PDB-2npb: NMR solution structure of mouse SelW

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2npb

タイトル

NMR solution structure of mouse SelW

要素

Selenoprotein W

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Selenoprotein / thioredoxin-like fold

機能・相同性

機能・相同性情報

response to selenium ion / antioxidant activity / oxidoreductase activity / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

溶液NMR / distance geometry, simulated annealing, energy minimisation, torsion angle dynamics

データ登録者

Aachmann, F.L. / Fomenko, D.E. / Soragni, A. / Gladyshev, V.N. / Dikiy, A.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Solution structure of selenoprotein W and NMR analysis of its interaction with 14-3-3 proteins
著者: Aachmann, F.L. / Fomenko, D.E. / Soragni, A. / Gladyshev, V.N. / Dikiy, A.

履歴

登録	2006年10月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2006年11月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年3月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2014年4月9日	Group: Other
改定 1.4	2020年2月26日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name ..._pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.5	2023年6月14日	Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.6	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2npb.cif.gz	532.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2npb.ent.gz	453.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2npb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2npb_validation.pdf.gz	481.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2npb_full_validation.pdf.gz	704.7 KB	表示
XML形式データ	2npb_validation.xml.gz	51.7 KB	表示
CIF形式データ	2npb_validation.cif.gz	63.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/np/2npb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/np/2npb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4j3e-d 1j4r-1 4aix-4 1cdz-d 4ckv-d 5e03-d 3dj3-3 3dj3-1 3jqx-1 2mkw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 7324

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Selenoprotein W

10.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 96	target function
代表モデル	モデル #1	fewest violations

#1: タンパク質	Selenoprotein W 分子量: 10710.399 Da / 分子数: 1 / 変異: C10S, U13C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: C57BL-6 / 組織: Brain / 遺伝子: Sepw1 / プラスミド: pFA6 Derivate of pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566 / 参照: UniProt: P63300

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 15N-separated NOESY
1	2	2	3D 13C-separated NOESY
1	3	1	2D NOESY

NMR実験の詳細

Text: The structure was determined using triple-resonance NMR spectroscopy.

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	1mM SelW U-15N,13C; 25mM phosphate buffer, 50mM NaCl, 2.5mM DTT; 90% H2O, 10% D2O	90% H2O/10% D2O
2	1mM SelW U-15N,13C; 25mM phosphate buffer, 50mM NaCl, 2.5mM DTT; 99.9% D2O	99.9% D2O

試料状態

イオン強度: 50mM NaCl / pH: 5.1 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
XwinNMR	3.5	Bruker	collection
CARA	1.4	Keller	データ解析
CYANA	2.1	Guntert	構造決定
Amber	9	Case	精密化

精密化

手法: distance geometry, simulated annealing, energy minimisation, torsion angle dynamics
ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: fewest violations

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 96 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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