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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2mxf | ||||||
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タイトル | Structure of the DNA complex of the C-Terminal domain of MvaT | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION REGULATOR/DNA / TRANSCRIPTION REGULATOR-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of single-species biofilm formation on inanimate substrate / negative regulation of secondary metabolite biosynthetic process / DNA-binding transcription activator activity / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / positive regulation of DNA-templated transcription 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
Model details | lowest energy, model1 | ||||||
データ登録者 | Ding, P. / Xia, B. | ||||||
引用 | ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2015 タイトル: A Novel AT-Rich DNA Recognition Mechanism for Bacterial Xenogeneic Silencer MvaT. 著者: Ding, P. / McFarland, K.A. / Jin, S. / Tong, G. / Duan, B. / Yang, A. / Hughes, T.R. / Liu, J. / Dove, S.L. / Navarre, W.W. / Xia, B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2mxf.cif.gz | 605.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2mxf.ent.gz | 500.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2mxf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2mxf_validation.pdf.gz | 425.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2mxf_full_validation.pdf.gz | 690.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2mxf_validation.xml.gz | 25.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2mxf_validation.cif.gz | 46.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mx/2mxf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mx/2mxf | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 6460.413 Da / 分子数: 1 / 断片: C-Terminal domain (UNP residues 77-124) / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) 株: PAO1 / 遺伝子: mvaT, PA4315 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HW86 |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 3662.404 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | 内容: 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] MvaT, 50 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 1 mM DNA (5'-D(*CP*GP*CP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*GP*CP*G)-3'), 90% H2O/10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O | ||||||||||||||||||||
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: 0.1 / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software | 名称: Amber 開発者: Case, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman 分類: 精密化 |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 |
代表構造 | 選択基準: lowest energy |
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |