PDB-3h07: Crystal structure of 3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthas...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3h07

タイトル

Crystal structure of 3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase from Yersinia pestis CO92

要素

3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase

キーワード

LYASE / ribB / 3 / 4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase / biosynthesis of coenzyme / CSGID / Magnesium / Manganese / Metal-binding / Riboflavin biosynthesis / Structural Genomics / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases

機能・相同性

機能・相同性情報

3,4-dihydroxy-2-butanone-4-phosphate synthase / 3,4-dihydroxy-2-butanone-4-phosphate synthase activity / riboflavin biosynthetic process / manganese ion binding / magnesium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Yersinia pestis (ペスト菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Nocek, B. / Gu, M. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of 3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase from Yersinia pestis CO92
著者: Nocek, B. / Gu, M. / Kwon, K. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2009年4月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年5月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2011年12月14日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月1日	Group: Refinement description / Structure summary / カテゴリ: audit_author / software
改定 1.4	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3h07_validation.pdf.gz	441.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3h07_full_validation.pdf.gz	447.3 KB	表示
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CIF形式データ	3h07_validation.cif.gz	25.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h0/3h07 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h0/3h07	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1g57S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3r19-d 5npw-4 7kho-4 4b6z-1 6d6l-2 1z8h-1 6obg-1 2a99-d 4ej6-d 6d6p-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: IDP00479

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase

B: 3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase

47.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.907, 70.815, 62.297
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.13, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase / DHBP synthase 分子量: 23658.797 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 株: CO92 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 magic 参照: UniProt: Q8ZI56, 3,4-dihydroxy-2-butanone-4-phosphate synthase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase / DHBP synthase

分子量: 23658.797 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Yersinia pestis (ペスト菌) / 株: CO92 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 magic
参照: UniProt: Q8ZI56, 3,4-dihydroxy-2-butanone-4-phosphate synthase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 1.86 Å³/Da / 溶媒含有率: 33.88 %
結晶化	温度: 302 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2 M Lithium Sulfate, 0.1M Tris pH 8.5, 25% Peg3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 302K

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月17日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→33.64 Å / Num. all: 27680 / Num. obs: 27484 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 17.4
反射シェル	解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.5.0054	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1G57

1g57

解像度: 1.95→33.64 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.93 / SU B: 11.927 / SU ML: 0.149 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.209 / ESU R Free: 0.182 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25321	802	3.2 %	RANDOM
R_work	0.19893	-	-	-
obs	0.2007	24366	99.23 %	-
all	-	25180	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 12.253 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.96 Å²	0 Å²	-0.36 Å²
2-	-	-0.62 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.35 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→33.64 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3069	0	0	158	3227

