PDB-2nnf: Structure of the sulfur carrier protein SoxY from Chlorobium limi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2nnf

タイトル

Structure of the sulfur carrier protein SoxY from Chlorobium limicola f thiosulfatophilum

要素

Sulfur covalently-binding protein

キーワード

LIGAND BINDING PROTEIN / sulfur binding protein / Sox / beta sandwich / green sulfur bacterium

機能・相同性

機能・相同性情報

SoxY domain / Sulphur oxidation, SoxY / Ig-like SoxY domain / Ig-like SoxY domain superfamily / Sulfur oxidation protein SoxY / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Chlorobium limicola (バクテリア)

手法

X線回折 / Rigid Body / 解像度: 2.39 Å

データ登録者

Stout, J. / Van Driessche, G. / Savvides, S.N. / Van Beeumen, J.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2007
タイトル: X-ray crystallographic analysis of the sulfur carrier protein SoxY from Chlorobium limicola f. thiosulfatophilum reveals a tetrameric structure.
著者: Stout, J. / Van Driessche, G. / Savvides, S.N. / Van Beeumen, J.

履歴

登録	2006年10月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2007年3月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2nnf.cif.gz	54 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2nnf.ent.gz	38.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2nnf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nn/2nnf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nn/2nnf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2nncC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2grk-d 4m7y-d 3vgb-d 6jgk-d 4ijw-2 6awj-2 3mjd-1 2y2n-d 6mi1-d 6tp0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Sulfur covalently-binding protein

B: Sulfur covalently-binding protein

ヘテロ分子

26.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Sulfur covalently-binding protein

B: Sulfur covalently-binding protein

ヘテロ分子

A: Sulfur covalently-binding protein

B: Sulfur covalently-binding protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
52.4 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.220, 122.646, 97.289
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-126- HOH

#1: タンパク質	Sulfur covalently-binding protein 分子量: 13055.163 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chlorobium limicola (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C43(DE3) / 参照: UniProt: Q8RLX2
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.7 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 詳細: Ammonium phosphate, sodium phsophate, DTT, pH 4.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 294K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 294 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.5418

検出器

タイプ: MAC Science DIP-2030 / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年1月10日

放射

モノクロメーター: Montel Optics (Bruker Nonius) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.39→20 Å / Num. obs: 10173 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 3.4 / 冗長度: 4.8 % / R_merge(I) obs: 0.084 / Χ²: 0.97 / Net I/σ(I): 17.5

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
2.39-2.43	4.7	0.532	3.4	498	1.164	100
2.43-2.48	4.8	0.544		484	1.096	99.8
2.48-2.52	4.8	0.461		504	1.057	100
2.52-2.57	4.7	0.418		517	1.126	100
2.57-2.63	4.9	0.352		480	0.894	100
2.63-2.69	4.8	0.316		501	0.981	100
2.69-2.76	4.8	0.263		501	0.947	100
2.76-2.83	4.8	0.23		498	0.869	100
2.83-2.92	4.8	0.189		512	0.957	100
2.92-3.01	4.8	0.151		495	0.954	100
3.01-3.12	4.8	0.137		509	0.922	100
3.12-3.24	4.8	0.112		509	0.967	100
3.24-3.39	4.9	0.096		494	0.995	100
3.39-3.57	4.8	0.077		507	0.917	100
3.57-3.79	4.8	0.074		522	0.966	100
3.79-4.08	4.8	0.069		505	0.934	100
4.08-4.48	4.8	0.059		517	0.954	100
4.48-5.12	4.7	0.051		528	0.931	100
5.12-6.42	4.7	0.05		524	0.904	100
6.42-20	4.3	0.037		568	0.878	99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC		精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PDB_EXTRACT	1.401	データ抽出
XPRESS	(DIP2030)	データ収集

精密化

構造決定の手法: Rigid Body / 解像度: 2.39→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.93 / SU B: 17.314 / SU ML: 0.192 / SU R Cruickshank DPI: 0.343 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.251

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.248	493	4.9 %	RANDOM
R_work	0.188	-	-	-
all	0.191	-	-	-
obs	-	10126	99.97 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.144 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.47 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.58 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.39→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1613	0	5	39	1657

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Weight
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	1658	0.022
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	1594	0.02
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.284	2268	1.971
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.724	3672	3
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.996	225	5
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.884	50	24
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.629	250	15
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.32	8	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.065	283	0.2
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	1846	0.02
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	309	0.02
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.186	226	0.2
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.195	1366	0.2
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.172	791	0.2
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.088	1005	0.2
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.091	39	0.2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.2	5	0.2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.192	29	0.2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.569	1166	1.5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.114	450	1.5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.78	1837	2
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.392	550	3
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.224	431	4.5

LS精密化シェル

解像度: 2.39→2.451 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.308	40	-
R_work	0.236	688	-
obs	-	-	99.86 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	13.5448	4.6924	-0.2653	19.2962	9.929	17.9558	-0.2482	-0.8064	0.7237	-1.1614	0.5209	-0.1271	-1.2949	0.5506	-0.2727	-0.1821	-0.0866	0.0098	0.0718	0.0414	-0.3053	19.5989	60.0323	43.4464
2	3.1983	0.2673	0.5505	4.2424	-1.0611	7.2465	-0.1166	0.1944	0.052	-0.2385	0.0252	0.2526	-0.3118	0.4118	0.0913	-0.2757	-0.016	0.0067	-0.2293	0.0212	-0.2877	10.2379	56.3771	34.563
3	14.4864	32.9388	0.8408	83.4908	2.543	0.0951	-0.0259	-0.0673	-0.8541	0.1731	-0.071	-1.6536	0.0879	0.0724	0.0969	0.0147	-0.1442	-0.0287	-0.0197	0.2201	0.0135	0.5832	30.2493	52.7337
4	8.4642	2.6477	0.2228	11.3091	-1.3865	6.1503	-0.0055	-0.0106	-0.8446	-0.5463	-0.0493	0.4539	1.0548	-0.2952	0.0548	-0.123	-0.0647	-0.025	-0.2609	0.0433	-0.1258	-1.5003	40.7008	42.6751

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	A	A	8 - 21	10 - 23
2	2	A	A	22 - 117	24 - 119
3	3	B	B	1 - 21	3 - 23
4	4	B	B	22 - 115	24 - 117

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)