[日本語] English
万見
- PDB-2n8f: Chemical shift assignments and structure calculation of spider to... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2n8f
タイトルChemical shift assignments and structure calculation of spider toxin pi-hexatoxin-Hi1a
要素spider toxin pi-hexatoxin-Hi1a
キーワードTOXIN / Spider toxin / Inhibitor cystine knot / double knot toxin / ASIC1a antagonist / Ion channel modulator
機能・相同性toxin activity / extracellular region / Pi-hexatoxin-Hi1a
機能・相同性情報
生物種Hadronyche infensa (クモ)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Chin, Y.K.-Y. / Pineda, S.S. / Mobli, M. / King, G.F.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Potent neuroprotection after stroke afforded by a double-knot spider-venom peptide that inhibits acid-sensing ion channel 1a.
著者: Chassagnon, I.R. / McCarthy, C.A. / Chin, Y.K. / Pineda, S.S. / Keramidas, A. / Mobli, M. / Pham, V. / De Silva, T.M. / Lynch, J.W. / Widdop, R.E. / Rash, L.D. / King, G.F.
履歴
登録2015年10月13日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: spider toxin pi-hexatoxin-Hi1a


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,7501
ポリマ－8,7501
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 30structures with best stereochemical properties
代表モデルモデル #1best stereochemical properties

-
要素

#1: タンパク質 spider toxin pi-hexatoxin-Hi1a


分子量: 8750.200 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hadronyche infensa (クモ) / プラスミド: pLICC vector / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: A0A1L1QJU3*PLUS

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D 1H-13C NOESY aliphatic
1313D 1H-13C NOESY aromatic
1413D HNCO
1513D HN(CA)CB
1613D CBCA(CO)NH
1713D HBHA(CO)NH
1813D 1H-15N NOESY

-
試料調製

詳細内容: 300 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] hi1a, 10 uM DSS, 0.02 % sodium azide, 20 mM MES, 95% H2O/5% D2O
溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
300 uMhi1a-1[U-99% 13C; U-99% 15N]1
10 uMDSS-21
0.02 %sodium azide-31
20 mMMES-41
試料状態pH: 6.0 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance II+ / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE II / 磁場強度: 900 MHz

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin3.2Bruker Biospincollection
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxdihedral angle prediction
SparkyGoddardchemical shift assignment
SparkyGoddardpeak picking
XEASYBartels et al.chemical shift assignment
XEASYBartels et al.peak picking
Rowland_NMR_ToolkitHoch JCprocessing nus data
Rowland_NMR_ToolkitHoch JC解析
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrichchemical shift assignment
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: best stereochemical properties
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with best stereochemical properties
計算したコンフォーマーの数: 30 / 登録したコンフォーマーの数: 20

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る