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.021	3109
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2046
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.699	1.969	4219
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.461	3	4999
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.806	5	409
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.105	23.881	134
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.388	15	514
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.381	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.1	0.2	504
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	3515
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	593
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.83	1.5	2043
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.212	1.5	836
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.285	2	3275
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.217	3	1066
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.404	4.5	944
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.316	72	-
R_work	0.253	1789	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1777	3.1973	2.0622	10.7	6.8631	4.4051	-0.0847	0.2337	0.1238	-1.2835	-0.0293	0.1156	-0.832	-0.0135	0.114	0.771	0.2417	-0.0155	0.3167	0.0844	0.2209	14.7825	49.8026	44.5577
2	4.2003	1.3147	-0.136	0.7394	-1.5182	9.7501	0.1437	-0.2675	0.4757	0.121	-0.144	0.0893	-0.7758	-0.1136	0.0003	0.3573	0.0295	0.0112	0.081	-0.0018	0.1492	19.5673	50.6336	52.8185
3	1.0563	-1.124	-0.7992	4.558	3.5422	6.1932	0.1156	0.0141	0.0577	0.2306	-0.0946	0.1784	-0.0728	-0.2121	-0.021	0.192	-0.032	0.0313	0.0843	-0.0035	0.146	19.7619	41.6378	57.2034
4	2.28	0.1693	-3.6618	0.16	0.1118	6.9519	0.0281	0.0454	0.1705	-0.1581	0.0289	0.0729	-0.3473	0.0998	-0.057	0.4349	0.078	0.0584	0.1999	0.0575	0.1973	25.814	40.8421	36.8689
5	1.2001	1.8305	-1.2422	3.9041	-2.3426	1.4673	0.1189	-0.0246	0.0186	0.2211	-0.0364	0.1565	-0.1363	0.0303	-0.0826	0.1556	0.0146	0.0054	0.1178	-0.0111	0.1362	23.6666	33.777	56.4922
6	2.9583	2.7938	1.0373	2.936	0.0553	3.3135	0.1457	-0.1271	-0.0225	0.2477	-0.0713	0.0241	-0.3705	-0.2337	-0.0743	0.1574	0.0081	0.0001	0.1329	-0.002	0.1807	18.6766	27.074	53.9777
7	4.1797	0.3223	0.812	0.0441	-0.0373	2.0093	0.0015	0.056	-0.0793	0.0227	0.0624	0.0166	-0.2279	-0.0434	-0.0639	0.0907	0.0183	-0.0039	0.2086	0.0012	0.2077	26.4983	28.5022	49.3879
8	3.4293	-1.2006	-0.6644	6.7283	0.0827	2.1276	0.0672	-0.194	-0.1431	0.0363	-0.0692	-0.5441	-0.4899	0.6654	0.0019	0.1215	-0.1448	-0.0249	0.2645	-0.0105	0.1746	43.9396	31.619	53.4796
9	1.0898	-3.0349	-1.4306	9.852	1.2928	7.2267	0.2468	0.0164	0.2271	-0.5775	0.0905	-0.4994	-0.4451	-0.1436	-0.3373	0.233	-0.0559	0.0162	0.4359	0.0704	0.3621	39.2559	33.3916	38.164
10	2.2727	0.7128	-0.9419	1.9102	-0.8142	3.1957	-0.0229	-0.038	-0.3079	0.0636	0.0094	-0.1368	0.1827	0.2677	0.0135	0.0749	0.0123	-0.0293	0.1245	-0.0235	0.1412	33.5971	21.2183	56.5041
11	4.65	1.0297	-0.8562	2.1303	-2.7654	3.6461	0.0463	-0.2737	0.3096	0.0689	-0.0892	0.0063	-0.0868	0.0976	0.0429	0.119	-0.0075	0.0092	0.1587	-0.006	0.1483	28.431	24.6236	60.5634
12	9.5253	-3.5792	0.2262	5.2964	-1.6225	5.2127	0.0142	-0.4528	0.1656	0.5658	-0.0224	-0.2452	-0.0784	0.1785	0.0082	0.1576	-0.0415	-0.046	0.1766	-0.0119	0.0906	38.6143	29.5192	65.9125
13	0.0296	-0.2532	-0.1542	4.3225	0.1879	1.483	0.0132	-0.0453	0.0025	-0.0461	-0.064	0.0324	0.0364	0.487	0.0508	0.066	-0.0187	0.0027	0.2378	0.0095	0.1792	37.2246	23.211	55.4926
14	5.4236	-1.4913	-2.2852	2.1919	-0.5	1.6913	0.23	-0.0241	0.3804	-0.4312	-0.0994	-0.1736	0.0747	0.1237	-0.1305	0.3232	-0.1747	0.0341	0.2572	-0.0232	0.1901	36.1227	42.563	47.0328
15	2.1933	-0.7845	-0.7518	1.9707	2.2279	2.6263	0.1132	-0.2787	0.0825	-0.0954	0.1055	-0.1132	-0.1741	0.2194	-0.2187	0.2353	-0.0888	0.0362	0.2022	-0.0562	0.1438	29.6757	40.3844	56.7322
16	0.0502	-0.2354	0.2432	3.4078	2.0663	5.732	0.0282	-0.0062	-0.0155	-0.3685	-0.0697	0.0828	-0.1763	-0.1067	0.0415	0.0459	-0.0012	-0.0009	0.1588	-0.0038	0.1719	18.6625	28.818	40.0698
17	2.0109	1.3442	-1.8438	1.1744	-0.2067	9.832	0.0675	-0.0657	0.0456	-0.0206	-0.0477	0.0477	-0.2028	-0.3065	-0.0198	0.1225	0.0307	-0.0095	0.1557	-0.01	0.1553	13.7396	37.9532	42.695
18	0.181	0.3685	-0.815	3.146	-0.2985	4.4579	0.0375	-0.0031	-0.1234	-0.1071	-0.5562	-0.2585	-0.285	-0.3121	0.5187	0.1205	0.0347	-0.0102	0.2115	-0.0182	0.2104	15.6475	40.2093	50.1058
19	5.6037	-0.8465	-5.8735	0.1279	0.8872	6.1564	0.5641	0.3209	0.5263	-0.0776	-0.033	-0.0805	-0.573	-0.3346	-0.5311	0.5059	-0.1023	0.0477	0.0893	0.0212	0.2315	27.1574	49.5021	45.8589
20	12.9503	-1.6602	-4.5526	13.9403	0.9819	4.0493	0.1781	-0.0003	0.8102	-0.3152	0.0301	-0.7169	-0.4802	0.372	-0.2083	0.3647	-0.0942	0.0216	0.2387	-0.0145	0.2811	30.3845	54.8563	50.981
21	4.0474	0.6022	-0.4943	1.0579	2.9676	9.6325	0.6906	0.0123	-0.047	0.4377	-0.331	-0.1324	0.9734	-1.1386	-0.3596	0.5162	-0.1234	-0.0134	0.2052	0.1032	0.2449	14.8456	-4.8116	47.3878
22	4.5568	-0.5471	-0.7484	9.4333	-2.6249	7.9942	0.2069	0.3951	-0.5256	0.7082	-0.326	0.3953	0.5271	-0.0837	0.1191	0.457	-0.0178	-0.0569	0.0748	-0.0313	0.1926	19.7851	-5.4422	40.6672
23	1.2962	-0.1621	0.4831	2.0865	1.4115	5.0104	0.1915	-0.0284	-0.0482	-0.2042	-0.2423	0.2272	0.3089	-0.4475	0.0508	0.2316	0.02	-0.0421	0.0807	-0.0014	0.1611	20.025	3.583	36.186
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32	5.4552	0.4377	-2.1665	5.234	1.2431	4.0315	0.0641	0.7077	-0.2899	-0.7209	-0.0803	-0.0087	0.1169	-0.0356	0.0163	0.1595	0.0515	0.0103	0.2336	-0.0132	0.0986	36.1436	15.7408	28.1751
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34	4.1975	0.0373	2.7562	4.9937	-1.7644	2.4522	0.3888	0.1032	-0.4872	-0.0257	-0.1623	-0.2461	0.2711	0.1491	-0.2264	0.2373	0.167	-0.0408	0.2542	-0.0217	0.2319	38.7628	2.0731	45.5661
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36	1.6422	-0.1591	0.5011	3.5427	1.0257	0.5016	0.0908	0.2625	-0.1174	0.1312	0.004	0.0378	0.1103	0.1534	-0.0948	0.2494	0.0946	-0.0492	0.284	-0.0835	0.1957	29.5655	5.9019	35.3431
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38	0.6477	0.1477	0.0271	1.2736	-0.4881	0.4357	-0.0695	0.1007	0.0176	0.0527	0.2518	0.066	0.008	-0.2321	-0.1822	0.1011	-0.0456	-0.0075	0.2167	0.0313	0.1924	16.0244	10.6833	54.3148
39	1.6807	-1.1318	-1.499	1.6432	2.3924	3.5293	0.3512	0.1709	0.019	0.1018	-0.5011	0.0907	0.2746	-0.727	0.15	0.3705	-0.0283	0	0.2307	-0.045	0.218	15.8102	5.2845	44.47
40	8.4918	0.5475	4.6331	7.0633	-4.1215	5.3088	0.2923	0.1574	-0.7211	-0.2646	-0.1427	-0.4009	0.3451	0.1987	-0.1496	0.5648	0.1385	-0.1135	0.0484	0.0089	0.2334	28.5498	-7.0484	44.7954

