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万見
- PDB-2mxa: Solution structure of the NDH-1 complex subunit CupS from Thermos... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mxa
タイトルSolution structure of the NDH-1 complex subunit CupS from Thermosynechococcus elongatus
要素NDH-1 complex sensory subunit CupS
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Bioenergetics-electron transfer complex / Cyanobacteria / NDH-1 complex
機能・相同性: / Fasciclin domain / Four repeated domains in the Fasciclin I family of proteins, present in many other contexts. / FAS1 domain / FAS1 domain superfamily / FAS1/BIgH3 domain profile. / extracellular space / Tll0220 protein
機能・相同性情報
生物種Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
Model detailslowest energy, model5
データ登録者Korste, A. / Wulfhorst, H. / Ikegami, T. / Nowaczyk, M.M. / Stoll, R.
引用ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2015
タイトル: Solution structure of the NDH-1 complex subunit CupS from Thermosynechococcus elongatus.
著者: Korste, A. / Wulfhorst, H. / Ikegami, T. / Nowaczyk, M.M. / Stoll, R.
履歴
登録2014年12月17日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月26日Group: Database references
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NDH-1 complex sensory subunit CupS


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9851
ポリマ－16,9851
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 40structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 NDH-1 complex sensory subunit CupS


分子量: 16985.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
遺伝子: CupS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8DMA1

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC/HMQC
1212D 1H-13C HSQC/HMQC
1313D HN(CA)CB
1413D CBCA(CO)NH
1513D 1H-15N NOESY
1613D HBHA(CO)NH
1713D H(CCO)NH
1813D C(CO)NH
1913D HNCO
11013D (H)CCH-TOCSY
11113D (H)CCH-COSY
11213D 1H-13C NOESY aliphatic
11313D 1H-13C NOESY aromatic

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試料調製

詳細内容: 0.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] CupS, 50 mM Tris, 50 mM NaCl, 10 mM [U-2H] DTT, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMCupS-1[U-99% 13C; U-99% 15N]1
50 mMTris-21
50 mMNaCl-31
10 mMDTT-4[U-2H]1
試料状態pH: 8 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE9501
Bruker DRXBrukerDRX5002
Bruker DRXBrukerDRX6003
Bruker AvanceBrukerAVANCE8004

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CcpNmr Analysis2.2CCPNspectrum analysis
NMRDrawanyDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxspectrum display
NMRPipeanyDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxspectrum processing
NMRPipeanyDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax構造決定
NMRPipeanyLinge, O'Donoghue and Nilgesspectrum processing
NMRPipeanyLinge, O'Donoghue and Nilges構造決定
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
TALOSCornilescu, Delaglio and Bax構造決定
TALOSLinge, O'Donoghue and Nilgesデータ解析
TALOSLinge, O'Donoghue and Nilges構造決定
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
TALOSCornilescu, Delaglio and Bax構造決定
TALOSLinge, O'Donoghue and Nilgesデータ解析
TALOSLinge, O'Donoghue and Nilges構造決定
ARIA精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1 / 詳細: including water refinement
NMR constraintsNOE constraints total: 2089 / NOE intraresidue total count: 929 / NOE long range total count: 431 / NOE medium range total count: 281 / NOE sequential total count: 448
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 40 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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