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万見
- PDB-2mfg: Csr/Rsm protein-RNA recognition - A molecular affinity ruler: Rsm... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mfg
タイトルCsr/Rsm protein-RNA recognition - A molecular affinity ruler: RsmZ(SL4)/RsmE(dimer) 2:1 complex
要素
  • Carbon storage regulator homolog
  • SL4(RsmZ) RNA
キーワードTRANSLATION/RNA / CsrA / RsmA / RsmE / RsmZ / CsrB / translation repressor protein / translation activation / protein sequestration / bacterial protein (タンパク質) / non-coding RNA (ノンコーディングRNA) / sRNA / Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / RNA-Binding Proteins (RNA結合タンパク質) / messenger RNA (伝令RNA) / modulation of binding affinity / molecular mimicry / TRANSLATION-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of carbohydrate metabolic process / mRNA catabolic process / positive regulation of translational initiation / negative regulation of translational initiation / mRNA 5'-UTR binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Translational regulator CsrA / Carbon storage regulator superfamily / Global regulator protein family
類似検索 - ドメイン・相同性
リボ核酸 / RNA (> 10) / Translational regulator CsrA1 / Translational regulator CsrA
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas fluorescens (蛍光菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Duss, O. / Diarra Dit Konte, N. / Michel, E. / Schubert, M. / Allain, F.H.-T.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2014
タイトル: Molecular basis for the wide range of affinity found in Csr/Rsm protein-RNA recognition.
著者: Duss, O. / Michel, E. / Diarra Dit Konte, N. / Schubert, M. / Allain, F.H.
履歴
登録2013年10月11日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月26日Group: Database references
改定 1.22014年5月14日Group: Database references
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbon storage regulator homolog
B: SL4(RsmZ) RNA
C: Carbon storage regulator homolog
D: SL4(RsmZ) RNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2304
ポリマ－29,2304
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7900 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area11620 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 999structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Carbon storage regulator homolog


分子量: 7847.951 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (蛍光菌) / 遺伝子: rsmE, csrA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5MXB2, UniProt: P0DPC3*PLUS
#2: RNA鎖 SL4(RsmZ) RNA


分子量: 6767.100 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D 1H-15N NOESY
1312D 1H-1H NOESY
1422D 1H-1H NOESY
1542D 1H-13C HSQC
1633D 1H-13C NOESY aliphatic
1743D 1Fe3Ff NOESY
1843D (H)CCH-TOCSY
1933D HNCA
11033D HN(CA)CB
11122D 1H-1H TOCSY
11252D 1H-15N HSQC
11372D 1H-15N HSQC
11462D 1H-13C HSQC
11582D 1H-13C HSQC
11663D 1H-13C NOESY
11783D 1H-13C NOESY
11863D 1Fe3Ff NOESY
11983D 1Fe3Ff NOESY
12063D (H)CCH-TOCSY
12183D (H)CCH-TOCSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM [U-100% 15N] RsmE, 1 mM SL4(RsmZ), 0.05 mM potassium phosphate, 0.03 mM sodium chloride, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
21 mM [U-100% 15N] RsmE, 1 mM SL4(RsmZ), 0.05 mM potassium phosphate, 0.03 mM sodium chloride, 100% D2O100% D2O
31 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] RsmE, 1 mM SL4(RsmZ), 0.05 mM potassium phosphate, 0.03 mM sodium chloride, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
41 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] RsmE, 1 mM SL4(RsmZ), 0.05 mM potassium phosphate, 0.03 mM sodium chloride, 100% D2O100% D2O
51 mM [U-100% 15N] RsmE, 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N]-Ade/Ura RNA SL4(RsmZ), 0.05 mM potassium phosphate, 0.03 mM sodium chloride, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
61 mM [U-100% 15N] RsmE, 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N]-Ade/Ura RNA SL4(RsmZ), 0.05 mM potassium phosphate, 0.03 mM sodium chloride, 100% D2O100% D2O
71 mM [U-100% 15N] RsmE, 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N]-Cyt/Gua RNA SL4(RsmZ), 0.05 mM potassium phosphate, 0.03 mM sodium chloride, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
81 mM [U-100% 15N] RsmE, 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N]-Cyt/Gua RNA SL4(RsmZ), 0.05 mM potassium phosphate, 0.03 mM sodium chloride, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMRsmE-1[U-100% 15N]1
1 mMSL4(RsmZ)-21
0.05 mMpotassium phosphate-31
0.03 mMsodium chloride-41
1 mMRsmE-5[U-100% 15N]2
1 mMSL4(RsmZ)-62
0.05 mMpotassium phosphate-72
0.03 mMsodium chloride-82
1 mMRsmE-9[U-100% 13C; U-100% 15N]3
1 mMSL4(RsmZ)-103
0.05 mMpotassium phosphate-113
0.03 mMsodium chloride-123
1 mMRsmE-13[U-100% 13C; U-100% 15N]4
1 mMSL4(RsmZ)-144
0.05 mMpotassium phosphate-154
0.03 mMsodium chloride-164
1 mMRsmE-17[U-100% 15N]5
1 mMSL4(RsmZ)-18[U-100% 13C; U-100% 15N]-Ade/Ura RNA5
0.05 mMpotassium phosphate-195
0.03 mMsodium chloride-205
1 mMRsmE-21[U-100% 15N]6
1 mMSL4(RsmZ)-22[U-100% 13C; U-100% 15N]-Ade/Ura RNA6
0.05 mMpotassium phosphate-236
0.03 mMsodium chloride-246
1 mMRsmE-25[U-100% 15N]7
1 mMSL4(RsmZ)-26[U-100% 13C; U-100% 15N]-Cyt/Gua RNA7
0.05 mMpotassium phosphate-277
0.03 mMsodium chloride-287
1 mMRsmE-29[U-100% 15N]8
1 mMSL4(RsmZ)-30[U-100% 13C; U-100% 15N]-Cyt/Gua RNA8
0.05 mMpotassium phosphate-318
0.03 mMsodium chloride-328
試料状態イオン強度: 0.18 / pH: 7.2 / 圧: ambient / 温度: 313 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE5001
Bruker AvanceBrukerAVANCE6002
Bruker AvanceBrukerAVANCE7003
Bruker AvanceBrukerAVANCE9004

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospin解析
SparkyGoddardchemical shift assignment
SparkyGoddardデータ解析
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
AmberCase, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNA sugar pucker constraints total count: 10 / NOE constraints total: 2854
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 999 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum torsion angle constraint violation: 14.7 ° / Maximum upper distance constraint violation: 0.27 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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