183	-0.0528	-0.005	0.0001	-0.0143	0.0028	-0.0323	20.2079	45.3837	12.7481
2	1.2705	-0.1953	0.4788	1.8648	0.2948	1.6559	0.0495	0.0394	-0.0359	-0.0664	-0.069	0.0618	0.1229	-0.0136	0.0195	-0.0656	0.0021	0.0099	-0.0469	0.005	-0.0496	13.4945	28.9946	4.0589

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	0 - 121	1 - 121
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	0 - 121	1 - 121

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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