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- PDB-2nl9: Crystal structure of the Mcl-1:Bim BH3 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2nl9
タイトルCrystal structure of the Mcl-1:Bim BH3 complex
要素
  • Bcl-2-like protein 11
  • FUSION PROTEIN CONSISTING OF Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 homolog
キーワードAPOPTOSIS / Bcl-2 / Mcl-1 / Bim
機能・相同性
機能・相同性情報


dynorphin receptor activity / positive regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / cell fate determination / cellular homeostasis / neuropeptide binding / Bcl-2 family protein complex / mitochondrial fusion / BH domain binding / BH3 domain binding / negative regulation of anoikis ...dynorphin receptor activity / positive regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / cell fate determination / cellular homeostasis / neuropeptide binding / Bcl-2 family protein complex / mitochondrial fusion / BH domain binding / BH3 domain binding / negative regulation of anoikis / protein transmembrane transporter activity / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / neuropeptide signaling pathway / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / sensory perception of pain / release of cytochrome c from mitochondria / negative regulation of autophagy / response to cytokine / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / channel activity / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / regulation of apoptotic process / mitochondrial outer membrane / cell differentiation / protein dimerization activity / neuron projection / positive regulation of apoptotic process / protein heterodimerization activity / DNA damage response / protein-containing complex binding / negative regulation of apoptotic process / mitochondrion / nucleoplasm / membrane / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Kappa opioid receptor / Opioid receptor / Apoptosis regulator, Mcl-1 / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site ...Kappa opioid receptor / Opioid receptor / Apoptosis regulator, Mcl-1 / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / Bcl-2-like superfamily / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Kappa-type opioid receptor / Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 homolog / Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Czabotar, P.E. / Colman, P.M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2007
タイトル: Structural insights into the degradation of Mcl-1 induced by BH3 domains.
著者: Czabotar, P.E. / Lee, E.F. / van Delft, M.F. / Day, C.L. / Smith, B.J. / Huang, D.C. / Fairlie, W.D. / Hinds, M.G. / Colman, P.M.
履歴
登録2006年10月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年6月14日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
改定 1.42023年12月27日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FUSION PROTEIN CONSISTING OF Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 homolog
B: Bcl-2-like protein 11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,67810
ポリマ－21,1852
非ポリマー4938
水3,621201
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2550 Å2
ΔGint-162 kcal/mol
Surface area8700 Å2
手法PISA, PQS
2
A: FUSION PROTEIN CONSISTING OF Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 homolog
B: Bcl-2-like protein 11
ヘテロ分子

A: FUSION PROTEIN CONSISTING OF Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 homolog
B: Bcl-2-like protein 11
ヘテロ分子

A: FUSION PROTEIN CONSISTING OF Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 homolog
B: Bcl-2-like protein 11
ヘテロ分子

A: FUSION PROTEIN CONSISTING OF Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 homolog
B: Bcl-2-like protein 11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,71240
ポリマ－84,7388
非ポリマー1,97332
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation3_656-x+1,y,-z+11
crystal symmetry operation4_556x,-y,-z+11
Buried area15130 Å2
ΔGint-1121 kcal/mol
Surface area30490 Å2
手法PISA
3
A: FUSION PROTEIN CONSISTING OF Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 homolog
ヘテロ分子

A: FUSION PROTEIN CONSISTING OF Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 homolog
ヘテロ分子

A: FUSION PROTEIN CONSISTING OF Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 homolog
ヘテロ分子

A: FUSION PROTEIN CONSISTING OF Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 homolog
ヘテロ分子

B: Bcl-2-like protein 11
ヘテロ分子

B: Bcl-2-like protein 11
ヘテロ分子

B: Bcl-2-like protein 11
ヘテロ分子

B: Bcl-2-like protein 11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,71240
ポリマ－84,7388
非ポリマー1,97332
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation3_656-x+1,y,-z+11
crystal symmetry operation4_556x,-y,-z+11
crystal symmetry operation5_545x+1/2,y-1/2,z+1/21
crystal symmetry operation6_555-x+1/2,-y+1/2,z+1/21
crystal symmetry operation7_545-x+1/2,y-1/2,-z+1/21
crystal symmetry operation8_555x+1/2,-y+1/2,-z+1/21
Buried area9840 Å2
ΔGint-1004 kcal/mol
Surface area35780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.380, 70.080, 117.180
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2001-

CL

21A-2040-

HOH

31A-2115-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 FUSION PROTEIN CONSISTING OF Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 homolog


分子量: 17909.926 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 171-208 and residues 209-327 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: Mcl1 / プラスミド: pGEX-6P3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P97287, UniProt: Q07820
#2: タンパク質・ペプチド Bcl-2-like protein 11 / Bcl2-interacting mediator of cell death


分子量: 3274.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O43521
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 201 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.53 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.75
詳細: 0.2M zinc acetate, 0.2M imidazole, 2mM TCEP, pH 5.75, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9791, 0.9792, 0.9715
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月8日 / 詳細: monochrometer
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double crystal sagittal focusing monochrometer
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97911
20.97921
30.97151
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 29809 / % possible obs: 85.1 % / 冗長度: 10.9 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 160.5
反射 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / Rmerge(I) obs: 0.503 / Num. unique all: 976 / % possible all: 28.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELXEモデル構築
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.55→34.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 2.279 / SU ML: 0.044 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.078 / ESU R Free: 0.08 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.203 1469 5.1 %RANDOM
Rwork0.173 ---
obs0.174 28898 91.11 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.336 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.53 Å20 Å20 Å2
2---0.14 Å20 Å2
3---0.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→34.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1349 0 8 201 1558
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0221422
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3861.9391928
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.4075180
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.73622.76376
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.50515260
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.3171517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2211
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021089
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2130.2830
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.320.21026
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1570.2167
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0440.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.230.239
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2170.233
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.0430.25
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0611.5863
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.60421357
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4913635
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.594.5562
LS精密化 シェル解像度: 1.55→1.59 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.271 52 -
Rwork0.286 1046 -
obs-1098 47.1 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 21.1054 Å / Origin y: 14.634 Å / Origin z: 41.2183 Å
111213212223313233
T-0.019 Å20.0218 Å20.0046 Å2--0.0556 Å2-0.0139 Å2---0.0338 Å2
L1.5437 °20.1293 °20.3883 °2-1.1915 °2-0.2469 °2--1.4584 °2
S-0.0281 Å °-0.1429 Å °0.1107 Å °0.1842 Å °-0.0008 Å °0.0233 Å °-0.2472 Å °-0.0717 Å °0.029 Å °
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Refine TLS-ID: 1 / Selection: ALL

IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1AA172 - 3222 - 152
2BB53 - 753 - 25

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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