PDB-2npt: Crystal Structure of the complex of human mitogen activated prote...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2npt

タイトル

Crystal Structure of the complex of human mitogen activated protein kinase kinase 5 phox domain (MAP2K5-phox) with human mitogen activated protein kinase kinase kinase 2 phox domain (MAP3K2-phox)

要素

Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 5
Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 2

キーワード

TRANSFERASE / mitogen activated protein kinase kinase 5 / MAP2K5 / MEK5 / MKK5 / PRKMK5 / MAP kinase kinase 5 / phox / phox-domain / mitogen activated protein kinase kinase kinase 2 / MAP3K2 / MAPK/ERK kinase kinase 2 / MAPKKK2 / MEK kinase 2 / MEKK2 / MEKK2B / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

ERK5 cascade / negative regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / Signalling to ERK5 / negative regulation of response to cytokine stimulus / negative regulation of heterotypic cell-cell adhesion / mitogen-activated protein kinase kinase kinase / negative regulation of interleukin-8 production / mitogen-activated protein kinase kinase / cellular response to laminar fluid shear stress / negative regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Filippakopoulos, P. / Debreczeni, J. / Papagrigoriou, V. / Turnbull, A. / Edwards, A. / Arrowsmith, C. / Sundstrom, M. / von Delft, F. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the complex of human mitogen activated protein kinase kinase 5 phox domain (MAP2K5-phox) with human mitogen activated protein kinase kinase kinase 2 phox domain (MAP3K2-phox)
著者: Filippakopoulos, P. / Debreczeni, J. / Papagrigoriou, V. / Turnbull, A. / Edwards, A. / Arrowsmith, C. / Sundstrom, M. / von Delft, F. / Knapp, S.

履歴

登録	2006年10月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年11月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb2npt.ent.gz	71.9 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	2npt_full_validation.pdf.gz	451.3 KB	表示
XML形式データ	2npt_validation.xml.gz	18.9 KB	表示
CIF形式データ	2npt_validation.cif.gz	27.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/np/2npt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/np/2npt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1wi0S 2c60S 2cu1S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3t9w-d 4bnb-d 4jk8-2 3nqi-3 4jkh-2 3qwn-12 4jkd-2 2mfg-d 6fi4-d 6ghp-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#110 - 2009年2月オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase) 類似性 (2) #218 - 2018年2月 EPSP合成酵素と除草剤 (EPSP Synthase and Weedkillers) 類似性 (2) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 5

B: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 2

C: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 5

D: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 2

47 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 5

D: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 2

登録者が定義した集合体
23.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 2

C: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 5

登録者が定義した集合体
23.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.333, 61.410, 143.651
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 5 / MAP kinase kinase 5 / MAPKK 5 / MAPK/ERK kinase 5 分子量: 11941.498 Da / 分子数: 2 / 断片: MAP2K5-phox / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP2K5, MEK5, MKK5, PRKMK5 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)-R3 参照: UniProt: Q13163, mitogen-activated protein kinase kinase
#2: タンパク質	Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 2 / MAPK/ERK kinase kinase 2 / MEK kinase 2 / MEKK 2 分子量: 11535.425 Da / 分子数: 2 / 断片: MAP3K2-phox / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP3K2, MAPKKK2, MEKK2 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)-R3 参照: UniProt: Q9Y2U5, mitogen-activated protein kinase kinase kinase
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 320 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.45 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2M NH4(CH3COO), 0.1M TRIS, 25% PEG 3350, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2		1

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X10SA / 波長: 0.9791

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年9月23日

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9791 Å / 相対比: 1

Reflection

Av σ(I) over netI: 7.3 / 数: 282762 / R_merge(I) obs: 0.063 / R_sym value: 0.063 / D res high: 1.407 Å / D res low: 61.43 Å / Num. obs: 42219 / % possible obs: 99.9 / 冗長度: 6.7 %

ID
1
2

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	R_sym value	Redundancy
5.53	61.43	98.7	1	0.031	0.031	6.2
3.91	5.53	100	1	0.038	0.038	6.8
3.2	3.91	100	1	0.049	0.049	6.9
2.77	3.2	100	1	0.049	0.049	6.9
2.47	2.77	100	1	0.07	0.07	7
2.26	2.47	100	1	0.104	0.104	6.9
2.09	2.26	100	1	0.16	0.16	7
1.96	2.09	100	1	0.288	0.288	7
1.84	1.96	100	1	0.499	0.499	6.9
1.75	1.84	99.5	1	0.876	0.876	5.5
5.53	61.43	98.7	2	0.031	0.031	6.2
3.91	5.53	100	2	0.038	0.038	6.8
3.2	3.91	100	2	0.049	0.049	6.9
2.77	3.2	100	2	0.049	0.049	6.9
2.47	2.77	100	2	0.07	0.07	7
2.26	2.47	100	2	0.104	0.104	6.9
2.09	2.26	100	2	0.16	0.16	7
1.96	2.09	100	2	0.288	0.288	7
1.84	1.96	100	2	0.499	0.499	6.9
1.75	1.84	99.5	2	0.876	0.876	5.5

