PDB-2n5b: Structures of the OXIDIZED state of the mutant D24A of yeast thio...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2n5b

タイトル

Structures of the OXIDIZED state of the mutant D24A of yeast thioredoxin 1

要素

Thioredoxin-1

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Redox Catalytic Activity / Water Cavity / Protein Hydration

機能・相同性

機能・相同性情報

membrane fusion priming complex / TP53 Regulates Metabolic Genes / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / The NLRP3 inflammasome / vacuole fusion, non-autophagic / vacuole inheritance / Detoxification of Reactive Oxygen Species / disulfide oxidoreductase activity / fungal-type vacuole / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)

手法

溶液NMR / simulated annealing

Model details

lowest energy, model1

データ登録者

Iqbal, A. / Moraes, A.H. / Valente, A.P. / Almeida, F.C.L.

引用

ジャーナル: J.Biomol.Nmr / 年: 2015
タイトル: Structures of the reduced and oxidized state of the mutant D24A of yeast thioredoxin 1: insights into the mechanism for the closing of the water cavity.
著者: Iqbal, A. / Moraes, A.H. / Valente, A.P. / Almeida, F.C.

履歴

登録	2015年7月13日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年10月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年3月2日	Group: Database references
改定 1.2	2023年6月14日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.3	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2n5b.cif.gz	609 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2n5b.ent.gz	508.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2n5b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n5/2n5b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n5/2n5b	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2n5aC 3f3q C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2uzc-4 4oo4-1 1eh2-d 2bf3-1 4pok-1 2pal-d 3e0z-3 2v2k-2 1a75-1 2fa4-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 25703

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#108 - 2008年12月 Hsp90 (Hsp90) 類似性 (1) #36 - 2002年12月シトクロムc (Cytochrome c) 類似性 (1) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (4) #91 - 2007年7月チミン２量体 (Thymine Dimers) 類似性 (4) #70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Thioredoxin-1

11.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 400	lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	Thioredoxin-1 / Thioredoxin I / TR-I / Thioredoxin-2 分子量: 11200.922 Da / 分子数: 1 / 変異: D24A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: TRX1, TRX2, YLR043C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P22217
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-15N HSQC
1	2	1	2D 1H-13C HSQC aliphatic
1	3	1	2D 1H-13C HSQC aromatic
1	4	1	3D (H)CCH-TOCSY
1	5	1	3D (H)CCH-COSY
1	6	1	3D CBCA(CO)NH
1	7	1	3D HNCO
1	8	1	3D HN(CA)CB
1	9	1	3D HBHA(CO)NH
1	10	1	3D 1H-13C NOESY
1	11	1	3D 1H-15N NOESY
1	12	1	3D 1H-13C NOESY aromatic

NMR実験の詳細

Text: TORSION ANGLE SIMULATED ANNEALING

-
試料調製

詳細	内容: 850 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] yTrx1D24A, 90% H2O/10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料	濃度: 850 uM / 構成要素: yTrx1D24A-1 / Isotopic labeling: [U-100% 13C; U-100% 15N]
試料状態	イオン強度: 0.02 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
ARIA	2.3	Linge, O'Donoghue and Nilges	構造決定
ARIA	2.3	Linge, O'Donoghue and Nilges	精密化
CNS		Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read	構造決定
CNS		Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read	精密化

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1

NMR constraints

NOE constraints total: 1272 / NOE intraresidue total count: 502 / NOE long range total count: 197 / NOE medium range total count: 60 / NOE sequential total count: 261 / Protein phi angle constraints total count: 85 / Protein psi angle constraints total count: 85

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: lowest energy / 計算したコンフォーマーの数: 400 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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