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万見
- PDB-2n3b: Structure of oxidized horse heart cytochrome c encapsulated in re... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2n3b
タイトルStructure of oxidized horse heart cytochrome c encapsulated in reverse micelles
要素Cytochrome c
キーワードELECTRON TRANSPORT / reverse micelle / structural water / paramagnetic
機能・相同性
機能・相同性情報


cytochrome c-heme linkage / cytochrome complex / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / apoptotic signaling pathway / mitochondrial intermembrane space / electron transfer activity / lipid binding / heme binding / metal ion binding ...cytochrome c-heme linkage / cytochrome complex / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / apoptotic signaling pathway / mitochondrial intermembrane space / electron transfer activity / lipid binding / heme binding / metal ion binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c, class IA/ IB / Cytochrome c / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / Cytochrome c
類似検索 - 構成要素
生物種Equus caballus (ウマ)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsclosest to the average, model9
データ登録者O'Brien, E.S. / Nucci, N.V. / Fuglestad, B. / Tommos, C. / Wand, A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Defining the Apoptotic Trigger: THE INTERACTION OF CYTOCHROME c AND CARDIOLIPIN.
著者: O'Brien, E.S. / Nucci, N.V. / Fuglestad, B. / Tommos, C. / Wand, A.J.
履歴
登録2015年5月27日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月9日Group: Database references
改定 1.22016年2月3日Group: Database references
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3442
ポリマ－11,7261
非ポリマー6191
水724
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)32 / 1000structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Cytochrome c


分子量: 11725.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Equus caballus (ウマ) / 遺伝子: CYCS, CYC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): (DE3) / 参照: UniProt: P00004
#2: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D HNCA
1413D HN(CO)CA
1513D (H)CCH-TOCSY
1613D H(CCO)NH
1713D C(CO)NH
1813D 1H-15N NOESY
1913D 1H-13C NOESY aliphatic
11014D 1H-15N-13C-1H NOESY
11113D HNCO
11222D 1H-15N HSQC
11322D 1H-13C HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.15 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 1.5 M H2O, 25 mM sodium phosphate, 105 mM 1-decanoyl-rac-glycerol, 45 mM lauryldimethylamine-N-oxide, 8 mM hexanol, 8.67 M [U-99% 2H] pentane, Deuterated pentaneDeuterated pentane
20.15 mM [U-100% 15N] protein, 1.5 M H2O, 25 mM sodium phosphate, 105 mM 1-decanoyl-rac-glycerol, 45 mM lauryldimethylamine-N-oxide, 8 mM hexanol, 8.67 M [U-99% 2H] pentane, Deuterated pentaneDeuterated pentane
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.15 mMentity_1-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
1.5 MH2O-21
25 mMsodium phosphate-31
105 mM1-decanoyl-rac-glycerol-41
45 mMlauryldimethylamine-N-oxide-51
8 mMhexanol-61
8.67 Mpentane-7[U-99% 2H]1
0.15 mMentity_1-15[U-100% 15N]2
1.5 MH2O-162
25 mMsodium phosphate-172
105 mM1-decanoyl-rac-glycerol-182
45 mMlauryldimethylamine-N-oxide-192
8 mMhexanol-202
8.67 Mpentane-21[U-99% 2H]2
試料状態pH: 7.4 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
FelixAccelrys Software Inc.解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
SparkyGoddardpeak picking
SparkyGoddardデータ解析
TopSpinBruker Biospincollection
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 2054 / NOE intraresidue total count: 441 / NOE long range total count: 291 / NOE medium range total count: 280 / NOE sequential total count: 427 / Protein phi angle constraints total count: 72 / Protein psi angle constraints total count: 73
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 1000 / 登録したコンフォーマーの数: 32 / Maximum lower distance constraint violation: 0 Å / Maximum torsion angle constraint violation: 1.917 ° / Maximum upper distance constraint violation: 0.287 Å
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.0302 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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