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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2nu0 | ||||||
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タイトル | Molecular structures of the complexes of SGPB with OMTKY3 aromatic P1 variants Trp18I, His18I, Phe18I, and Tyr18I | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE / ENZYME-INHIBITOR COMPLEX / AROMATIC P1 RESIDUE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 streptogrisin B / molecular function inhibitor activity / serine-type endopeptidase inhibitor activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Meleagris gallopavo (シチメンチョウ) Streptomyces griseus (ストレプトマイシン生産菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 同系置換 / 解像度: 1.95 Å | ||||||
データ登録者 | Bateman, K.S. / Anderson, S. / Lu, W. / Qasim, M.A. / Huang, K. / Laskowski Jr., M. / James, M.N.G. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Molecular structures of the complexes of SGPB with OMTKY3 aromatic P1 variants Trp18I, His18I, Phe18I, and Tyr18I 著者: Bateman, K.S. / Anderson, S. / Lu, W. / Qasim, M.A. / Huang, K. / Laskowski Jr., M. / James, M.N.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2nu0.cif.gz | 59.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2nu0.ent.gz | 41.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2nu0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nu/2nu0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nu/2nu0 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 3sgbS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18653.232 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 115-299 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Streptomyces griseus (ストレプトマイシン生産菌) 参照: UniProt: P00777, streptogrisin B |
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#2: タンパク質 | 分子量: 5658.340 Da / 分子数: 1 / 断片: third domain, residues 135-185 / Mutation: L18W / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Meleagris gallopavo (シチメンチョウ) プラスミド: PEZZ318.TKY / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P68390, UniProt: P68436*PLUS |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.25 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.1 詳細: PEG 4000, SODIUM POTASSIUM PHOSPHATE, pH 7.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54178 Å |
検出器 | タイプ: SDMS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1994年9月20日 / 詳細: graphite monochrometer |
放射 | モノクロメーター: graphite monochrometer / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54178 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→20 Å / Num. obs: 13629 / % possible obs: 94.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 12.44 |
反射 シェル | 解像度: 1.92→1.94 Å / Rmerge(I) obs: 0.228 / Mean I/σ(I) obs: 3.22 / % possible all: 70.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 同系置換 開始モデル: PDB ENTRY 3SGB 解像度: 1.95→20 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.17 Å / Luzzati sigma a obs: 0.142 Å | |||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→20 Å
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拘束条件 |
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