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- PDB-1faf: NMR STRUCTURE OF THE N-TERMINAL J DOMAIN OF MURINE POLYOMAVIRUS T... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1faf
タイトルNMR STRUCTURE OF THE N-TERMINAL J DOMAIN OF MURINE POLYOMAVIRUS T ANTIGENS.
要素LARGE T ANTIGEN
キーワードVIRAL PROTEIN / J DOMAIN / HPD MOTIF / ANTI-PARALLEL HAIRPIN OF HELICES
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of JAK1 activity / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / DNA 3'-5' helicase / DNA replication origin binding / 3'-5' DNA helicase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / DNA replication / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / hydrolase activity ...symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of JAK1 activity / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / DNA 3'-5' helicase / DNA replication origin binding / 3'-5' DNA helicase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / DNA replication / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / hydrolase activity / host cell nucleus / ATP hydrolysis activity / zinc ion binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
DnaJ domain / Origin of replication binding protein / Large T-antigen (T-ag) origin-binding domain (OBD) profile. / T antigen, Ori-binding / Large T antigen, polyomavirus, C-terminal / Zinc finger, large T-antigen D1-type / Polyomavirus large T antigen C-terminus / Zinc finger large T-antigen (T-ag) D1-type profile. / Zinc finger, large T-antigen D1 domain superfamily / Helicase, superfamily 3, DNA virus ...DnaJ domain / Origin of replication binding protein / Large T-antigen (T-ag) origin-binding domain (OBD) profile. / T antigen, Ori-binding / Large T antigen, polyomavirus, C-terminal / Zinc finger, large T-antigen D1-type / Polyomavirus large T antigen C-terminus / Zinc finger large T-antigen (T-ag) D1-type profile. / Zinc finger, large T-antigen D1 domain superfamily / Helicase, superfamily 3, DNA virus / Superfamily 3 helicase of DNA viruses domain profile. / DnaJ molecular chaperone homology domain / Chaperone J-domain superfamily / DnaJ domain / Helix Hairpins / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Large T antigen / Large T antigen
類似検索 - 構成要素
生物種Murine polyomavirus (ウイルス)
手法溶液NMR / TORSION ANGLE DYNAMICS, SIMULATED ANNEALING IN CARTESIAN SPACE
データ登録者Berjanskii, M.V. / Riley, M.I. / Xie, A. / Semenchenko, V. / Folk, W.R. / Van Doren, S.R.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2000
タイトル: NMR structure of the N-terminal J domain of murine polyomavirus T antigens. Implications for DnaJ-like domains and for mutations of T antigens.
著者: Berjanskii, M.V. / Riley, M.I. / Xie, A. / Semenchenko, V. / Folk, W.R. / Van Doren, S.R.
履歴
登録2000年7月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年11月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LARGE T ANTIGEN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,1761
ポリマ－9,1761
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)47 / 100STRUCTURES WITH FAVORABLE NON-BOND ENERGY,STRUCTURES WITH THE LOWEST ENERGY
代表モデルモデル #12

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要素

#1: タンパク質 LARGE T ANTIGEN


分子量: 9175.588 Da / 分子数: 1 / 断片: N-TERMINAL DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Murine polyomavirus (ウイルス) / 属: Polyomavirus / プラスミド: PET15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03074, UniProt: P03073*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-SEPARATED NOESY- HSQC
121100MS MIXING
1313D 13C-SEPARATED FSCT-HSMQC -NOESY
141100MS MIXING
1513D 13C-SEPARATED NOESY- HMQC
161100MS MIXING
1713D 13C-SEPARATED NOESY- CTHSQC
181200MS MIXING
191HNCA-J
1101HACAHB-COSY
1111HNHB
1121H-D EXCHANGE DETECTED BY 15N HSQC

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試料調製

詳細内容: 1.7 MM PYJ U-15N; 25 MM PHOSPHATE BUFFER, 100MM KCL
試料状態イオン強度: 25mM_PHOSPHATE/100mM_KCL / pH: 6 / 圧: 1 atm / 温度: 303.00 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン分類
XwinNMR1.3構造決定
SYBYL TRIAD6.3構造決定
CNS1構造決定
CNS1精密化
精密化手法: TORSION ANGLE DYNAMICS, SIMULATED ANNEALING IN CARTESIAN SPACE
ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: STRUCTURES WITH FAVORABLE NON-BOND ENERGY,STRUCTURES WITH THE LOWEST ENERGY
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 47

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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