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- PDB-2nqc: Crystal structure of ig-like domain 23 from human filamin C -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2nqc
タイトルCrystal structure of ig-like domain 23 from human filamin C
要素Filamin-C
キーワードIMMUNE SYSTEM / FILAMIN / IMMUNOGLOBULIN / METAL BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


Cell-extracellular matrix interactions / costamere / ankyrin binding / sarcomere organization / sarcoplasm / intercellular bridge / cytoskeletal protein binding / sarcolemma / Z disc / actin filament binding ...Cell-extracellular matrix interactions / costamere / ankyrin binding / sarcomere organization / sarcoplasm / intercellular bridge / cytoskeletal protein binding / sarcolemma / Z disc / actin filament binding / cytoskeleton / focal adhesion / identical protein binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Filamin family / Filamin/ABP280 repeat / Filamin-type immunoglobulin domains / Filamin/ABP280 repeat / Filamin/ABP280 repeat profile. / Filamin/ABP280 repeat-like / Actinin-type actin-binding domain signature 1. / Actinin-type actin-binding domain signature 2. / Actinin-type actin-binding domain, conserved site / Calponin homology domain ...Filamin family / Filamin/ABP280 repeat / Filamin-type immunoglobulin domains / Filamin/ABP280 repeat / Filamin/ABP280 repeat profile. / Filamin/ABP280 repeat-like / Actinin-type actin-binding domain signature 1. / Actinin-type actin-binding domain signature 2. / Actinin-type actin-binding domain, conserved site / Calponin homology domain / Calponin homology (CH) domain / Calponin homology domain / CH domain superfamily / Calponin homology (CH) domain profile. / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IMIDAZOLE / NICKEL (II) ION / Filamin-C
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Sjekloca, L. / Pudas, R. / Sjoeblom, B. / Konarev, P. / Carugo, O. / Rybin, V. / Kiema, T.R. / Svergun, D. / Ylanne, J. / Djinovic-Carugo, K.
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2007
タイトル: Crystal structure of human filamin C domain 23 and small angle scattering model for filamin C 23-24 dimer.
著者: Ljiljana Sjekloća / Regina Pudas / Björn Sjöblom / Peter Konarev / Oliviero Carugo / Vladimir Rybin / Tiila-Riikka Kiema / Dmitri Svergun / Jari Ylänne / Kristina Djinović Carugo /
要旨: Filamin C is a dimeric, actin-binding protein involved in organization of cortical cytoskeleton and of the sarcomere. We performed crystallographic, small-angle X-ray scattering and analytical ...Filamin C is a dimeric, actin-binding protein involved in organization of cortical cytoskeleton and of the sarcomere. We performed crystallographic, small-angle X-ray scattering and analytical ultracentrifugation experiments on the constructs containing carboxy-terminal domains of the protein (domains 23-24 and 19-21). The crystal structure of domain 23 of filamin C showed that the protein adopts the expected immunoglobulin (Ig)-like fold. Small-angle X-ray scattering experiments performed on filamin C tandem Ig-like domains 23 and 24 reveal a dimer that is formed by domain 24 and that domain 23 has little interactions with itself or with domain 24, while the analytical ultracentrifugation experiments showed that the filamin C domains 19-21 form elongated monomers in diluted solutions.
履歴
登録2006年10月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22017年10月18日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.name
改定 1.32023年12月27日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Filamin-C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3046
ポリマ－13,9231
非ポリマー3815
水1,00956
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)52.141, 52.141, 69.216
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Filamin-C / Gamma-filamin / Filamin-2 / Protein FLNc / Actin-binding- like protein / ABP-L / ABP-280-like protein


分子量: 13922.598 Da / 分子数: 1 / 断片: Ig-like domain 23 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14315
#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.91 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 17.5% PEG 10000, 0.2M imidazole malate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1.2 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2003年8月8日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→45.17 Å / Num. all: 7116 / Num. obs: 7027 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 37.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 2.05→2.16 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.298 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 950 / Rsym value: 0.298 / % possible all: 97.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
MAR345データ収集
DENZOデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.05→45.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 3.855 / SU ML: 0.108 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.179 / ESU R Free: 0.168 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.237 329 4.7 %RANDOM
Rwork0.188 ---
all0.19 7116 --
obs0.19 7016 97.51 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.963 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.55 Å20.28 Å20 Å2
2--0.55 Å20 Å2
3----0.83 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→45.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数689 0 23 56 768
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.022712
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.02651
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2882.018966
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.72831519
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.543596
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.05824.73719
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.7851595
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg7.013151
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2109
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02798
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02131
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1810.285
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2290.2539
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1730.2323
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0890.2403
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1130.234
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0260.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.110.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2590.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0980.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.341.5605
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1911.5203
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5542766
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3793267
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2074.5200
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.104 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.219 19 -
Rwork0.213 485 -
obs-504 94.38 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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