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- PDB-2n55: Structure of constitutively monomeric CXCL12 in complex with the ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2n55
タイトルStructure of constitutively monomeric CXCL12 in complex with the CXCR4 N-terminus
要素
  • C-X-C chemokine receptor type 4
  • Stromal cell-derived factor 1
キーワードCYTOKINE/Signaling Protein / CXL12 / CXCR4 / chemokine / GPCR / SDF1 / CYTOKINE-Signaling Protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


C-X-C motif chemokine 12 receptor activity / telencephalon cell migration / chemokine (C-X-C motif) ligand 12 signaling pathway / negative regulation of leukocyte tethering or rolling / response to ultrasound / positive regulation of macrophage migration inhibitory factor signaling pathway / regulation of actin polymerization or depolymerization / chemokine receptor binding / Specification of primordial germ cells / CXCL12-activated CXCR4 signaling pathway ...C-X-C motif chemokine 12 receptor activity / telencephalon cell migration / chemokine (C-X-C motif) ligand 12 signaling pathway / negative regulation of leukocyte tethering or rolling / response to ultrasound / positive regulation of macrophage migration inhibitory factor signaling pathway / regulation of actin polymerization or depolymerization / chemokine receptor binding / Specification of primordial germ cells / CXCL12-activated CXCR4 signaling pathway / myosin light chain binding / myelin maintenance / CXCR chemokine receptor binding / C-X-C chemokine receptor activity / positive regulation of axon extension involved in axon guidance / positive regulation of vasculature development / positive regulation of dopamine secretion / Signaling by ROBO receptors / regulation of chemotaxis / induction of positive chemotaxis / Formation of definitive endoderm / C-C chemokine receptor activity / integrin activation / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / cellular response to chemokine / chemokine-mediated signaling pathway / C-C chemokine binding / Developmental Lineage of Pancreatic Acinar Cells / positive regulation of monocyte chemotaxis / chemokine activity / Chemokine receptors bind chemokines / blood circulation / anchoring junction / dendritic cell chemotaxis / positive regulation of calcium ion import / cellular response to cytokine stimulus / cell leading edge / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / animal organ regeneration / Binding and entry of HIV virion / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / positive regulation of T cell migration / regulation of cell adhesion / Nuclear signaling by ERBB4 / coreceptor activity / neurogenesis / positive regulation of endothelial cell proliferation / positive regulation of neuron differentiation / positive regulation of cell adhesion / axon guidance / adult locomotory behavior / ubiquitin binding / cell chemotaxis / growth factor activity / calcium-mediated signaling / G protein-coupled receptor activity / defense response / response to peptide hormone / brain development / response to virus / integrin binding / intracellular calcium ion homeostasis / neuron migration / chemotaxis / late endosome / : / actin binding / positive regulation of cold-induced thermogenesis / virus receptor activity / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / cytoplasmic vesicle / G alpha (i) signalling events / Estrogen-dependent gene expression / response to hypoxia / early endosome / lysosome / cell adhesion / immune response / positive regulation of cell migration / G protein-coupled receptor signaling pathway / inflammatory response / signaling receptor binding / external side of plasma membrane / ubiquitin protein ligase binding / apoptotic process / cell surface / signal transduction / protein-containing complex / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CXC chemokine receptor 4 N-terminal domain / CXCR4 Chemokine receptor N terminal / CXC chemokine receptor 4/atypical chemokine receptor 2 / CXC Chemokine domain / Chemokine receptor family / : / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily ...CXC chemokine receptor 4 N-terminal domain / CXCR4 Chemokine receptor N terminal / CXC chemokine receptor 4/atypical chemokine receptor 2 / CXC Chemokine domain / Chemokine receptor family / : / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / G-protein coupled receptors family 1 signature. / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Stromal cell-derived factor 1 / C-X-C chemokine receptor type 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics, molecular dynamics
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Ziarek, J.J. / Peterson, F.C. / Volkman, B.F.
引用ジャーナル: Sci Signal / 年: 2017
タイトル: Structural basis for chemokine recognition by a G protein-coupled receptor and implications for receptor activation.
著者: Ziarek, J.J. / Kleist, A.B. / London, N. / Raveh, B. / Montpas, N. / Bonneterre, J. / St-Onge, G. / DiCosmo-Ponticello, C.J. / Koplinski, C.A. / Roy, I. / Stephens, B. / Thelen, S. / ...著者: Ziarek, J.J. / Kleist, A.B. / London, N. / Raveh, B. / Montpas, N. / Bonneterre, J. / St-Onge, G. / DiCosmo-Ponticello, C.J. / Koplinski, C.A. / Roy, I. / Stephens, B. / Thelen, S. / Veldkamp, C.T. / Coffman, F.D. / Cohen, M.C. / Dwinell, M.B. / Thelen, M. / Peterson, F.C. / Heveker, N. / Volkman, B.F.
履歴
登録2015年7月7日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年5月11日Group: Database references
改定 1.22016年5月25日Group: Database references
改定 1.32017年5月3日Group: Database references
改定 1.42023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年10月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Stromal cell-derived factor 1
B: C-X-C chemokine receptor type 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,6652
ポリマ－12,6652
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3281.2 Å2
ΔGint-10.4 kcal/mol
Surface area7408.4 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Stromal cell-derived factor 1 / SDF-1 / hSDF-1 / C-X-C motif chemokine 12 / Intercrine reduced in hepatomas / IRH / hIRH / Pre-B ...SDF-1 / hSDF-1 / C-X-C motif chemokine 12 / Intercrine reduced in hepatomas / IRH / hIRH / Pre-B cell growth-stimulating factor / PBSF / SDF-1-beta(3-72) / SDF-1-alpha(3-67)


