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- PDB-2n0a: Atomic-resolution structure of alpha-synuclein fibrils -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2n0a
タイトルAtomic-resolution structure of alpha-synuclein fibrils
要素Alpha-synuclein
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Protein Fibril / Amyloid / Parkinson's Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / : / neutral lipid metabolic process / regulation of acyl-CoA biosynthetic process / negative regulation of dopamine uptake involved in synaptic transmission / negative regulation of norepinephrine uptake / positive regulation of SNARE complex assembly / positive regulation of hydrogen peroxide catabolic process / supramolecular fiber / mitochondrial membrane organization ...negative regulation of mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / : / neutral lipid metabolic process / regulation of acyl-CoA biosynthetic process / negative regulation of dopamine uptake involved in synaptic transmission / negative regulation of norepinephrine uptake / positive regulation of SNARE complex assembly / positive regulation of hydrogen peroxide catabolic process / supramolecular fiber / mitochondrial membrane organization / negative regulation of chaperone-mediated autophagy / regulation of synaptic vesicle recycling / regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / negative regulation of platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of protein localization to cell periphery / negative regulation of exocytosis / regulation of glutamate secretion / response to iron(II) ion / SNARE complex assembly / positive regulation of neurotransmitter secretion / dopamine biosynthetic process / regulation of norepinephrine uptake / transporter regulator activity / regulation of locomotion / mitochondrial ATP synthesis coupled electron transport / regulation of macrophage activation / positive regulation of inositol phosphate biosynthetic process / synaptic vesicle priming / negative regulation of microtubule polymerization / synaptic vesicle transport / positive regulation of receptor recycling / dopamine uptake involved in synaptic transmission / protein kinase inhibitor activity / dynein complex binding / regulation of dopamine secretion / negative regulation of thrombin-activated receptor signaling pathway / cuprous ion binding / positive regulation of endocytosis / positive regulation of exocytosis / response to magnesium ion / synaptic vesicle exocytosis / enzyme inhibitor activity / kinesin binding / synaptic vesicle endocytosis / regulation of presynapse assembly / response to type II interferon / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / negative regulation of serotonin uptake / alpha-tubulin binding / supramolecular fiber organization / inclusion body / phospholipid metabolic process / cellular response to copper ion / axon terminus / cellular response to epinephrine stimulus / Hsp70 protein binding / response to interleukin-1 / regulation of microtubule cytoskeleton organization / SNARE binding / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / adult locomotory behavior / negative regulation of protein kinase activity / excitatory postsynaptic potential / fatty acid metabolic process / phosphoprotein binding / protein tetramerization / microglial cell activation / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / synapse organization / ferrous iron binding / protein destabilization / PKR-mediated signaling / phospholipid binding / receptor internalization / tau protein binding / long-term synaptic potentiation / synaptic vesicle membrane / positive regulation of inflammatory response / actin cytoskeleton / actin binding / growth cone / cell cortex / cellular response to oxidative stress / neuron apoptotic process / chemical synaptic transmission / molecular adaptor activity / negative regulation of neuron apoptotic process / response to lipopolysaccharide / histone binding / amyloid fibril formation / lysosome / oxidoreductase activity / postsynapse / transcription cis-regulatory region binding / positive regulation of apoptotic process / Amyloid fiber formation / copper ion binding / response to xenobiotic stimulus / axon / neuronal cell body
類似検索 - 分子機能
Synuclein / Alpha-synuclein / Synuclein
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法個体NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Tuttle, M.D. / Comellas, G. / Nieuwkoop, A.J. / Covell, D.J. / Berthold, D.A. / Kloepper, K.D. / Courtney, J.M. / Kim, J.K. / Schwieters, C.D. / Lee, V.M. ...Tuttle, M.D. / Comellas, G. / Nieuwkoop, A.J. / Covell, D.J. / Berthold, D.A. / Kloepper, K.D. / Courtney, J.M. / Kim, J.K. / Schwieters, C.D. / Lee, V.M. / George, J.M. / Rienstra, C.M.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2016
タイトル: Solid-state NMR structure of a pathogenic fibril of full-length human alpha-synuclein.
著者: Tuttle, M.D. / Comellas, G. / Nieuwkoop, A.J. / Covell, D.J. / Berthold, D.A. / Kloepper, K.D. / Courtney, J.M. / Kim, J.K. / Barclay, A.M. / Kendall, A. / Wan, W. / Stubbs, G. / Schwieters, ...著者: Tuttle, M.D. / Comellas, G. / Nieuwkoop, A.J. / Covell, D.J. / Berthold, D.A. / Kloepper, K.D. / Courtney, J.M. / Kim, J.K. / Barclay, A.M. / Kendall, A. / Wan, W. / Stubbs, G. / Schwieters, C.D. / Lee, V.M. / George, J.M. / Rienstra, C.M.
履歴
登録2015年3月4日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年5月11日Group: Database references
改定 1.22016年5月18日Group: Database references
改定 1.32016年6月1日Group: Structure summary
改定 1.42023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.52024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-synuclein
B: Alpha-synuclein
C: Alpha-synuclein
D: Alpha-synuclein
E: Alpha-synuclein
F: Alpha-synuclein
G: Alpha-synuclein
H: Alpha-synuclein
I: Alpha-synuclein
J: Alpha-synuclein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,76110
ポリマ－144,76110
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area108397.4 Å2
ΔGint30.2 kcal/mol
Surface area53490.2 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 256structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質
Alpha-synuclein / Non-A beta component of AD amyloid / Non-A4 component of amyloid precursor / NACP


