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- PDB-2mwn: Talin-F3 / RIAM N-terminal Peptide complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mwn
タイトルTalin-F3 / RIAM N-terminal Peptide complex
要素
  • Amyloid beta A4 precursor protein-binding family B member 1-interacting protein
  • Talin-1
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN/SIGNALING PROTEIN / RIAM / Talin / Integrin / STRUCTURAL PROTEIN-SIGNALING PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / LIM domain binding / vinculin binding / XBP1(S) activates chaperone genes / SEMA3A-Plexin repulsion signaling by inhibiting Integrin adhesion / integrin activation / cell-substrate junction assembly / cell-cell junction assembly / cortical actin cytoskeleton organization / T cell receptor complex ...T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / LIM domain binding / vinculin binding / XBP1(S) activates chaperone genes / SEMA3A-Plexin repulsion signaling by inhibiting Integrin adhesion / integrin activation / cell-substrate junction assembly / cell-cell junction assembly / cortical actin cytoskeleton organization / T cell receptor complex / regulation of focal adhesion assembly / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / phosphatidylserine binding / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / positive regulation of cell adhesion / Smooth Muscle Contraction / ruffle / Integrin signaling / phosphatidylinositol binding / integrin-mediated signaling pathway / adherens junction / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / structural constituent of cytoskeleton / platelet aggregation / cell-cell adhesion / ruffle membrane / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / actin filament binding / integrin binding / Platelet degranulation / lamellipodium / cytoskeleton / cadherin binding / focal adhesion / cell surface / signal transduction / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
GRB/APBB1IP / APBB1IP, PH domain / : / Talin, R4 domain / Vinculin-binding site-containing domain / Talin, central / Talin, N-terminal F0 domain / Talin, central domain superfamily / Talin-1/2, rod-segment / Vinculin Binding Site ...GRB/APBB1IP / APBB1IP, PH domain / : / Talin, R4 domain / Vinculin-binding site-containing domain / Talin, central / Talin, N-terminal F0 domain / Talin, central domain superfamily / Talin-1/2, rod-segment / Vinculin Binding Site / Talin, middle domain / N-terminal or F0 domain of Talin-head FERM / I/LWEQ domain / I/LWEQ domain superfamily / I/LWEQ domain / I/LWEQ domain profile. / I/LWEQ domain / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Phosphotyrosine-binding domain / Ras-associating (RA) domain profile. / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras-associating (RA) domain / Alpha-catenin/vinculin-like superfamily / FERM domain signature 1. / FERM conserved site / FERM domain signature 2. / FERM central domain / FERM/acyl-CoA-binding protein superfamily / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / FERM central domain / FERM superfamily, second domain / FERM domain / FERM domain profile. / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Amyloid beta A4 precursor protein-binding family B member 1-interacting protein / Talin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Yang, J. / Zhu, L. / Zhang, H. / Hirbawi, J. / Fukuda, K. / Dwivedi, P. / Liu, J. / Byzova, T. / Plow, E.F. / Wu, J. / Qin, J.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2014
タイトル: Conformational activation of talin by RIAM triggers integrin-mediated cell adhesion.
著者: Yang, J. / Zhu, L. / Zhang, H. / Hirbawi, J. / Fukuda, K. / Dwivedi, P. / Liu, J. / Byzova, T. / Plow, E.F. / Wu, J. / Qin, J.
履歴
登録2014年11月13日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年1月14日Group: Database references
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Amyloid beta A4 precursor protein-binding family B member 1-interacting protein
B: Talin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,3392
ポリマ－13,3392
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 99structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Amyloid beta A4 precursor protein-binding family B member 1-interacting protein / APBB1-interacting protein 1 / Proline-rich EVH1 ligand 1 / PREL-1 / Proline-rich protein 73 / Rap1- ...APBB1-interacting protein 1 / Proline-rich EVH1 ligand 1 / PREL-1 / Proline-rich protein 73 / Rap1-GTP-interacting adapter molecule / RIAM / Retinoic acid-responsive proline-rich protein 1 / RARP-1


分子量: 2642.951 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q7Z5R6
#2: タンパク質 Talin-1


分子量: 10696.351 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TLN1, KIAA1027, TLN / プラスミド: pET30Xa/LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y490

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 1H-15N NOESY
1223D 1H-15N NOESY
1322D 1H-1H TOCSY (N/C-filtered)
1422D 1H-1H NOESY (N/C-filtered)

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.5 mM [U-15N] Talin-F3, 50 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 2 mM sodium azide, 1 mM DSS, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
21.5 mM RIAM-N peptide, 0.5 mM [U-15N; U-2H] Talin-F3, 50 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 2 mM sodium azide, 1 mM DSS, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMTalin-F3-1[U-15N]1
50 mMsodium phosphate-21
50 mMsodium chloride-31
2 mMsodium azide-41
1 mMDSS-51
1.5 mMRIAM-N peptide-62
0.5 mMTalin-F3-7[U-15N; U-2H]2
50 mMsodium phosphate-82
50 mMsodium chloride-92
2 mMsodium azide-102
1 mMDSS-112
試料状態イオン強度: 50 / pH: 6.8 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE9002

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
PIPPGarrettデータ解析
SparkyGoddardデータ解析
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
ProcheckLaskowski, MacArthur, Smith, Jones, Hutchinson, Morris, Moss and Thorntonevaluation
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 1593 / NOE intraresidue total count: 374 / NOE long range total count: 408 / NOE medium range total count: 266 / NOE sequential total count: 545 / Protein phi angle constraints total count: 80 / Protein psi angle constraints total count: 80
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 99 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum lower distance constraint violation: 0.1 Å / Maximum torsion angle constraint violation: 5 ° / Maximum upper distance constraint violation: 0.5 Å
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.104 Å / Distance rms dev error: 0.001 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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