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- PDB-2nq8: Malarial enoyl acyl ACP reductase bound with INH-NAD adduct -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2nq8
タイトルMalarial enoyl acyl ACP reductase bound with INH-NAD adduct
要素(Enoyl-acyl carrier reductase) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / PfENR / INH / malaria
機能・相同性
機能・相同性情報


enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / fatty acid biosynthetic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Enoyl acyl carrier protein reductase / Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-ZID / Enoyl-ACP reductase / Enoyl-ACP reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Freundlich, J.S. / Yu, M. / Lucumi, E. / Kuo, M. / Tsai, H.C. / Valderramos, J.C. / Karagyozov, L. / Jacobs Jr., W.R. / Schiehser, G.A. / Fidock, D.A. ...Freundlich, J.S. / Yu, M. / Lucumi, E. / Kuo, M. / Tsai, H.C. / Valderramos, J.C. / Karagyozov, L. / Jacobs Jr., W.R. / Schiehser, G.A. / Fidock, D.A. / Jacobus, D.P. / Sacchettini, J.C.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: X-ray structural analysis of Plasmodium falciparum enoyl acyl carrier protein reductase as a pathway toward the optimization of triclosan antimalarial efficacy
著者: Freundlich, J.S. / Wang, F. / Tsai, H.C. / Kuo, M. / Shieh, H.M. / Anderson, J.W. / Nkrumah, L.J. / Valderramos, J.C. / Yu, M. / Kumar, T.R. / Valderramos, S.G. / Jacobs, W.R. / Schiehser, G. ...著者: Freundlich, J.S. / Wang, F. / Tsai, H.C. / Kuo, M. / Shieh, H.M. / Anderson, J.W. / Nkrumah, L.J. / Valderramos, J.C. / Yu, M. / Kumar, T.R. / Valderramos, S.G. / Jacobs, W.R. / Schiehser, G.A. / Jacobus, D.P. / Fidock, D.A. / Sacchettini, J.C.
履歴
登録2006年10月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Enoyl-acyl carrier reductase
B: Enoyl-acyl carrier reductase
C: Enoyl-acyl carrier reductase
D: Enoyl-acyl carrier reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,6866
ポリマ－65,1484
非ポリマー1,5372
水2,882160
1
A: Enoyl-acyl carrier reductase
B: Enoyl-acyl carrier reductase
C: Enoyl-acyl carrier reductase
D: Enoyl-acyl carrier reductase
ヘテロ分子

A: Enoyl-acyl carrier reductase
B: Enoyl-acyl carrier reductase
C: Enoyl-acyl carrier reductase
D: Enoyl-acyl carrier reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,37112
ポリマ－130,2978
非ポリマー3,0744
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
Buried area35510 Å2
ΔGint-222 kcal/mol
Surface area39130 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)131.899, 131.899, 82.845
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
詳細The biological assembly is a teramer generated from the dimer in the asymmetric unit

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要素

#1: タンパク質 Enoyl-acyl carrier reductase / Enoyl-ACP reductase


分子量: 25744.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
遺伝子: FabI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BH77, UniProt: Q9BJJ9*PLUS
#2: タンパク質 Enoyl-acyl carrier reductase / Enoyl-ACP reductase


分子量: 6829.676 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
遺伝子: FabI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BH77
#3: 化合物 ChemComp-ZID / ISONICOTINIC-ACETYL-NICOTINAMIDE-ADENINE DINUCLEOTIDE


分子量: 768.519 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H30N8O15P2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 160 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.51 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 2.4M (NH4)2SO4, 0.1M MES ( PH 5.6), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 121 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: BRUKER SMART 2000 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→70.15 Å / Num. all: 25925 / Num. obs: 24589 / % possible obs: 94.8 % / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 2.5→2.63 Å / 冗長度: 15.18 % / Rmerge(I) obs: 0.274 / Mean I/σ(I) obs: 0.71 / Num. unique all: 3280 / Rsym value: 0.277 / % possible all: 99.76

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PROTEUM PLUSPLUSデータ収集
CNS精密化
PROTEUM PLUSPLUSデータ削減
PROTEUM PLUSPLUSデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1NHD

1nhd
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.5→70.15 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.272 2379 -RANDOM
Rwork0.216 ---
all0.2161 25859 --
obs0.2161 24177 93.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 39.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.59 Å20 Å20 Å2
2--2.59 Å20 Å2
3----5.179 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.38 Å0.28 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.36 Å0.26 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→70.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4578 0 104 160 4842
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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