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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4bnb | |||||||||
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タイトル | Nitroreductase CinD from Lactococcus lactis in complex with 4- nitroquinoline 1-oxide | |||||||||
![]() | COPPER INDUCED NITROREDUCTASE D | |||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE | |||||||||
機能・相同性 | ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Waltersperger, S. / Oberholzer, A.E. / Baumgartner, R. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Nitroreductase Cind from Lactococcus Lactis in Complex with 2 4-Nitroquinoline 1-Oxidenone 著者: Waltersperger, S. / Oberholzer, A.E. / Baumgartner, R. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 129.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 101.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 837.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 840.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 18.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2wqfS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22431.217 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: - FLAVIN MONONUCLEOTIDE COFACTOR - IN COMPLEX WITH 2 4-NITROPHENOL 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-FMN / | ||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.21 % / 解説: NONE |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS / 検出器: PIXEL |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.48→100 Å / Num. obs: 37568 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 2.9 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 19 |
反射 シェル | 解像度: 1.48→1.57 Å / Rmerge(I) obs: 0.55 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 99.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2WQF 解像度: 1.478→40.013 Å / SU ML: 0.14 / σ(F): 2 / 位相誤差: 16.11 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.478→40.013 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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