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- PDB-2nla: Crystal structure of the Mcl-1:mNoxaB BH3 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2nla
タイトルCrystal structure of the Mcl-1:mNoxaB BH3 complex
要素
  • FUSION PROTEIN CONSISTING OF Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 homolog
  • Phorbol-12-myristate-13-acetate-induced protein 1
キーワードAPOPTOSIS / Bcl-2 / Mcl-1 / Noxa
機能・相同性
機能・相同性情報


Activation of NOXA and translocation to mitochondria / positive regulation of establishment of protein localization to mitochondrion / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / positive regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / BH domain binding / positive regulation of fibroblast apoptotic process / positive regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / cellular homeostasis / cell fate determination / channel activity ...Activation of NOXA and translocation to mitochondria / positive regulation of establishment of protein localization to mitochondrion / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / positive regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / BH domain binding / positive regulation of fibroblast apoptotic process / positive regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / cellular homeostasis / cell fate determination / channel activity / fibroblast apoptotic process / mitochondrial fusion / Bcl-2 family protein complex / T cell homeostasis / BH3 domain binding / negative regulation of mitochondrial membrane potential / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / negative regulation of anoikis / response to X-ray / protein transmembrane transporter activity / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / response to UV / negative regulation of fibroblast proliferation / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / negative regulation of autophagy / release of cytochrome c from mitochondria / response to cytokine / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / positive regulation of neuron apoptotic process / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / regulation of apoptotic process / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / mitochondrial outer membrane / cell differentiation / protein dimerization activity / positive regulation of apoptotic process / protein heterodimerization activity / apoptotic process / DNA damage response / protein-containing complex binding / negative regulation of apoptotic process / protein homodimerization activity / mitochondrion / nucleoplasm / membrane / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phorbol-12-myristate-13-acetate-induced protein 1 / Phorbol-12-myristate-13-acetate-induced / Apoptosis regulator, Mcl-1 / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site ...Phorbol-12-myristate-13-acetate-induced protein 1 / Phorbol-12-myristate-13-acetate-induced / Apoptosis regulator, Mcl-1 / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl-2 family / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Bcl2-like / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 homolog / Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 / Phorbol-12-myristate-13-acetate-induced protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Czabotar, P.E. / Colman, P.M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2007
タイトル: Structural insights into the degradation of Mcl-1 induced by BH3 domains.
著者: Czabotar, P.E. / Lee, E.F. / van Delft, M.F. / Day, C.L. / Smith, B.J. / Huang, D.C. / Fairlie, W.D. / Hinds, M.G. / Colman, P.M.
履歴
登録2006年10月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年6月14日Group: Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_src_gen ...entity / entity_src_gen / entity_src_nat / pdbx_entity_src_syn
Item: _entity.src_method
改定 1.42017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.52023年12月27日Group: Advisory / Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FUSION PROTEIN CONSISTING OF Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 homolog
B: Phorbol-12-myristate-13-acetate-induced protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,8302
ポリマ－20,8302
非ポリマー00
水55831
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1620 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area9110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.381, 85.381, 46.916
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

#1: タンパク質 FUSION PROTEIN CONSISTING OF Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 homolog


分子量: 17816.135 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 171-208 and residues 209-327 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ), (組換発現) Homo sapiens
属: Rattus, Homo / 生物種: , / 株: , / 遺伝子: Mcl1 / プラスミド: pGEX-6P3 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P97287, UniProt: Q07820
#2: タンパク質・ペプチド Phorbol-12-myristate-13-acetate-induced protein 1 / Protein Noxa


分子量: 3013.519 Da / 分子数: 1 / 断片: BH3 (UNP residues 68-93) / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9JM54
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.09 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 12% PEG 4K, 4% isopropanol, 5% dioxane, 0.1M tris-HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9715 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月8日 / 詳細: monochrometer
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double crystal sagittal focusing monochrometer
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9715 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→100 Å / Num. obs: 4938 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Χ2: 1.383 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.646 / Num. unique all: 476 / Χ2: 0.941 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
PHASERV. 1.3.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→73.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.873 / SU B: 55.937 / SU ML: 0.472 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.452 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: CHAIN D REFERS TO THE NOXA PEPTIDE WHICH IS COVALENTLY LINKED TO MCL-1 THROUGH CYS 286 OF MCL-1 AND CYS 75 OF NOXA. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.291 230 4.7 %RANDOM
Rwork0.207 ---
obs0.211 4699 99.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 80.22 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.36 Å20.68 Å20 Å2
2--1.36 Å20 Å2
3----2.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→73.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1375 0 0 31 1406
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0221395
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3411.9511874
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5715169
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.21322.95871
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.40715264
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.5161517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2208
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021044
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2420.2717
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3030.2947
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2040.268
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2080.247
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2260.29
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4251.5875
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.70521353
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.9493590
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.5614.5521
LS精密化 シェル解像度: 2.798→2.871 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.428 18 -
Rwork0.413 344 -
obs-362 98.91 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.3458-0.5017-0.61555.72160.08510.5334-0.0137-0.46160.776-0.15520.1268-0.0328-0.9296-0.6959-0.1132-0.35860.0610.031-0.3017-0.0586-0.323-26.60623.2318-7.1963
220.4622-9.66523.559220.42760.30257.76550.57581.2816-0.6782-1.8879-0.06371.5006-0.11880.0764-0.5121-0.1677-0.01080.0187-0.1562-0.1316-0.4211-18.725320.71814.2364
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA175 - 3215 - 151
22BB73 - 936 - 26

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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