分子量: 14476.108 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNCA, NACP, PARK1 / プラスミド: pET28a-AS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P37840

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実験情報

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実験

実験手法: 個体NMR
詳細: Atomic-resolution structure of alpha-synuclein fibrils
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
117Cross Polarization C1D
1213D NCACX
1313D NCOCX
1413D CANCO
1512D CC DARR
1622D CC DARR
1723D NCOCX
1822D NC TEDOR
1922D CC DARR
11022D CC DARR
11123D NCOCX
11232D CC DARR
11333D NCACX
11432D CC DARR
11532D NC TEDOR
11632D CC DARR
11733D NCACX
11842D NC TEDOR
11952D NC TEDOR
12062D CC DARR
12162D ChhC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
166% [U-100% 13C; U-100% 15N] alpha-synuclein, 34% H2O, Rehydrated FibrilRehydrated Fibril
266% [U-100% 13C 1,3-Glycerol; U-100% 15N] alpha-synuclein, 34% H2O, Rehydrated FibrilRehydrated Fibril
366% [U-100% 13C 2-Glycerol; U-100% 15N] alpha-synuclein, 34% H2O, Rehydrated FibrilRehydrated Fibril
466% [U-25% 13C; U-25% 15N] alpha-synuclein, 34% H2O, Rehydrated FibrilRehydrated Fibril
566% [U-25% 13C 1,3-Glycerol; natural abundance N][natural abundance C13, U-50% N15] alpha-synuclein, 34% H2O, Rehydrated FibrilRehydrated Fibril
666% [U-25% 13C 2-Glycerol; natural abundance N][natural abundance C13, U-50% N15] alpha-synuclein, 34% H2O, Rehydrated FibrilRehydrated Fibril
790% Adamantane, 10% KBr, DryDry
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
66 %alpha-synuclein-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
34 %H2O-21
66 %alpha-synuclein-3[U-100% 13C 1,3-Glycerol; U-100% 15N]2
34 %H2O-42
66 %alpha-synuclein-5[U-100% 13C 2-Glycerol; U-100% 15N]3
34 %H2O-63
66 %alpha-synuclein-7[U-25% 13C; U-25% 15N]4
34 %H2O-84
66 %alpha-synuclein-9[U-25% 13C 1,3-Glycerol; natural abundance N][natural abundance C13, U-50% N15]5
34 %H2O-105
66 %alpha-synuclein-11[U-25% 13C 2-Glycerol; natural abundance N][natural abundance C13, U-50% N15]6
34 %H2O-126
90 %Adamantane-137
10 %KBr-147
試料状態pH: 7 / 圧: ambient / Temperature units: K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Agilent VNMRSAgilentVNMRS7501
Agilent InfinityPlusAgilentInfinityPlus6002
Agilent VNMRSAgilentVNMRS5003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR NIH2.33.4Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Cloregeometry optimization
X-PLOR NIH2.33.4Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
X-PLOR NIH2.33.4Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
精密化手法: DGSA-distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsProtein chi angle constraints total count: 0 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 450 / Protein psi angle constraints total count: 450
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルAverage torsion angle constraint violation: 0 °
コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 256 / 登録したコンフォーマーの数: 1 / Maximum lower distance constraint violation: 0 Å / Maximum torsion angle constraint violation: 0 ° / Maximum upper distance constraint violation: 0 Å / 代表コンフォーマー: 1 / Torsion angle constraint violation method: Degrees
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0 Å / Distance rms dev error: 0 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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