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万見
- PDB-2n7h: Hybrid structure of the Type 1 Pilus of Uropathogenic E.coli -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2n7h
タイトルHybrid structure of the Type 1 Pilus of Uropathogenic E.coli
要素FimA
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


cell adhesion involved in single-species biofilm formation / pilus / cell adhesion / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Fimbrial-type adhesion domain / Fimbrial protein / : / Fimbrial-type adhesion domain superfamily / Adhesion domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Type-1 fimbrial protein, A chain / FimA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法個体NMR / torsion angle dynamics
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Habenstein, B. / Loquet, A. / Giller, K. / Vasa, S. / Becker, S. / Habeck, M. / Lange, A.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2015
タイトル: Hybrid Structure of the Type 1 Pilus of Uropathogenic Escherichia coli.
著者: Habenstein, B. / Loquet, A. / Hwang, S. / Giller, K. / Vasa, S.K. / Becker, S. / Habeck, M. / Lange, A.
履歴
登録2015年9月11日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2015年10月7日ID: 2MX3
改定 1.12015年10月7日Group: Advisory
改定 1.22015年10月14日Group: Database references
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FimA
B: FimA
C: FimA
D: FimA
E: FimA
F: FimA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,7996
ポリマ－95,7996
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 1100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質
FimA / Fimbrial protein / Type-1 fimbrial protein subunit A / Type-1 fimbrial protein / A chain


分子量: 15966.440 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: fimA, JW4277, PGD_03541, pilA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q547G4, UniProt: P04128*PLUS
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 個体NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111NCACB 2D
121N(CO)CACB 3D
131NCACB 3D
141NCOCA 3D
151CANCO 3D
161NCACO 3D
171NCACO 2D
181N(CO)CACB 2D
191NCOCA 2D
1101NCO 2D
1111NCA 2D
1121CC PDSD
1132CC PDSD
1142CC PDSD

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
180-90 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] FimA, 10 mM sodium phosphate pH 7.010 mM sodium phosphate
280-90 uM 2-glycerol 13C; U-100% 15N FimA, 10 mM sodium phosphate pH 7.010 mM sodium phosphate
試料
濃度 (mg/ml)単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
uMFimA-1[U-100% 13C; U-100% 15N]80-901
10 mMsodium phosphate-21
uMFimA-32-glycerol 13C; U-100% 15N80-902
10 mMsodium phosphate-42
試料状態pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 280 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE8501
Bruker AvanceBrukerAVANCE6002

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解析

NMR software
名称開発者分類
CcpNmr AnalysisCCPNchemical shift assignment
ISDRieping, Nilges, Habeck精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 1100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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