反射

解像度: 1.75→61.43 Å / Num. all: 42261 / Num. obs: 42219 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 0.063 / R_sym value: 0.063 / Net I/σ(I): 7.3

反射シェル

解像度: 1.75→1.84 Å / 冗長度: 5.5 % / R_merge(I) obs: 0.876 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / R_sym value: 0.876 / % possible all: 99.5

-
位相決定

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3.5 Å	56.47 Å
Translation	3.5 Å	56.47 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
HKL-2000		データ収集
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entries 2CU1, 2C60, 1WI0

2cu1

2c60

1wi0

解像度: 1.75→32 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / SU B: 5.349 / SU ML: 0.087 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.124 / ESU R Free: 0.126 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2475	2038	4.8 %	RANDOM
R_work	0.19937	-	-	-
obs	0.20166	40100	99.81 %	-
all	-	42218	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.244 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.43 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.63 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.2 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→32 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2929	0	0	320	3249

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	3002
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2013
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.519	1.979	4072
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.974	3	4949
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.831	5	376
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.856	24.963	135
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.416	15	535
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.387	15	19
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	480
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	3287
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	557
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.207	0.2	525
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.208	0.2	2031
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.172	0.2	1409
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.086	0.2	1634
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.182	0.2	214
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.295	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.212	0.2	73
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.174	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.191	1.5	1951
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.284	1.5	746
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.859	2	3058
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.733	3	1182
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.033	4.5	1010
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.374	153	-
R_work	0.294	2853	-
obs	-	-	98.33 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5004	8.5876	3.0583	45.3325	15.2758	5.3472	0.0284	-0.0337	-0.2559	-1.1548	0.6175	-0.7002	-0.4295	-0.2132	-0.6459	-0.0437	-0.0322	-0.0105	-0.0296	0.0533	-0.0132	19.3934	73.7697	44.0691
2	1.5843	-0.3448	-0.1473	0.4946	0.1897	0.6343	0.0302	-0.0306	-0.0178	-0.0718	0.038	-0.0714	-0.008	-0.0517	-0.0682	-0.0301	0.0115	0.0048	-0.0295	0.0055	-0.0084	14.8183	50.9094	32.0605
3	0.6072	0.6673	0.6881	1.9728	0.8565	1.7315	0.0712	0.0667	-0.1185	0.0037	0.0705	-0.03	-0.0187	0.1534	-0.1417	-0.0372	-0.0182	-0.0022	-0.0161	-0.0761	-0.0279	9.1072	50.1647	-11.9921
4	9.3871	4.7586	-3.8023	3.7016	0.3147	5.4395	-0.055	-0.3047	-0.0848	-0.33	-0.078	0.0516	0.232	0.0708	0.133	-0.0152	-0.0107	0.0162	-0.0342	-0.0408	-0.0242	30.7408	74.5604	-11.7236
5	0.4923	-0.1135	-0.3565	0.5793	0.2459	1.4517	-0.0485	0.0219	0.0124	0.0251	0.0525	-0.0211	0.0179	0.0059	-0.004	-0.0087	0.0004	0.0054	-0.0179	-0.0272	-0.0393	11.4542	67.0577	3.275
6	5.7411	-4.1399	1.8897	3.5378	-2.0664	1.5181	0.4714	-0.0369	0.0472	1.1322	-0.9419	-0.3011	0.0534	-0.5018	0.4704	0.0955	-0.0273	-0.0977	-0.0227	-0.033	-0.0156	2.6144	73.5028	46.4321
7	0.6518	0.2449	-0.6795	1.2429	-0.0849	1.6366	-0.0267	-0.0031	-0.0421	0.0267	-0.0866	-0.0207	-0.0336	-0.0361	0.1133	-0.0649	-0.011	-0.0202	0.002	0.0411	-0.015	-3.8992	50.35	45.2021

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	3 - 12	1 - 10
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	15 - 108	13 - 106
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	B	42 - 123	19 - 100
4	X-RAY DIFFRACTION	4	C	C	3 - 9	1 - 7
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	C	10 - 108	8 - 106
6	X-RAY DIFFRACTION	6	D	D	35 - 42	12 - 19
7	X-RAY DIFFRACTION	7	D	D	43 - 122	20 - 99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)