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- PDB-2n54: Solution structure of a disulfide stabilized XCL1 dimer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2n54
タイトルSolution structure of a disulfide stabilized XCL1 dimer
要素Lymphotactin
キーワードCYTOKINE / XCL1 / dimer / Chemokine / metamorphic / GAG-binding / HIV-1 inhibition / Lymphotactin / ATAC
機能・相同性
機能・相同性情報


mature natural killer cell chemotaxis / positive regulation of granzyme A production / negative regulation of T-helper 1 cell activation / positive regulation of immunoglobulin production in mucosal tissue / positive regulation of granzyme B production / positive regulation of thymocyte migration / positive regulation of B cell chemotaxis / negative regulation of T cell cytokine production / negative regulation of T-helper 1 type immune response / positive regulation of transforming growth factor beta production ...mature natural killer cell chemotaxis / positive regulation of granzyme A production / negative regulation of T-helper 1 cell activation / positive regulation of immunoglobulin production in mucosal tissue / positive regulation of granzyme B production / positive regulation of thymocyte migration / positive regulation of B cell chemotaxis / negative regulation of T cell cytokine production / negative regulation of T-helper 1 type immune response / positive regulation of transforming growth factor beta production / positive regulation of natural killer cell chemotaxis / chemokine receptor binding / positive regulation of T-helper 1 cell cytokine production / positive regulation of T cell chemotaxis / CCR chemokine receptor binding / positive regulation of T-helper 2 cell cytokine production / positive regulation of leukocyte chemotaxis / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / chemokine-mediated signaling pathway / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / positive regulation of neutrophil chemotaxis / chemokine activity / Chemokine receptors bind chemokines / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / negative regulation of interleukin-2 production / negative regulation of type II interferon production / positive regulation of interleukin-10 production / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / release of sequestered calcium ion into cytosol / neutrophil chemotaxis / cellular response to interleukin-4 / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / cell chemotaxis / positive regulation of T cell cytokine production / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / response to virus / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / cell-cell signaling / regulation of inflammatory response / G alpha (q) signalling events / positive regulation of cell migration / inflammatory response / negative regulation of DNA-templated transcription / signal transduction / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
C chemokine / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / molecular dynamics
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Tyler, R.C. / Tuinstra, R.L. / Peterson, F.F. / Volkman, B.F.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2015
タイトル: Engineering Metamorphic Chemokine Lymphotactin/XCL1 into the GAG-Binding, HIV-Inhibitory Dimer Conformation.
著者: Fox, J.C. / Tyler, R.C. / Guzzo, C. / Tuinstra, R.L. / Peterson, F.C. / Lusso, P. / Volkman, B.F.
履歴
登録2015年7月7日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月14日Group: Database references
改定 1.22015年12月2日Group: Database references
改定 1.32023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lymphotactin
B: Lymphotactin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7022
ポリマ－20,7022
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1876.9 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area10985.1 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Lymphotactin / ATAC / C motif chemokine 1 / Cytokine SCM-1 / Lymphotaxin / SCM-1-alpha / Small-inducible cytokine ...ATAC / C motif chemokine 1 / Cytokine SCM-1 / Lymphotaxin / SCM-1-alpha / Small-inducible cytokine C1 / XC chemokine ligand 1


分子量: 10350.920 Da / 分子数: 2 / 変異: A57C, A70C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: XCL1, LTN, SCYC1 / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P47992
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 1H-15N NOESY
1213D 1H-13C NOESY aliphatic
1313D 1H-13C NOESY aromatic
1413D F1-13C/F3-13C edited NOESY

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試料調製

詳細内容: 1 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] XCL1, 20 mM potassium phosphate, 0.02 % [U-100% 15N] sodium azide, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMXCL1-1[U-99% 13C; U-99% 15N]1
20 mMpotassium phosphate-21
0.02 %sodium azide-3[U-100% 15N]1
試料状態イオン強度: 0.02 / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 313 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
XEASYBartels et al.データ解析
GARANTBartels, Guntert, Billeter and Wuthrichchemical shift assignment
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxgeometry optimization
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Cloregeometry optimization
X-PLOR NIH精密化
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 1456 / NOE intraresidue total count: 380 / NOE long range total count: 748 / NOE medium range total count: 186 / NOE sequential total count: 142 / Protein phi angle constraints total count: 54 / Protein psi angle constraints total count: 54
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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