PDB-2mx2: UBX-L domain of VCIP135

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2mx2

タイトル

UBX-L domain of VCIP135

要素

Deubiquitinating protein VCIP135

キーワード

HYDROLASE / UBX domain / mitosis / Golgi

機能・相同性

機能・相同性情報

Ovarian tumor domain proteases / endoplasmic reticulum membrane fusion / protein K11-linked deubiquitination / Golgi reassembly / protein K48-linked deubiquitination / Golgi stack / protein-DNA covalent cross-linking repair / regulation of protein localization to chromatin / Golgi organization / protein deubiquitination ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

溶液NMR / simulated annealing

Model details

fewest violations, model1

データ登録者

Iwazu, T. / Murayama, S. / Igarashi, R. / Hrioaki, H. / Shirakawa, M. / Tochio, H.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure and interaction mode of the UBX-L domain of VCIP135 determined by solution NMR spectroscopy
著者: Iwazu, T. / Murayama, S. / Igarashi, R. / Hrioaki, H. / Shirakawa, M. / Tochio, H.

履歴

登録	2014年12月7日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年7月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2024年5月1日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conf / struct_mon_prot_cis / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_sheet_range Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_seq_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _entity_name_com.name / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_mon_prot_cis.label_seq_id / _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 / _struct_ref_seq.seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_end / _struct_sheet_range.beg_label_seq_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2mx2.cif.gz	514 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2mx2.ent.gz	430.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2mx2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mx/2mx2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mx/2mx2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1pdr-d 6qjl-2 6qjg-4 6qjg-3 4hbm-4 6mc4-1 1hxr-1 3i4w-2 3pa6-3 2kg6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 25382

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Deubiquitinating protein VCIP135

9.82 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 200	structures with the least restraint violations
代表モデル	モデル #1	fewest violations

#1: タンパク質	Deubiquitinating protein VCIP135 / Valosin-containing protein p97/p47 complex-interacting protein 1 / Valosin-containing protein ...Valosin-containing protein p97/p47 complex-interacting protein 1 / Valosin-containing protein p97/p47 complex-interacting protein p135 / VCP/p47 complex-interacting 135-kDa protein / Deubiquitinating protein VCPIP1 分子量: 9816.275 Da / 分子数: 1 / 断片: UBX-L domain, UNP residues 772-852 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Vcpip1, Vcip135 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8CF97, ubiquitinyl hydrolase 1

#1: タンパク質

Deubiquitinating protein VCIP135 / Valosin-containing protein p97/p47 complex-interacting protein 1 / Valosin-containing protein ...

分子量: 9816.275 Da / 分子数: 1 / 断片: UBX-L domain, UNP residues 772-852 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Vcpip1, Vcip135 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8CF97, ubiquitinyl hydrolase 1

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-15N HSQC
1	2	1	3D CBCA(CO)NH
1	3	1	3D HN(CA)CB
1	4	1	3D HNCA
1	5	1	3D HN(CO)CA
1	6	1	3D (H)CCH-TOCSY
1	7	1	3D 1H-15N NOESY
1	8	1	3D 1H-13C NOESY
1	9	1	3D (H)CCH-COSY
1	10	1	2D 1H-13C HSQC
1	11	1	2D 1H-13C HSQC aliphatic

-
試料調製

詳細	内容: 1.86 mM [U-13C; U-15N] VCIP135 UBX-1, 90% H2O/10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料	濃度: 1.86 mM / 構成要素: VCIP135 UBX-1 / Isotopic labeling: [U-13C; U-15N]
試料状態	イオン強度: 50 / pH: 7.4 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker DRX	Bruker	DRX	700	1
Bruker DPX	Bruker	DPX	600	2

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
CYANA	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	構造決定
CYANA	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	精密化
CNS	BRUNGER, ADAMS, CLORE, GROS, NILGES AND READ	精密化

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: fewest violations

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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