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- PDB-2mxy: Solution structure of hnRNP C RRM in complex with 5'-AUUUUUC-3' RNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mxy
タイトルSolution structure of hnRNP C RRM in complex with 5'-AUUUUUC-3' RNA
要素
  • 5'-R(*AP*UP*UP*UP*UP*UP*C)-3'
  • Heterogeneous nuclear ribonucleoproteins C1/C2
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / hnRNP C / RRM / complex / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


N6-methyladenosine-containing RNA reader activity / telomerase RNA binding / SUMOylation of RNA binding proteins / telomerase holoenzyme complex / poly(U) RNA binding / RHOBTB1 GTPase cycle / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / negative regulation of telomere maintenance via telomerase / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RHOBTB2 GTPase cycle ...N6-methyladenosine-containing RNA reader activity / telomerase RNA binding / SUMOylation of RNA binding proteins / telomerase holoenzyme complex / poly(U) RNA binding / RHOBTB1 GTPase cycle / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / negative regulation of telomere maintenance via telomerase / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RHOBTB2 GTPase cycle / nucleosomal DNA binding / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / mRNA 3'-UTR binding / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / osteoblast differentiation / actin cytoskeleton / chromatin remodeling / chromatin / protein-containing complex / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein C / : / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits ...Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein C / : / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / Heterogeneous nuclear ribonucleoproteins C1/C2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法溶液NMR / simulated annealing, torsion angle dynamics
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Cienikova, Z. / Damberger, F.F. / Hall, J. / Allain, F.H.-T. / Maris, C.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2014
タイトル: Structural and mechanistic insights into poly(uridine) tract recognition by the hnRNP C RNA recognition motif.
著者: Cienikova, Z. / Damberger, F.F. / Hall, J. / Allain, F.H. / Maris, C.
履歴
登録2015年1月19日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年2月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heterogeneous nuclear ribonucleoproteins C1/C2
B: 5'-R(*AP*UP*UP*UP*UP*UP*C)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,4122
ポリマ－13,4122
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 50structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Heterogeneous nuclear ribonucleoproteins C1/C2 / hnRNP C1/C2 / hnRNP_C


分子量: 11291.922 Da / 分子数: 1 / 断片: RRM (UNP residues 2-106) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HNRNPC, HNRPC / プラスミド: pTYB11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07910
#2: RNA鎖 5'-R(*AP*UP*UP*UP*UP*UP*C)-3'


分子量: 2120.259 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1223D HN(CA)CB
1323D HNCO
1413D 1H-15N NOESY
1533D (H)CCH-TOCSY
1623D 1H-13C NOESY aliphatic
1743D 1H-13C edited-filtered NOESY
1833D 1H-13C edited-filtered NOESY
1942D 1H-13C HSQC
11012D 1H-1H NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.0 mM [U-100% 15N] hnRNP C, 1.0 mM 5'-R(*AP*UP*UP*UP*UP*UP*C)-3', 20 mM sodium phosphate, 10 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] hnRNP C, 1.0 mM 5'-R(*AP*UP*UP*UP*UP*UP*C)-3', 20 mM sodium phosphate, 10 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
31.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] hnRNP C, 1.0 mM 5'-R(*AP*UP*UP*UP*UP*UP*C)-3', 20 mM sodium phosphate, 10 mM sodium chloride, 100% D2O100% D2O
40.5-1.0 mM [U-100% 15N] hnRNP C, 0.5-1.0 mM [100% 13C5]-Ura 5'-R(*AP*UP*UP*UP*UP*UP*C)-3', 20 mM sodium phosphate, 10 mM sodium chloride, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
1.0 mMhnRNP C-1[U-100% 15N]1
1.0 mM5'-R(*AP*UP*UP*UP*UP*UP*C)-3'-21
20 mMsodium phosphate-31
10 mMsodium chloride-41
1.0 mMhnRNP C-5[U-100% 13C; U-100% 15N]2
1.0 mM5'-R(*AP*UP*UP*UP*UP*UP*C)-3'-62
20 mMsodium phosphate-72
10 mMsodium chloride-82
1.0 mMhnRNP C-9[U-100% 13C; U-100% 15N]3
1.0 mM5'-R(*AP*UP*UP*UP*UP*UP*C)-3'-103
20 mMsodium phosphate-113
10 mMsodium chloride-123
mMhnRNP C-13[U-100% 15N]0.5-1.04
mM5'-R(*AP*UP*UP*UP*UP*UP*C)-3'-14[100% 13C5]-Ura0.5-1.04
20 mMsodium phosphate-154
10 mMsodium chloride-164
試料状態イオン強度: 0.04 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE9001
Bruker AVIIIBrukerAVIII6002
Bruker AVIIIBrukerAVIII7003
Bruker AVIIIBrukerAVIII5004
Bruker AVIIIBrukerAVIII7505

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Amber9Case, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: simulated annealing, torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1 / 詳細: ff99SB force-field
NMR constraintsNA alpha-angle constraints total count: 0 / NA beta-angle constraints total count: 0 / NA chi-angle constraints total count: 0 / NA delta-angle constraints total count: 6 / NA epsilon-angle constraints total count: 0 / NA gamma-angle constraints total count: 0 / NA other-angle constraints total count: 0 / NA sugar pucker constraints total count: 0 / NOE constraints total: 2952 / NOE intraresidue total count: 524 / NOE long range total count: 1014 / NOE medium range total count: 659 / NOE sequential total count: 755 / Hydrogen bond constraints total count: 44
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum torsion angle constraint violation: 0.17 ° / Maximum upper distance constraint violation: 0.41 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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