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- PDB-2mxf: Structure of the DNA complex of the C-Terminal domain of MvaT -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mxf
タイトルStructure of the DNA complex of the C-Terminal domain of MvaT
要素
  • 5'-D(*CP*GP*CP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*GP*CP*G)-3'
  • MvaT
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR/DNA / TRANSCRIPTION REGULATOR-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of single-species biofilm formation on inanimate substrate / negative regulation of secondary metabolite biosynthetic process / DNA-binding transcription activator activity / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / positive regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
MvaT, DNA-binding domain / Bacterial xenogeneic silencer MvaT, C-terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / MvaT
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Ding, P. / Xia, B.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2015
タイトル: A Novel AT-Rich DNA Recognition Mechanism for Bacterial Xenogeneic Silencer MvaT.
著者: Ding, P. / McFarland, K.A. / Jin, S. / Tong, G. / Duan, B. / Yang, A. / Hughes, T.R. / Liu, J. / Dove, S.L. / Navarre, W.W. / Xia, B.
履歴
登録2014年12月30日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MvaT
B: 5'-D(*CP*GP*CP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*GP*CP*G)-3'
C: 5'-D(*CP*GP*CP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*GP*CP*G)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7853
ポリマ－13,7853
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2848 Å2
ΔGint-5.2 kcal/mol
Surface area6575 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 MvaT / Transcriptional regulator MvaT / P16 subunit


分子量: 6460.413 Da / 分子数: 1 / 断片: C-Terminal domain (UNP residues 77-124) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: PAO1 / 遺伝子: mvaT, PA4315 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HW86
#2: DNA鎖 5'-D(*CP*GP*CP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*GP*CP*G)-3'


分子量: 3662.404 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D (H)CCH-TOCSY
1313D (H)CCH-COSY
1413D 1H-15N NOESY
1513D 1H-13C NOESY
1612D 1H-1H NOESY
1712D 1H-1H TOCSY

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試料調製

詳細内容: 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] MvaT, 50 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 1 mM DNA (5'-D(*CP*GP*CP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*GP*CP*G)-3'), 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMMvaT-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
50 mMsodium phosphate-21
50 mMsodium chloride-31
1 mMDNA (5'-D(*CP*GP*CP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*GP*CP*G)-3')-41
試料状態イオン強度: 0.1 / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE8001
Bruker AvanceBrukerAVANCE6002

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解析

NMR software名称: Amber
開発者: Case, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman
分類: 精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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