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- PDB-2no4: Crystal Structure analysis of a Dehalogenase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2no4
タイトルCrystal Structure analysis of a Dehalogenase
要素(S)-2-haloacid dehalogenase IVA
キーワードHYDROLASE / Haloacid Dehalogenase / HAD Superfamily / Rossmann fold
機能・相同性
機能・相同性情報


(S)-2-haloacid dehalogenase / (S)-2-haloacid dehalogenase activity
類似検索 - 分子機能
L-2-Haloacid dehalogenase / : / Putative phosphatase; domain 2 / Phosphoglycolate phosphatase-like, domain 2 / HAD hydrolase, subfamily IA / HAD superfamily/HAD-like / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily / DNA polymerase; domain 1 ...L-2-Haloacid dehalogenase / : / Putative phosphatase; domain 2 / Phosphoglycolate phosphatase-like, domain 2 / HAD hydrolase, subfamily IA / HAD superfamily/HAD-like / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily / DNA polymerase; domain 1 / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(S)-2-haloacid dehalogenase 4A
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia cepacia (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.93 Å
データ登録者Schmidberger, J.W. / Wilce, M.C.J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Crystal structures of the substrate free-enzyme, and reaction intermediate of the HAD superfamily member, haloacid dehalogenase DehIVa from Burkholderia cepacia MBA4
著者: Schmidberger, J.W. / Wilce, J.A. / Tsang, J.S.H. / Wilce, M.C.J.
履歴
登録2006年10月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.22014年11月12日Group: Structure summary
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: (S)-2-haloacid dehalogenase IVA
B: (S)-2-haloacid dehalogenase IVA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,30114
ポリマ－54,2692
非ポリマー1,03212
水9,530529
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5170 Å2
ΔGint-198 kcal/mol
Surface area18370 Å2
手法PISA
2
A: (S)-2-haloacid dehalogenase IVA
B: (S)-2-haloacid dehalogenase IVA
ヘテロ分子

A: (S)-2-haloacid dehalogenase IVA
B: (S)-2-haloacid dehalogenase IVA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,60228
ポリマ－108,5394
非ポリマー2,06324
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z+1/31
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)103.999, 103.999, 134.811
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1101-

HOH

21A-1203-

HOH

31B-1252-

HOH

詳細The structure is a functional homodimer in the ASU

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要素

#1: タンパク質 (S)-2-haloacid dehalogenase IVA / Dehalogenase / 2-haloalkanoic acid dehalogenase IVA / L-2-haloacid dehalogenase IVA / ...Dehalogenase / 2-haloalkanoic acid dehalogenase IVA / L-2-haloacid dehalogenase IVA / Halocarboxylic acid halidohydrolase IVA


分子量: 27134.674 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia cepacia (バクテリア)
株: MBA4 / プラスミド: pHKU201 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q51645, (S)-2-haloacid dehalogenase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 529 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.59 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8
詳細: 22% PEG 4000, 0.65M Ammonium Sulphate, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年2月18日 / 詳細: Osmic Confocal Optics
放射モノクロメーター: Osmic Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.93→30 Å / Num. obs: 63130 / % possible obs: 98.7 % / Rmerge(I) obs: 0.053 / Χ2: 1.053 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.93-20.60157750.984191.5
2-2.080.39563101.0441100
2.08-2.170.28763261.0511100
2.17-2.290.20763231.0491100
2.29-2.430.1663891.0881100
2.43-2.620.11263601.0461100
2.62-2.880.0863611.062199.9
2.88-3.30.04763621.06199.6
3.3-4.150.02764321.081199.1
4.15-300.01864921.045197.1

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位相決定

Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å29.31 Å
Translation3 Å29.31 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
MAR345dtbデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1QQ5

1qq5


解像度: 1.93→28.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 2.753 / SU ML: 0.079 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.113 / ESU R Free: 0.113 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.216 3175 5 %RANDOM
Rwork0.184 ---
obs0.185 62937 98.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.737 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.93→28.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3582 0 52 529 4163
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0223749
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5641.9725091
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9165450
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.66824.185184
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.23415639
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.7191526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1240.2550
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022840
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.210.21860
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2960.22514
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2420.2420
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2490.250
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3530.235
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.96222324
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.92633619
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.14121638
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.18231471
LS精密化 シェル解像度: 1.932→1.982 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.328 210 -
Rwork0.298 4167 -
obs-4377 94.43 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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