+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2nps | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal Structure of the Early Endosomal SNARE Complex | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / Vesicle fusion / SNARE complex / early endosomal SNARE complex / syntaxin 6 / syntaxin 13 / Vti1a / VAMP4 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of Golgi to plasma membrane protein transport / : / synaptic vesicle to endosome fusion / Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / : / : / Intra-Golgi traffic / Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / postsynaptic recycling endosome / vesicle fusion with Golgi apparatus ...regulation of Golgi to plasma membrane protein transport / : / synaptic vesicle to endosome fusion / Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / : / : / Intra-Golgi traffic / Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / postsynaptic recycling endosome / vesicle fusion with Golgi apparatus / Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / Golgi ribbon formation / Intra-Golgi traffic / Golgi vesicle transport / Golgi to vacuole transport / vesicle fusion / vesicle docking / voluntary musculoskeletal movement / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / SNARE complex / SNAP receptor activity / clathrin-coated vesicle membrane / Clathrin-mediated endocytosis / intra-Golgi vesicle-mediated transport / protein targeting to vacuole / Golgi to plasma membrane protein transport / endocytic recycling / neuron projection terminus / phagophore assembly site / retrograde transport, endosome to Golgi / syntaxin binding / regulation of synaptic vesicle endocytosis / SNARE complex assembly / clathrin-coated vesicle / cholesterol efflux / autophagosome assembly / autophagosome / endomembrane system / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / phagocytic vesicle / SNARE binding / trans-Golgi network membrane / intracellular protein transport / ER to Golgi transport vesicle membrane / trans-Golgi network / recycling endosome / terminal bouton / autophagy / synaptic vesicle membrane / cellular response to type II interferon / microtubule cytoskeleton organization / recycling endosome membrane / regulation of protein localization / synaptic vesicle / late endosome membrane / early endosome membrane / vesicle / membrane => GO:0016020 / early endosome / protein stabilization / endosome / membrane raft / Golgi membrane / neuronal cell body / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / cell surface / nucleoplasm / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) Rattus norvegicus (ドブネズミ) Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Zwilling, D. / Cypionka, A. / Pohl, W.H. / Fasshauer, D. / Walla, P.J. / Wahl, M.C. / Jahn, R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Embo J. / 年: 2007 タイトル: Early endosomal SNAREs form a structurally conserved SNARE complex and fuse liposomes with multiple topologies 著者: Zwilling, D. / Cypionka, A. / Pohl, W.H. / Fasshauer, D. / Walla, P.J. / Wahl, M.C. / Jahn, R. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2nps.cif.gz | 72.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb2nps.ent.gz | 52.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2nps.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2nps_validation.pdf.gz | 453.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 2nps_full_validation.pdf.gz | 463 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2nps_validation.xml.gz | 14.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2nps_validation.cif.gz | 19.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/np/2nps ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/np/2nps | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1sfcS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
詳細 | The biological assembly is a tetrameric coiled-coil comprised of chains A, B, C, and D. There is one biological assembly per asymmetric unit. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 8687.821 Da / 分子数: 1 / 断片: VAMP4 SNARE Motif, residues 47-117 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Vamp4_predicted / プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O70480 |
---|---|
#2: タンパク質 | 分子量: 8149.168 Da / 分子数: 1 / 断片: Syntaxin 13 SNARE Motif, residues 177-244 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: syntaxin 13 / プラスミド: pEt28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O70319, UniProt: G3V7P1*PLUS |
#3: タンパク質 | 分子量: 9548.797 Da / 分子数: 1 / 断片: Vti1a SNARE Motif, residues 122-199 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Vti1a / プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9JI51 |
#4: タンパク質 | 分子量: 9121.297 Da / 分子数: 1 断片: Syntaxin 6 SNARE Motif, t-SNARE coiled-coil homology, residues 169-234 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: STX6 / プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O43752 |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 5 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.85 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.1M trisodium citrate dihydrate, 36% (v/v) 2-methyl-2,4-pentandiol, 0.2M Li2SO4, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9 Å |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月25日 / 詳細: mirrors |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→30 Å / Num. all: 10740 / Num. obs: 9365 / % possible obs: 87.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 57.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.124 / Rsym value: 0.039 / Net I/σ(I): 8.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.66 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 827 / Rsym value: 0.309 / % possible all: 46.4 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB Entry 1SFC 解像度: 2.5→30 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 53.5 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→30 Å
| |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.564 Å / Rfactor Rfree error: 0.299
|