分子量: 8146.680 Da / 分子数: 1 / 変異: L76C, I79C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CXCL12, SDF1, SDF1A, SDF1B / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P48061
#2: タンパク質・ペプチド C-X-C chemokine receptor type 4 / CXC-R4 / CXCR-4 / FB22 / Fusin / HM89 / LCR1 / Leukocyte-derived seven transmembrane domain ...CXC-R4 / CXCR-4 / FB22 / Fusin / HM89 / LCR1 / Leukocyte-derived seven transmembrane domain receptor / LESTR / Lipopolysaccharide-associated protein 3 / LAP-3 / LPS-associated protein 3 / NPYRL / Stromal cell-derived factor 1 receptor / SDF-1 receptor


分子量: 4518.772 Da / 分子数: 1 / 変異: C28A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CXCR4 / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61073
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 1H-15N NOESY
1213D 1H-13C NOESY aliphatic
1313D 1H-13C NOESY aromatic
1423D 1H-15N NOESY
1523D 1H-13C NOESY aliphatic
1623D 1H-13C NOESY aromatic
1713D F1-13C filtered/F3-13C edited NOESY aliphatic
1823D F1-13C filtered/F3-13C edited NOESY aliphatic

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
12 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] protein_1, 25 mM [U-2H] MES, 10 % [U-99% 2H] D2O, 0.02 % sodium azide, 2 mM protein_2, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] protein_2, 25 mM [U-2H] MES, 0.02 % sodium azide, 10 % [U-99% 2H] D2O, 2 mM protein_1, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
2 mMentity_1-1[U-99% 13C; U-99% 15N]1
25 mMMES-2[U-2H]1
10 %D2O-3[U-99% 2H]1
0.02 %sodium azide-41
2 mMentity_2-51
1 mMentity_2-6[U-99% 13C; U-99% 15N]2
25 mMMES-7[U-2H]2
0.02 %sodium azide-82
10 %D2O-9[U-99% 2H]2
2 mMentity_1-102
試料状態イオン強度: 0.02 / pH: 6.8 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
XEASYBartels et al.chemical shift assignment
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
GARANTBartels, Guntert, Billeter and Wuthrichchemical shift assignment
TopSpinBruker Biospincollection
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Cloregeometry optimization
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
X-PLOR NIH精密化
精密化手法: torsion angle dynamics, molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 1533 / NOE intraresidue total count: 365 / NOE long range total count: 486 / NOE medium range total count: 241 / NOE sequential total count: 441 / Protein phi angle constraints total count: 57 / Protein psi angle constraints total count: 52
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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