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	4 - 12
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	13 - 20
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	21 - 31
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	32 - 40
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	41 - 52
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	53 - 60
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	61 - 69
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	70 - 86
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	87 - 93
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	94 - 111
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	112 - 119
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	120 - 128
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	129 - 140
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	141 - 155
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	156 - 173
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	174 - 183
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	184 - 193
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	194 - 201
19	X-RAY DIFFRACTION	19	A	202 - 207
20	X-RAY DIFFRACTION	20	A	208 - 212
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	6 - 12
22	X-RAY DIFFRACTION	22	B	13 - 20
23	X-RAY DIFFRACTION	23	B	21 - 31
24	X-RAY DIFFRACTION	24	B	32 - 40
25	X-RAY DIFFRACTION	25	B	41 - 52
26	X-RAY DIFFRACTION	26	B	53 - 60
27	X-RAY DIFFRACTION	27	B	61 - 70
28	X-RAY DIFFRACTION	28	B	71 - 77
29	X-RAY DIFFRACTION	29	B	78 - 87
30	X-RAY DIFFRACTION	30	B	93 - 107
31	X-RAY DIFFRACTION	31	B	108 - 117
32	X-RAY DIFFRACTION	32	B	118 - 127
33	X-RAY DIFFRACTION	33	B	128 - 140
34	X-RAY DIFFRACTION	34	B	141 - 150
35	X-RAY DIFFRACTION	35	B	151 - 161
36	X-RAY DIFFRACTION	36	B	162 - 173
37	X-RAY DIFFRACTION	37	B	174 - 178
38	X-RAY DIFFRACTION	38	B	179 - 190
39	X-RAY DIFFRACTION	39	B	191 - 202
40	X-RAY DIFFRACTION	40	B	203 - 211

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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